但是碇真嗣卻感覺這裡更像一個家。
在學校中碇真嗣被同學阿東打了一頓，因為他的妹妹在上次對抗使徒入侵的時候受傷了。
碇真嗣說他只是服從命令，他想不明白，為什麼駕駛EVA會導致自已被揍。
同時他也不明白，為什麼同為駕駛員，綾波麗可以那麼平靜面對。
不久以後，另一使徒來襲，經過尋來你的碇真嗣再次駕駛初號機出戰。
他用巨型武器攻擊使徒，但是沒有造成有效傷害。
使徒穿過極強產生的煙霧攻擊初號機。
切斷了初號機的電源線，而內部緊急電源只可以只從五分鐘。
此時初號機被使徒丟在了山上，之前欺負碇真嗣的阿東正從避難所逃出來看使徒。
而初號機剛好落在他們旁邊，碇真嗣看到他們以後，怕自已亂動傷害到他們只好操控初號機抓住使徒。
並且在美里的智慧下，安排來個同學進入駕駛艙內。
同學們看到他痛苦的樣子，終於對他有所理解。
但初號機甩掉了使徒以後，美里讓他們撤退。
因為初號機的備用電源只有一分鐘了。
但是碇真嗣無死命令像是發了瘋一般衝向使徒。
但是使徒用攻擊貫穿了初號機的腹部。
但是初號機掙扎著，用高頻振動離子刀刺破了使徒的核心。
在能量即將耗盡時殺死了使徒。
事後，美里問碇真嗣為什麼不服從命令。
碇真嗣有氣無力的說贏了不就行了，並且道歉。不管美里說什麼都說是。
美里對他的態度感到不滿，將他從座位上拉起來。
但是看到他完全不放手的態度以後鬆開了手，然後讓他回去休息。
當晚，碇真嗣離家出走在垃圾桶旁邊過夜。
第二天他在山上看到了自已保護的城市，覺得自已承擔了那麼多痛苦和風險，卻得不到如何讚美和鼓勵。
最後工作人員找到了碇真嗣，將他帶回據點。
碇真嗣覺得自已已經沒有自由了。
反正除了駕駛初號機自已就無事處。
這個時候美里告訴他，馬步謠考慮別人想法，想別人高興不高興。
開不開初號機是你自已來決定。
回到學校，阿東讓碇真嗣打回去，他覺得這樣就可以扯平了。
碇真嗣打了他一拳以後，倆人和好成為了朋友。
在同一個學校的綾波麗是EVA的第一個適任者。
當年據點製造零號機的時候由綾波麗擔當駕駛員。
一次實驗中零號機時空實驗被迫中斷。
父親拉開了灼熱的門，救出了裡面的綾波麗。
從此以後零號機被凍結，但是現在為了最佳戰鬥力不得不重新啟動零號機。
碇真嗣發現父親面對綾波麗時有說有笑，對自已卻常常不屑一顧，十分費解。