據統計，苗醫掌握病種有200餘種，廣泛涉及到內、外、婦、兒、神經、精神、骨傷、面板、寄生蟲及各種傳染病、流行病等，其歸類方法自成體系，並具有一定的科學性及規範性。
但因地域不同，方言有別，各地苗族醫在疾病命名、證治上有不盡相同之處，有同名異症、同症異名的現象，如：同叫“飛蛾證”，湘西方言的“飛蛾證”其臨床表現是發熱、鼻翼煽動、咳嗽氣急、胸痛等;黔東方言的“飛蛾證”臨床表現是發熱、扁桃體紅腫疼痛等。
又如黔東方言的“雷公證”是頭部劇烈疼痛，以戴帽一圈尤甚，而湘西方言之“雷公證”則是以胸痛、咳嗽、吐血等為其主症，“同名異症”者治法迥異。另有“同症異名”者，如同樣表現為好食生米、面色萎黃、浮腫乏力的，湘西方言稱為“米黃證”，黔東方言稱為“黃腫病”;同樣表現為口乾舌燥、多食多飲、腹脹大而形體消瘦者，有的地方稱“魚肚經”，有的地方稱為“水證”，“異名同症”者其治療方藥一般是相同或相似的。
苗醫認為毒、虧、傷、積、菌、蟲是導致人體生病的六種因素，而這六種因素歸根結底都要以毒害力的方式才能致病。產生髮冷、口渴、腹痛、出汗、頭昏、出血、昏睡、氣魄不旺等病徵。苗醫所講的病症，多是形象化的病名，如：症、疾、風、痧、驚、翻、僕、經等。病候，是病變症候的簡稱，也就是疾病出現的症候群。疾病的病候共有17種，即積毒病候、雄毒病候、惡毒病候、疼痛病候、急熱病候、急冷病候、內冷病候、火毒病候、瀉肚病候、胃弱病候、交環不和病候、虧損病候、風冷氣水毒病候、氣壅病候、外漏病候、危急病候、混雜病候。
因這六種致病因素，苗醫素有“無毒不生病”之說。如常可遇到的風毒、冷毒、火毒、氣毒、水毒、鹽毒等。診斷疾病是透過把脈、聽聲、觀察顏色、詢問病情，用手觸、摸、扣、打、刮、按、搬、量等傳統方法，觀察人體面板的顏色，精神的變化，體溫、脈搏、呼吸、心跳、血壓、語音反射功能等方面的異常，觀察身體的汁水、尿液、血氣、病原體等致病物以及指紋、舌象、目色、鼻竅、咽喉、耳道、淋巴、筋骨皮肉的形態結構變化等。
在索取到可靠的診斷依據後，就開始整病。整病必須遵循治病原則，如失水的病人，就必須補液；腸梗阻，治療當用趕毒法而不能用止塞法；心力不足，應當用補心的方法，假若使用退火的藥物去治療，使心力更虧，就會出現血壓下降、迴圈衰竭、腦架失養、本命無依等危急病徵。
苗醫所稱的“兩綱”即“冷病熱治、熱病冷治”，是他們治病的兩大法則，具體治法則分內治法和外治法，其外治法尤為豐富，並體現了濃郁的民族特色和治療特點。
常用治療法則包括：趕毒法，敗毒法，攻毒法，止痛法，冷療法，熱療法，提火法，退火法，止瀉法，健胃法，幫交環法，補體法，表毒法，退氣法，止塞法，解危法。這苗醫治病的十六大法，是針對十六種病候而立。趕毒法治療積毒病候，敗毒法治療雄毒病候，攻毒法治療惡毒病候，止痛法治療疼痛病候，冷療法治療急熱病候，熱療法治療急冷病候，提火法治療內冷病候，退火法治療火毒病候，止瀉法治療瀉肚病候，健胃法治療胃弱病候，幫交環法治療交環不和病候，補體法治療虧損病候，表毒法治療風冷氣水毒草病候，退氣法冶療氣壅病候，止塞法治療外漏病候，解危法治療危急病候。
苗醫在長期的臨床實踐中，創造了簡便、廉價的治療方法20餘種，其中外治法尤為豐富，並體現了濃郁的民族特色和治療特點。
放血療法
用碎瓷片銳端或鐵製針具在指（趾）尖、指（趾）甲旁、肘窩、膕窩、人中、舌下青筋等處點刺出血、視病情放一至數滴血。
刮治法
用銅錢（或筷子、麻絲）蘸桐油（或菜油）、藥液，在脊柱兩側、胸部肌肉豐厚處，頭頂、前額、鼻樑、後項、腹股溝、四肢內側等處進行刮治，一般是從內向外或從上向下刮，力量適度，刮至該處出現暗紅色瘀點或瘀斑即可。亦可用生薑塊進行刮治。
爆燈火療法
用燈草芯浸透桐油或菜油，在燈上點燃後往選定的部位迅捷點灼，可聽見輕微的爆炸聲，被點處面板可見高粱大小的白色焦點。
生薑叭法
醫者將適量生薑嚼爛含於口中，以口對準患者穴位用力吸至發紅，穴位有百會、印堂、風池、風府、肩井、神闕、湧泉等。
以上四法屬於急救療法，多用於各種突發性急證。
氣角療法
用2～3寸長牛角尖，在尖端銼一小孔，治療時將角的圓口緊按於患處，醫者用嘴從小孔處將角內空氣吸出，造成角負壓，然後用蜂蠟迅速密封小孔，角即緊附於患處面板。主治麻木、疼痛、扭傷等。
滾蛋療法
有滾生蛋和熟蛋兩種。滾生蛋：取生蛋一隻洗淨晾乾，然後用此蛋在前額、胸、背、腹部、手足心等處來回或順時針滾動，至雞蛋發熱為止，主治熱病。滾熟蛋：用治冷病的單藥或具有重鎮作用的金、銀首飾與雞蛋同煮，蛋熟後將蛋取出稍候，然後用熱蛋在患者前額、額角、背部、胸腹部不斷滾動，使熱力和藥力透過面板入內達到治療冷病的目的。
發泡療法
將毛茛搗絨，取一團如花生米大小包額角或掌面腕橫紋中點，有癢痛感即去掉，有水泡發出，可治療“擺子“、“牙痛“等。
佩戴療法
將藥物裝在特製小布袋內，佩戴於身，或直接將藥物縫在小兒帽緣上，使藥物氣味透過口鼻吸入來防治疾病，此法多用於小兒。
燻蒸療法
可根據病情分全身或區域性燻蒸法。
1．全身燻蒸法：在土坎邊挖個深洞，洞上架數根粗木棍（能夠承受一個成人的重量），木棍下面置一口鍋，放入藥物加適量水燒開產生蒸氣後，將火撤去，然後在木棍上鋪墊一層松枝，四周用席或布圍住，令病人裸坐其中，頭露於外，讓藥液蒸氣燻蒸患者至全身汗出為止。主治全身風溼麻木、疼痛、面板病等。
2．區域性燻蒸法：用藥罐將藥煎好後從火上取下，將患處直接放於藥罐口，或將藥液連渣倒入盆中以藥液熱氣燻蒸患處，主治區域性疾患，還有用口鼻對著藥罐口燻蒸治療咳嗽，鼻塞不通等。
火針療法