起事時，因他是眾望所歸，強行將他夾裹在軍隊之中。
結果，梁山一戰便一敗塗地。
跋摩見船隻狹窄，離岸又遠，斷定必有人斃命，不如自己跳下去，正可多救一人，於是一心稱頌觀世音，手持邛竹杖跳入江中。
他很奇怪水才沒到膝處，便用竹划水，朝模糊的水岸游去。
猛然，一童子從後面來，用手牽住他，他回頭說：“你一個不尿頻孩子如何能渡得過我呢？快自己逃命去吧！”
恍忽之間，才覺行了十幾步，便到了岸上。
他脫下衲衣想報答童子，抬頭時卻了無一人。
跋陀羅渾身毛髮豎起，知道是神力相助。
孝武帝下令：找到摩訶衍要好生照顧，護送京城。
很快，他便出現在孝武帝面前。
宣暄畢，孝武帝問他事情的原委，對他說：“朕盼望法師已經很久了，到今天才得相見。”
“貧僧既已沾染罪過，理當粉身碎骨。現在蒙陛下接見，如獲重生再造。”
“法師不必過於自責，罪在義宣。我且問你，參與謀逆的有哪些人呢？”
“出家人不參與軍事，但張暢、宋靈秀都逼迫過我。貧僧惟一明瞭的，是宿緣所定，難逃此劫。”
“法師放心，這沒有什麼可怕的。從現在起，你就住在後堂，朕隨時請教。”
會見結束了，跋陀羅仍被奉為高僧。
當初在荊州十年，他與譙王書信來往，無不記錄在案。
平叛後朝庭派人檢查書信，發現他言及軍事者連片言隻語都沒有。
孝武帝更相信了他純淨謹慎，禮遇愈加優厚。
兩人談論道法之餘，也閒談山水人物。孝武同他開玩笑：“想念丞相嗎？”
“受他十年供養，怎能忘記他的恩德呢？現在我向陛下求願，願為他燒香三年。”
“法師果然是仁義至盡，朕答應你就是了。”孝武聽後不由得面色慘然，他沒有理由拒絕。
一年一年過去，跋陀羅終於老了。
孝武帝在東府舉行宴會，王公大臣齊集，下令召見跋陀羅。
當時跋陀羅未及淨髮，鬚眉皆白。
孝武帝遙遙望見他，轉身對尚書謝莊說：“摩訶衍聰明善解，只是老了。朕試問他一問，他必能領悟。”
跋陀羅邁步登階，孝武帝上前相迎：“摩訶衍不負遠來之意，但惟有一在。”
“貧僧遠來歸依帝京，已近三十年。天子的恩澤禮遇，使我愧不敢當。但年過七十，老而且病，惟有一死在。”他應聲答道。
孝武令他近身而坐，滿朝文武無不矚目。
跋陀羅在秣陵境內鳳凰樓西側造寺。