在研究醫學的過程中，孫思邈把硫磺、硝石、木炭混合製成粉，用來發火煉丹。
孫思邈還對良醫的診病方法做了總結：“膽欲大而心欲小，智欲圓而行欲方。“膽大”是要有如赳赳武夫般自信而有氣質；“心小”是要如同在薄冰上行走，在峭壁邊落足一樣時時小心謹慎；“智圓”是指遇事圓活機變，不得拘泥，須有制敵機先的能力；“行方”是指不貪名、不奪利，心中自有坦蕩天地。”
《千金要方》孫氏認為“人命至重，有貴千金，一方濟之，德逾於此”，故將他自己的兩部著作均冠以“千金”二宇，名《千金要方》。
孫思邈重視醫德，不分“貴賤貧富，長幼妍蚩，怨親善友，華夷愚智”，皆一視同仁。聲言“人命至重，有貴千金”。他認為，醫生須以解除病人痛苦為唯一職責，其它則“無慾無求，對病人一視同仁“皆如至尊”，“華夷愚智，普同一等”。
他身體力行，一心赴救，不慕名利，用畢生精力實現了自己的道家醫德思想，是中國醫德思想的創始人。孫思邈的名著《千金方》中，也把“大醫精誠”的醫德規範放在了極其重要的位置上來專門立題，重點討論。而他本人，也是以德養性、以德養身、德藝雙馨的代表人物之一。
孫思邈具有高尚的醫德，一切以治病救人為先。他關心人民的疾病痛苦，處處為患者著想，對前來求醫的人，不分高貴低賤、貧富老幼，親近疏遠，皆平等相待。他出外治病，不分晝夜，不避寒暑，不顧飢渴和疲勞，全力以赴。
臨床時，精神集中，認真負責，不草率從事，不考慮個人得失，不嫌髒臭汙穢，專心救護。
特別是他提倡醫生治病時，不能借機索要財物，應該無慾無求。他這種高尚的醫德，實為後世之楷模，千餘年來，一直受大家歌頌，被尊稱為“藥王”。
孫思邈不用動物入藥。他說：“自古名賢治病，多用生命以濟危急，雖曰賤畜貴人，至於愛命人畜一也。損彼益己，物情同患，況於人呼！夫殺生求生，去生更遠。吾今此方所以不用生命為藥者，良由此也。”
孫思邈在生之年為醫藥事業作了那麼多重大的貢獻，臨終時，卻遺囑“薄葬，不藏明器，祭去牲牢”。這種精神是很可貴的。他深受人民的愛戴和敬仰。
他的家鄉人民給他修廟立碑，把他隱居過的“五臺山”改名為“藥王山”。山上至今保留有許多有關孫思邈的古蹟，如“藥王廟”、“拜真臺”、“太玄洞”、“千金寶要碑”、“洗藥池”等。
藥王孫思邈在太白山隱居修道時，“練氣養神，求度世之術”。他對醫藥有長時期的精心研究，且常懷仁慈之心，親自採製藥物，為人治病，以醫藥助人。作為修道人，他奉行“凡所舉動，務行陰德，濟物為功”的原則。
當時的知名人士多曾拜他為師，甘當他的學生。“初唐四傑”之一的著名詩人盧照鄰在他的《病梨樹賦序》中稱孫思邈“道合古今，學殫數術”，“推步甲乙，度量乾坤”。
在盧照鄰寫《病梨樹賦序》時，孫思邈已經九十多歲了。但他的眼耳一點也沒有衰老的跡象；體壯盛，神色清朗。當初魏徵受皇上詔書編修齊、梁、陳、周、隋五代史的時候，擔心會有遺漏，便多次訪問孫思邈。孫思邈以口傳授，就像眼前親自看到一樣的清楚。
當時盧照鄰負有盛名，不幸得了重病，他嗟嘆每個人遭遇的不同，人的壽命竟如此的懸殊。於是他問孫思邈：“名醫治病，其道理何在呢？”
孫思邈回答說：“我聽說善於論天的人，必定由這個人的本質而定；善於談論人的人，一定要以天的道理為依據。天有四時的變化，五行的運轉，寒暑交替。它運轉時，和而為雨，怒而為風，凝而為霜雪，張而為虹霓。
這是天地的規律。人有四肢和五臟，一醒一睡，呼吸吐納，迴圈往復。流而為榮衛，彰而為氣色，發而為音聲。這是人體的規律。陽用其精，陰用其形，這是天和人相同的地方。
等到失去這種正常現象，蒸則生熱，否則生寒，結而為疣贅，陷而為癰疽，奔而為喘乏，竭而為焦枯。病情呈現在表面，病變卻在形體內。這種道理同樣可推及到天地，也是這樣的。
所以五緯盈縮，星辰失度，日月錯行，彗孛流飛，這是天地的危病。寒暑不時，此天地之蒸否也。石立土踴，此天地之疣贅也。
傳說有一次在行路時，孫思邈看見一個牧童在殺小蛇，那蛇已經受傷出血了。孫思邈懇求牧童不要殺它，並脫下自己的衣服來送給牧童，贖救了小蛇。然後又用藥物把蛇封裹起來，把它放回到草叢中去。
一個多月後，孫思邈又外出行走，看見一個白衣少年，僕人和馬匹都很壯實，下馬來拜見他，並感謝他說：“小弟承蒙道者救了一命，孫思邈聽後沒有介意。少年又再次拜他，並請他騎另一匹馬。
兩馬馳行如飛，到了一處城郭的地方。那裡花木繁盛，春景和媚，門庭燦然顯赫，人物繁雜，簡直就象君王的住處。原來孫思邈救的小蛇是龍王的兒子，那裡就是龍宮的所在“涇陽洞府”。
龍王為報孫思邈救子之恩，臨行時要送他許多金珠寶物，但都被孫思邈堅決推辭了。龍王見他不愛富貴，便叫兒子取出龍宮三十藥方贈送給他，並告訴他說：“這是真方，可以濟世救人”。
孫思邈回家以後把每一個藥方都試用了，發現都有神效。後來孫思邈在撰寫自己的方書《千金方》三十卷時，便把龍宮藥方分散放在裡面。
玄照和尚在嵩山白鵲谷修道，操行精嚴，在出家人中推為首位。他發願講授一千遍《法華經》，以利眾生。在山中開講以後，雖然寒暑無常，山路險惡，但是來聽經的總是座無缺席。
當時有三個老頭，眉毛鬍鬚全白，相貌與眾不同，在那虔誠的聽講。如此聽了多日，玄照感到奇怪。忽然一日，三個老頭一大早就來拜見玄照。
他們說：“我們三個弟子，其實是龍，有各自的職責，也很辛苦，以後還要幾千年了。能聽到你精妙的說法，沒有什麼報答的，也許你有什麼事情需要我們去做，我們願意效微薄之力。”
玄照：“現在陰陽失調，乾旱少雨，國內鬧饑荒，你們可以下些雨來拯救天下百姓。這是貧僧的願望。”
三個老頭說：“聚雲下雨，本來是一樁小事。只是關於下雨的禁令絕對嚴重，不奉上天之命擅自行雨之罪不小，有性命之憂呢！我們試說一個辦法，差不多可以成功，不知長老能不能去做？”
玄照說：“那你說給我聽聽吧！”
三個老頭道：“少室山的孫思邈處士望高德重，一定能使弟子的災禍解脫，那就可以馬上下雨了。”
玄照：“貧僧知道孫處士在山中，但是不知道他的道行，又怎麼能如此呢？”
三老頭：“孫公的仁義不可估量。仁義之心附著於濟世的藥方，造福於萬代。他的名望已經在天宮登記入冊，實在是世外高人。如果他能說話相救，保證沒有問題。只要長老先和他約好，如果他答應了，立即就依你的話去做。”
於是他們就把救護的辦法告訴玄照。
玄照到孫思邈的住處去，誠懇的拜謁，人情禮數特別謹慎，坐定許久才說：“孫處士以賢德明哲的氣度，把濟助於蒼生為己任，現在極旱，寸苗不長，百姓叫苦不迭，焦渴乾枯如此，施用仁的時候到了。希望你開恩，救一救天下百姓。”