慧遠身邊的武士，有的緊緊握住了佩帶的利劍。但武帝為顯示其開明，強忍著沒有發作。
慧遠把這些都看在眼裡，可他卻毫無懼色，仰頭直視武帝，繼續朗聲而談：“陛下統領遼闊疆土，得到至尊的地位，卻聽從庸人的意見，要毀滅佛法。您說真佛沒有形象，的確是如此。但有耳目的眾生，卻可以透過佛經來知佛理，透過佛像來識真佛。如果要廢除佛教，眾人用什麼來敬真佛呢？”
武帝說：“真佛眾人自然知道，不需要藉助於佛經和佛像。”
慧遠說：“漢明帝之前，沒有佛經佛像，眾人為什麼不知道虛空是的真佛呢？”
武帝不能回答。
慧遠說：“如果不借助於佛教，人們就能知道佛法。那麼三皇五帝沒有文字的時候，人們就應該知三綱五常之類的東西了。但那時的人們，只知其母，不知其父，和禽獸一樣。”
武帝仍然無話可說，但惱怒之色已溢於臉上。
慧遠又說：“如果因為佛像無情，就要廢佛教。那麼國中前朝天子的畫像，難道就有真情，而必須加以尊敬嗎？”
武帝沒有回答，卻說：“佛經是外國的法，本國不用。前朝上代所立的像，我也要廢除。”
慧遠說：“如果因為是外國的法就要廢而不用，那麼昔日孔子的說教出自魯國，難道秦晉之地就要廢除嗎？若要把前代的畫像廢掉，那就是不尊重祖先，不尊重祖先，就會人倫失序，人倫失序，儒家的五經也就失去了作用。那麼您怎樣守儒家之義呢？儒教廢了，怎樣治國呢？”
武帝說：“魯國和秦晉雖然是不同的封地，但都是周王的國土，所以儒教和佛教不同。”
武帝手下的臣子早已怒因而視，慧遠毫不在意。繼續追問：“若認為秦魯同為一國，那麼佛教盛行的中國與天竺，雖然國界不同，但沒有哪個不在浮屠四海之內，兩國也可以說是一個王國。那麼我們為什麼不尊佛教，卻要廢除呢？”
武帝又不回答。
慧遠說：“您說退僧還俗，崇孝道，養父母，確實是儒家的主張。但獻身於佛道，以使父母顯貴，也是行孝道，何必還家才是孝呢？”
“父母恩情深重，以投空做為資養，是背棄父母，是大不孝。”武帝反駁說。
慧遠說：如果像陛下所說，陛下左右的人都有父母，您為什麼不放他們回家，卻讓他們服役五年而不得與父母相見呢？”
武帝說：“我依你所說，讓手下回去事奉父母。”
慧遠又說：“佛教也講孝道，僧人冬夏修道，春秋回家事奉父母，所以有目連乞食養母，如來看棺入葬的事。佛法要通的是大理，不可獨自廢掉。”
武帝又無言答對。
慧遠厲聲問道：“陛下現依王權而滅佛法，是邪惡之舉。地獄是不擇貴賤的，陛下難道不怕下地獄嗎？”
武帝大怒，瞪著兩眼看著慧遠：“只要使百姓能得到富樂，我寧願下地獄！”
慧遠又高聲說：“陛下用邪法教化民眾，人民會與陛下同受各種苦難，哪裡有什麼歡樂呢？”
此時，眾僧已為慧遠所說的驚得目瞪口呆，惟恐他會遭不測。
武帝雖想加害慧遠，但因為理屈詞窮，不便下手，而其滅佛之心更加堅定。
當下傳旨說：“眾僧先回去，以後再集會討論，有司記下剛才與朕辨論的姓名。”
不久，周武帝頒佈禁佛教的詔書，北方的寺院幾乎全部被毀，僧人們大都南逃。佛教遭到慘重的打擊。
退出大殿後，上統等法師上前握住慧遠的手，聲淚俱下：“天子的威勢難以犯觸，你能窮經理而護佛法，的確是活菩薩。武帝的罪過不可恕。你為護法盡了心。”
慧遠說：“正理必須申張，哪裡顧得上性命。”
接著，慧遠又與諸僧辭別：“時運不濟，天子的旨意不能違抗，恕我不能奉陪。但佛法是不會滅絕的，我們解脫的願望是能夠實現的，諸位不必為此擔憂。”
慧遠出家時十三歲，最初投奔僧思禪師。僧思禪師道法高深一見到慧遠，就對他說：“你有出家的面像，要珍惜這個機緣。”
僧思一開始就讓慧遠自己讀經，他隨時對慧遠進行訓誨。
慧遠一不小心，僧思就拿鞭子抽他，所以慧遠學法非常刻苦。
慧遠離開僧思，又從闔梨湛律師、上統、大隱等學法。
學完之後，慧遠已成為精通佛典，善講佛理的大德。