她的程式會加速使徒的進化，但一切進化的重點就是毀滅。
而有智商的使徒也會理解這一點進而會選擇和超級計算機共生。
此時第二胎計算機被佔領距離自爆還有8秒，終於在最後一秒制止了自爆。
使徒的入侵停止了，而超級計算機也回覆了正常。
綾波麗和碇真嗣開始了機體互換實驗，在初號機的凌波，同步機率和零號機幾乎完全相同。
而碇真嗣有些緊張在同步機地獄平時不過可以接受。
赤木提出傀儡系統可以拿出來了。
實驗還在進行碇真嗣腦海中卻出現了綾波麗的影子。
緊跟著神經脈衝異常，零號失去控制，最終備用電源耗盡停止了行動。
碇真嗣在醫院醒來，頭頂上是陌生的天湖北。
阿亮來到了京都，在倉庫和來人嘆氣了關於馬爾杜克機關的事情。
馬爾杜克是搜尋EVA的駕駛員來人表示阿亮的工作是暗中調查NERV。
原來阿亮的身份是雙重間諜。
美里在酒吧喝多了酒，被加持送回了家。
在路上，美說自已自從失去服氣那以後就開始在其他人身上尋找影子。
之前和阿亮在一起也是因為這樣，感到很對不起她。
阿亮說他被與歐冠拿到錢。
美練說只有是一個只想要利用男人的女人，不配擁有愛情。
明日香一直喜歡阿亮，看到美里晚歸，她感覺無聊想找碇真嗣大法時間。
明日香嘲諷碇真嗣是大小鬼。
第二天就醒來後的美里找到了阿亮。
美里面發現了他的雙重間諜蛇粉。
阿亮告訴美里，赤木和父親也想她尹莽了許多事情。隨後帶領美里來到地下，發現被頂在十字架上的亞當。
大家開始常規才是，美里發現碇真嗣的錯是結果，在三個人中最好，誇獎了他。
明日香有點不爽，此時又一使徒來襲擊這次使徒是一個漂浮在空中的球體。
透過接觸使徒沒有出現AT立場。
茨木斷定是新型使徒。
初號機抵達現場，明日香建議同步第一的碇真嗣擔任先鋒，但是真實答應了。
碇真嗣攻擊使徒，結果對方小時，然後初號機正下方的地面出現了巨大陰影。
碇真嗣陷了進去。
隨後陰影吞沒了初號機，此時明日香腳下也出現。
她爬到街上，發現整棟樓都開始陷落。
美里命令倆人退了回來。
隨後往外想要拉回機體，如果碇真嗣不操控初號機，就會丟掉生命。
明日香開始嘲諷頂針是火塔不過是測試第一名就開始說。
綾波麗來到明日香面前，她問明日香是不是為了別人的稱讚CIA會駕駛EVA。
明日香說是為了自已。
時間已經過去12個小時，碇真嗣駕駛著初號機眼前一片雪白。