有一次據點安排碇真嗣將身份卡將交給綾波麗。
他一個人來到綾波麗家裡發現房間有許多藥品和繃帶，而桌子上放著服氣你等眼鏡。
這個時候凌波洗完澡出來走上來拿走了眼鏡。
碇真嗣慌張的解釋。
而綾波麗只是面無表情地將眼睛收好，在去據點的路上，碇真嗣向綾波麗說起父親的事情。
他對爸爸表示強烈的不信任。
這個時候綾波麗扇了碇真嗣一巴掌。
突然又一使徒來襲，碇真嗣駕駛初號機前去迎戰。
使徒在他還未來得及行動時，發射了光束重創了初號機。
在持續紅炸的高溫下，碇真嗣心臟驟停，初號機勉強維持完整。
美里只好強制回收了初號機。
並且緊急對碇真嗣送去急救中心搶救。
因為地下的據點有四層裝甲，使徒預計十個小時就可以抵達據點。
經過作戰回憶，美里做了個機會接收全部城市的建立，然後讓EVA使用秘密研製的電子炮進行遠端聚集。
碇真嗣醒來以後，綾波麗將作戰計劃告訴了踏
但是碇真嗣不想出站，美里拉著碇真嗣來到了最底層，這裡封印著第二使徒莉莉絲。
美里說如果其它使徒抵達這裡就會引發第三次衝擊人類會滅亡。
只有你可以拯救人類，如果碇真嗣失敗了所有人都會死。
所以碇真嗣不是一個人在承擔風險大家會跟你一起面對。
最後碇真嗣同意駕駛初號機，因為同步機率比較高，碇真嗣駕駛初號機擔任炮手。
而綾波麗的零號機為防禦。
作戰開始的前夜，碇真嗣詢問綾波麗自已會死嗎？
綾波麗說不會，因為我會保護你。
全城市為了啟動武器而停電，待機時碇真嗣問凌波為什麼要開EVA。
綾波麗說是為了和大家的羈絆，除此之外自已一無所有。
說完，綾波麗站起阿里對他說了再見。
作戰開始，美里智慧隊伍進行佯攻吸引使徒的注意力。使徒的光束輕易摧毀了戰鬥機。
而炮火又被AT立場格擋。
初號機埋伏在遠處瞄準了使徒，所有城市的電力匯聚在狙擊炮上，一炮貫穿了AT立場。
但是對方很快就修復好了，並且對著初號機的方向開始發射光束。
融化了大半座山，所幸EVA和狙擊炮號發巫山。
碇真嗣在巨大心理壓力下差點哭了出來，在他重新握住操縱桿回到了聚集點，距離第二次充電還需要一點時間。
使徒很快發現了初號機，繼續朝著初號機的方向攻擊。
而這個時候綾波麗開著出號拿著盾牌擋在初號機面前。
但是充電完成之前，盾牌就支撐不住了。
零號機失去了盾牌依然站在那裡，充電終於完成，碇真嗣立刻扣動扳機，這一次成功打碎了使徒的核心將其擊殺。
而零號機已經傷痕累累，碇真嗣操控初號機拆掉了零號機的北部裝甲，將門開啟以後徒手開啟了裡面。
終於見到綾波麗。