拖入使徒又出現了，二號機的裝備在水下行動受到限制。
美里請求戰艦沉入孩璃，如同宮釣魚意義昂，連結在EVA身上的纜繩開始回收。
戰列艦和使徒越來越近，明日香和碇真嗣合作，總算消滅了使徒。
大家回到了D市，明日香轉到了碇真嗣所在的班級。
和他成為了同班同學，她迅速的成為了焦點，每天都受到大量的情書。
碇真嗣帶著她找到綾波麗。
明日香告訴綾波麗為了以後行動方便要和她好好相處。
而綾波麗回答，如果是命令的話就照做。
明日香有點尷尬。
這時候在海邊又初夏那倆使徒，碇真嗣和明日香來到海邊準備作戰，使徒從海底衝浪出來。
明日香讓碇真嗣做掩護自已衝向了使徒，將騎皮城來幫結果使徒擊敗了倆名EVA。
N2地雷融合了使徒的一部分位置。
美里說要倆天合作一起進行攻擊，來人開始協調訓練，只剩下聊天訓練。
最後發現碇真嗣和綾波麗配合很好。
明日香明白了什麼某天美里外出屋裡只剩下碇真嗣和明日香。
但是迷糊的他意外睡到了明日香房間。
結果卻聽到這樣。
碇真嗣一邊睡到了地步上，隨著時間推移倆人的配合很好。
很快使徒修復成功，捲土重來。
這個時候初號機和二號機已經和之前大不相同。
碇真嗣和明日香伴隨著練習的隱約對使徒展開進攻，最後在默契的配合中擊敗了這個。
同學們開始了良心，而明日香和碇真嗣要留下備戰。
美里建議啦IG人趁著這個機會補下平時落下的功課。
三個適合這來永遠吃有用，碇真嗣卻在做物理體能木。
明日香覺得碇真嗣很無趣。
此時尚未成型的使徒在地下發現。
赤木告訴碇真嗣，這次計劃是捕捉使徒，一旦捕捉失敗就要立即殲滅。
作戰這是明日香的二號機，隨後他們投入了容顏中。
隨著深入不斷，她發現了這個，但是在上升一般以後使徒立刻成長使徒充了過來，但是二號機沒有武器。
增時候明日香將所有的東西跑在上面，明日香抓胡機會消滅了了塔
但是二號機向著下面陳過去，明日香感覺自已要死了，黃昏中碇真嗣的初號機蠟燭了明日香救出了他。
在據點有三臺超級電腦是由三個系統構成，而最終決意的來自三個電腦的民族決定。
零號機開始了第二次運轉延長實驗，這個時候突然停電備用電源都不行。
美里和阿亮被困在電梯。
美里告訴阿亮，在據點有三個備用的電力系統。
同時斷電不可能除非是被人為切斷。
碇真嗣一行人來到總部發現刷卡並咩有效果。
有線點阿虎也無法使用而這個時候使徒從海上登入，碇真嗣一行人順著通風管道朝著地下爬去。