藍朝柱起義軍也已由四川進入漢中全陝震動陝西巡撫瑛棨和團練大臣張芾慌忙調集各地團練往南山堵御太平軍
太平軍入陝當年5月訓導趙權中所屬團練中數百名回勇不願和太平軍作戰殺死帶隊官避居城外秦家村將秦家村及附近回民村莊搶劫一空又四處散發“陝西不留回民天意滅回”傳帖
華州回民首先起義渭河兩岸回民爭相響應未經旬日各處回民俱行激變從此聲勢浩大陝西回民起義迅速發展起來
面對迅速發展回民起義以巡撫瑛棨為首陝西文武官員“籌剿無兵”“不能不暫行撫慰”派遣官紳分赴各地安撫張芾等臨潼油坊街和回民談判時回民甚為氣憤將他押往倉頭鎮處死
回民起義烽火迅速遍及八百里秦川起義隊伍擴大至二十餘萬當時陝西回軍主要首領除任武、洪興、赫明堂外還有馬正和、馬四元、白彥虎、馬生彥、禹得彥、餘彥祿、孫玉寶、二河州等其中有是富甲一方地主、商人和阿訇等上層分子起義軍領導權掌握他們手中
陝西回民起義迅速發展嚴重威脅到清王朝西北統治清廷急令荊州將軍多隆阿率軍入陝1863年1月中多隆阿率部由河南入陝連同勝保諸部共有兵二萬餘人
9月初多隆阿到達西安施展招撫伎倆派人到回民起義軍中誘降利用西安城中回紳頻繁回民軍首領中進行招撫活動孫玉寶等向清軍投降
白彥虎、馬生彥、禹得彥、餘彥祿率部向西北經醴泉、乾州退至邠州其後回民起義軍大部退至隴東董志原其他回民軍也赫明堂等率領下經武功、郿縣、鳳翔、隴州進入甘肅東部地區從此陝甘回民起義中心由陝西轉到甘肅
大清統治者驚呼：“現甘肅之平涼、靜寧、隆德、安定省南之鞏昌、秦州、伏羌、清水省北之寧夏、平羅、靈州、固原莫不揭竿而起蜂屯蟻聚滋蔓難圖綿延地方數千裡”
多隆阿準備由秦度隴鎮壓甘肅回民起義他為了解除西征時後顧之憂企圖迅速攻下由藍朝柱起義軍固守陝西盩厔3月3日多隆阿親自指揮攻城時為起義軍擊傷頭部不久死去清軍喪失了主帥不能銳意西進
1864年5月、6月間清王朝調福建水師提督楊嶽斌充任陝甘總督“專討”甘肅回民軍
同年7月太平天國天京陷落後大清把鎮壓太平軍清軍抽調到西北來鎮壓回民起義軍以致“甘省一隅之地而統兵大員專折言事者已至八員之多”兵勇則達七八萬人
但這些統兵將領派系不一各自為政意見分歧且他們深恐與回民軍硬拚勝敗難保“不如擊之使走捷報頻聞可為幸功邀賞之地”
所以清軍雖曾攻陷回民軍佔領固原、鹽茶廳、平涼等地而起義軍實力卻未受到大損失陝西、甘肅回民軍互相配合採用避實趨虛、飄忽靡常遊動戰法仍打了不少勝仗
回民起義軍不斷向清軍進攻使其文報梗塞糧餉奇絀省城蘭州處於孤立地位清王朝甘肅統治力量處於風雨飄搖之中
以致陝甘總督楊嶽斌奏摺中哀嘆：“現河狄之賊擾於南平固之賊擾於東寧靈之賊擾於北涼肅之賊擾於西幾於剿不勝剿防不勝防臣若株守省垣則飢軍終虞坐困；若出省剿辦則根本時虞動搖外察賦勢內度兵力實屬不敷分撥”
同年11月捻軍首領張宗禹按照“前進甘陝連結回眾”以成犄角之勢戰略思想率西捻軍三萬餘眾自河南進入陝西華陰、渭南境內清廷害怕回民軍與西捻軍聯合急令湘軍援陝
提督劉松山統老湘軍十八營由河南前往一面奏調防守中衛穆圖善部移駐甘陝交界涇州防止回捻合勢一面率三十營清軍從陝西西部隴州、邠州一帶東下專力攻捻
回民軍與西捻軍雖然各自為戰但仍時離時合一定程度上起到了戰略上相互配合作用
甘肅回民軍不斷發展過程中逐漸形成了四個反清鬥爭中心：
一個是馬化龍領導以金積堡為中心包括寧夏府和隴東內起義地區
一個是馬佔鰲領導以河州為中心回、撒拉、東鄉族起義地區
一個是先後由馬文義、馬桂源和馬本源領導以西寧為中心起義地區
一個是馬文祿領導以肅州為中心起義地區
隴東董志原則是陝西回民軍根據地
由於陝甘總督楊嶽斌對鎮壓陝甘回民起義束手無策大清調派閩浙總督左宗棠接任陝甘總督
1867年1月左宗棠從福州取道江西到達漢口隨即進行各項準備工作2月清廷又授左宗棠為欽差大臣催其迅速北上督辦陝甘軍務