碇真嗣說不要再說自已一無所有了，分別時候也不要說再見這樣的話。
然後他忍不住哭了起來。
綾波麗不知道碇真嗣為什麼會哭。
她對碇真嗣說對不起我不知道這個回收該用什麼表情。
碇真嗣說只要微笑就行了。
綾波麗略微有些驚訝，露出了微笑，向他伸出手。
使徒終於再次被組織，而就在此時，月球上一個白髮少年醒來了，他看著天空準備出發去尋找碇真嗣。
美里和赤木博士來到了D失參加釋出會。
這次釋出會的目的要召示展示會最新研發的東西。
釋出會上主持者提到JA是內建引擎，可以保證持續150天的作戰。
由遠端人為操控，不需要駕駛員。
博士對安全性提出質疑，主持者表示五分鐘的行動時間要安全得多。
隨後主持者開始JA的啟動試驗在指揮中心的操控下，JA開始狐啊怒漢前進，但是沒過多久JA體內的反應堆上是哪個，並且朝著指揮中心而來。
主持者下令切斷動力系統，訊號被拒絕接受。
JA開始變的無法控制它踩碎了指揮中心的屋頂一路朝著前方走去。
美里向NERV放鬆冷清秋緊急地將碇真嗣和初號機運送到現場。
同時美里本人也換上作戰服，他準備前往JA內部手動將其停止。
主持者告訴美里，停止持續的密碼就是希望。
初號機抓住美里，和追上了行進的JA並且順利將美里送入JA內部。
之後初號機來到JA面前攔住她。
但是在輸入密碼程式以後卻提示錯誤，美里面意識到程式已經被人改動過了。
動力堆距離臨界點還差一點，美里決定放手一搏手動使用了控制棒。
最後危機解除。
碇真嗣說她創造奇蹟。
但是美里說奇蹟是早就準備好的。
美里帶著碇真嗣和阿東等人來到上面，之後他們遇到了EVA二號機的駕駛員明日香。
美里早就認識她，並介紹給了碇真嗣。
這次任務就是護送EVA回到D市，艦長有些瓊愛不起EVA稱為人偶偶並且拒絕藍卡請求。
這個時候一個叫阿良的人走了進來。
原來阿良是美里的前男友，他的任務是陪伴明日香一起回去。
明日香找到碇真嗣，帶他穿了紅色的二號機。
她成零號機和出號只是原型機和實驗機體，二號機才是為石渣能製造但
這個時候又有試圖來襲，艦長組織反擊，但是常規武器無效。
明日香帶著碇真嗣換上了自已的作戰服。
要求他陪伴自已一起進入，試圖從水下攻擊過來，而此時二號機只可以支援一分鐘。
明日香跳到外面接通電源然後掏出離子刀，使徒將二號機拖入水中。
二號機失去了目標。