左宗棠深知回軍和捻軍聯合後加難以對付因此他向清廷進陳方略說：“方今所患者捻匪回逆耳以地形論中原為重關隴為輕；以平賊論剿捻宜急剿回宜緩；以用兵次第論欲靖西陲必先清腹地然後客軍無後顧之憂餉道免中梗之患”
又說：“進兵陝西必先清關外之賊進兵甘肅必先清陝西之賊駐兵蘭州必先清各路之賊然後餉道常通師行無梗得以一意進剿可免牽掣之虞”
這個方略核心是“先捻後回”、“先秦後隴”關鍵則是“不令捻回合勢”
7月左宗棠所部楚軍近二萬人由湖北樊城分三路到達陝西按照其“先捻後回”既定方針以先期入陝劉松山所部老湘軍、郭寶昌所部皖軍、劉厚基所部湘軍和到高連升部楚軍共二萬一千餘人進攻捻軍以幫辦劉典所部楚軍和黃鼎所部川軍共八千餘人駐陝甘邊界對付回民起義軍
其餘楚軍萬餘人分駐鳳翔、宜君、華州、華陰、渭南、臨潼等地策應各軍為“兼討回捻之師”西捻軍識破了左宗棠陰謀迅速跳出包圍圈回民軍配合下向陝北挺進與此同時陝甘回民起義軍仍不斷從甘肅進入陝西與西捻軍共同抗清
1月至11月間西捻軍和回民軍取得了連克陝西安塞、延川、綏德等城勝利左宗棠智窮力竭不得不上奏“自請嚴議”
可是由於民族和宗教信仰不同等原因回民起義軍和西捻軍聯合沒能得到進一步發展一直處於“時離時合”鬆散狀態既沒有統一組織形式和集中領導也沒有共同作戰長遠計劃
由於回民軍領導權又掌握上層貴族手裡強烈狹隘民族主義思想讓回軍排斥捻軍回民軍與西捻軍之間互相攻殺事件時有發生使得回軍和西捻貌合神離
之後西捻軍為救援東捻軍由宜川東面壺口渡過黃河進入山西回民起義軍陝西處於孤軍作戰不利地位
左宗棠率清軍主力入晉追擊西捻軍幾路人馬圍攻之下捻軍首領張宗禹投河自西捻大部肅清只有少部分捻軍尚留甘肅
此時左宗棠參加鎮壓西捻軍之後回到西安他以陝西大局已定遂加緊進行甘肅各項整肅
第一整頓部隊
駐陝清軍除左宗棠所部楚軍外還有劉松山老湘軍、郭寶昌皖軍、黃鼎川軍等；駐甘清軍為龐雜這些部隊不但待遇差別很大而且編制很不統一有名為一營實際只有二三百人有則多至數倍為了整齊劃一左宗棠下令淘汰疲弱一律按楚軍編制加以整頓統歸其指揮同時陝甘就地招募兵左宗棠和劉典直接統轄楚軍就有步隊五十五營、馬隊十五營共三萬人左右
第二誘降饑民武裝
西捻軍退出陝西、回民起義軍大部轉入甘肅以後董福祥領導饑民武裝仍陝北一帶活動對清軍威脅很大董福祥與金積堡和董志原回民起義軍都有聯絡是左宗棠進攻甘肅一大障礙於是左宗棠榆林、綏德、延長各駐一軍截斷董福祥東渡黃河之路；又派劉松山率部從山西渡過黃河由綏德西行直逼董福祥根據地鎮靖堡劉松山透過收買董福祥父親董世有誘使董福祥投降
劉松山收其眾十多萬人從中挑選精壯按楚軍編制編為“董字三營”由董福祥、張俊和李雙梁各帶一營董福祥投降不僅使回民起義軍失去了一支同盟軍並直接威脅到金積堡和董志原安全
第三改革稅收機制
陝甘地區仿照福建做法開辦商賈貨厘也就是商品稅按照商品價值收取百分之二
招募廉潔樸實士紳管理厘局商品稅收支數額每月張榜公示設總局由西安知府裕麟總管將稅收轉入軍需局
厘稅制度剔除了漕糧積弊原漕糧浮折官私取給規定按每石穀子交納六兩銀子
而當地谷價賤跌當年一石谷只值四百錢二千四百錢才能換到一兩銀子農民用穀子換錢再用錢換銀子完納漕糧苦不堪言一個年收入百石穀子家庭摺合銀子去交公糧要用掉三分之一穀子於是拖欠日益積累
左宗棠通令各州縣廢除舊規按照戶部規定章程每石穀子交納三兩四錢銀子其中地丁四錢漕米折色一兩三錢加上軍需一兩三錢每石穀子增收四錢歸縣裡使用左宗棠要求各地根據自己收入加減定額
這種辦法既減輕了農民負擔又增加了財政收入作為農業家左宗棠看出漕運、商事稅收弊病行之有效改革讓陝甘地區農業、商業恢復了生機