馬士英原本手中兵馬不少的，但是被盧九德陰了一招，幾乎半數精銳都被周世顯吞併了，他還不敢問對方要回來，更不敢有一絲抱怨，根本就是“啞巴吃黃連，有苦說不出”。
當然，和他一樣遭遇的，還有劉澤清。
馬化豹最終趁亂逃往河南了，這讓他受人以話柄，只能夾著尾巴做人，眼睜睜地看著自己手中最精銳的千餘兵馬被周世顯帶走了。
同時，實力在四鎮中最為強悍的高傑所部駐紮在鳳陽府東北的州縣，以及徐州府，劉澤清還是被分配在了淮安府，兩人結成了抵禦來自山東之敵的防線。巡撫淮揚的路振飛統制兩人，同樣帶著他的巡撫標兵營協助防守。
而揚州府，鎮江府，應天府則成了周世顯麾下大軍的駐防地，這一次，高傑也不敢再來搶奪揚州了，這可是駙馬的地盤，除非他是想要另外三鎮和馬士英，路振飛兩個大人升官快點，懷著大無畏的精神，主動獻出自己的生命和兵馬。
周世顯也順勢安排了麾下兵馬的部署和訓練，並把之前封給他們的官職和部隊的最終編制給落實了。
這個時期明軍的軍隊編制十分混亂，各地方將領的個人喜好在其中又發揮著相當大的作用，使得各支軍隊的編制差異巨大，相互之間的配合作戰更加困難。
不過，他們大多都參考了戚繼光當初在北方的練兵方略，甚至就是戰場軍陣的佈置，也在很多方面可以看到當年北方戚家軍的影子，這也讓同樣使用戚繼光練兵之法的周世顯省事了許多。
而周世顯的軍制調整其實也談不上什麼大改，就是藉著訓練新兵的機會，將兩萬縴夫和收攏吞併而來的近五千兵馬重新打散重整，各營兵馬按照編制補充完整，形成基本標準，以期充分發揮大軍的最佳戰鬥力。
按照周世顯的設想，最核心的主力野戰軍主要分成了戰兵營，騎兵營，混編營三種型別。
戰兵營以步卒戰兵為主，火槍，長槍，刀盾為主要武器，並配備虎蹲炮，四磅炮等輕型火炮，組成炮隊，滿編人數在兩千七百人左右。
虎蹲炮是大明工匠就有能力生產的，四磅炮或許還需要等到湯若望從澳門把工匠帶回來，但周世顯這個編制原本就是為了將來很長一段時期設立的，所以如今早做準備也沒有錯。
騎兵營則是弓弩，長槍刀斧為主要武器，並配備有重量較輕，發射霰彈的虎蹲炮，滿編人數同樣在兩千七百人左右。
周世顯還計劃給一部分騎兵營配上短銃，但現在火器工坊的生產力還遠沒跟上，這個計劃目前和四磅炮一樣，還停留在了設想階段。
而且，以周世顯目前擁有的戰馬，他現在最多湊出一個獨立的戰兵營來。
至於混編營，則是在一個戰兵營的基礎上加上兩個千總，一千四百餘騎兵，以及一個上百人的炮隊，使得其具有綜合攻擊能力，可以脫離主力兵團單獨執行作戰任務，總兵力接近五千人。
除此之外，按照周世顯的計劃，他的部隊還要有水兵營，車營，輜重運輸營等，這些都是主戰部隊之外的兵種補充，在大戰中或許不顯眼，但都是不可或缺的存在，否則戰兵，火槍兵，騎兵的威力都難以發揮。
其中，水兵營周世顯目前還沒有頭緒，南京水營他是不信的，那些船可以用，但是人就算了，他打算拉攏鄭成功之後，再把這個明末海戰第一強者用上。到時候打造一支所向披靡的水師，絕對不成問題。
對於大軍整編而言，其實現在最嚴重的還是相對應的火器配備問題，雖然南京府庫裡還有不少刀槍，但是火炮火槍都不堪一用，無論是大型火炮，還是將來配備到各營的中小型火炮，還是得周世顯想辦法生產，而數以萬計的火槍需求，更是讓他頭疼不已。
不過，這種事也急不來，周世顯還得協調各部，從廣東，福建招攬工匠，還要等湯若望啟程，前往澳門。
而他當下首要解決的，還是官制問題，那個時候崇禎封的官都太高了，只是唬人用的，實際上那麼用，今後立了功，就沒法再加封了。
於是乎，周世顯私底下又給他們重新設立了一套符合實際的官職，同時也是為了確立自己對這支軍隊的絕對領導權。
他們是駙馬的兵，不是皇帝的兵，這是周世顯要明確告訴手下每一個將領的。若是誰敢逾越了這一條，那可別怪他不念情份，痛下殺手了。