此時碇真嗣命令手下手動做到這個。
明日香責怪碇真嗣偷看自已，隨後來人從上面摔下來，正好落在了EVA的準備室。
而後來人遭到了使徒攻擊，使徒開始直接入侵。
EVA只有三分鐘了，明日香給大家分工以後明日香自告奮勇擔當風語者。
緊跟著凌波跳到了井底，費勁消滅了使徒。
三人來到山下，碇真嗣感嘆到如果沒有燈火星星會非常明亮。
綾波麗卻說人類正是因為害怕黑暗才使用火焰趕走了黑暗從而生存下來。
美里看著自已的傷疤，想起了第二次衝擊父親死亡的事情。
大家都在家裡為美里升職舉行來慶祝儀式。
而這個時候碇真嗣卻在南極由於第二衝擊南極完全是另外一幅模樣。
就在這個時候竟然在天空中發現形勢圖，使徒開始攻擊，不斷的更改攻擊位置最終目標是據點。
由於使徒釋放了干擾，無法通知。
超級電腦做出的決定是全體撤退。
臨時負責人美里西大了撤退命令。
隨後找到了碇真嗣等弱
電梯中碇真嗣問明日香為什麼要駕駛EVA。
明日香回答是為了顯示自已的存在。
她反問頂針，碇真嗣卻回答不知道。
使徒開始向地面降落，三人駕駛著EVA抵達預定地點。
他們使用足底啊的AT立場，徒手接下了下落的使徒。
明日香駕駛的二號機用離子刀花開螢幕和碇真嗣一起將使徒擊殺。
事後，父親誇獎了碇真嗣，讓他有些吃驚。
他告訴美里，他終於明白了自已為什麼要駕駛EVA，那就是獲得父親的讚揚和鼓勵。
三人開始不借助戰鬥服直接用很提來進行同步測試。
三個人感覺到和平時測試不同，這個時候零號機出現了暴走。
赤木開始用鐳射攻擊零號機，結果出現了AT立場。
原來又一使徒來襲擊而這種使徒竟然是細菌形態。
緊接著使徒入侵了據點，他最終目標是引爆據點。
一臺主機被汙染做出了其他。
使徒開始繼續入侵。
赤木緊急下令更改了邏輯模式以15秒為單位，人為降低了超級計算機的運算速度。
想要徹底消滅使徒唯一辦法就是同歸於盡，隨後請求下令銷燬超級電腦。
這一提議遭遇到赤木的拒絕，她認為毀滅掉超級計算機就等於毀滅掉據點。
並且決定自已來承擔這個責任，她想要利用剩下的唯一電腦來和使徒專選。
隨後赤木帶著美里來到內部，她告訴美里，據點的計算機是人格一直到，是她母親開發的系統。
三個系統其實分表代表歐木清作為科學，母親和女人的三種人格。
超級計算機就是母親本人，赤木阻止自爆。