崇禎十七年四月二十三日，李自成山海關大戰潰敗的第二日，崇禎皇帝朱由檢在駙馬周世顯，錦衣衛指揮使薛長福，兵部尚書史可法，以及數千護駕兵馬的陪同下，乘坐龍舟抵達了南京城外的燕子磯。
聖駕在浦口大營登船，近百艘大小船隻橫渡長江，宛如從天際而來，浩浩蕩蕩，可謂是“氣派非凡”。
南京的官紳數千人，還有無數城中百姓都早已經在城外等候多時，天子聖駕，在這個時代，是神聖無比的，江南又向來富饒，閒人也多，又有官紳安排，自然引得無數人來圍觀朝見。
崇禎皇帝之前在淮安的時候，已經把這些官員敲打得服服帖帖了，南方堆積如山的政務在他宵衣旰食，夜以繼日的幾日/批閱之下，重要的事情也已經基本處理完畢。
因此，此時整個南京上上下下，除了中央的官員之外，還有不少周圍省份的巡撫和將領，也都受詔，前來覲見天子。
周世顯好幾日之前便連續往返於南京和浦口之間，他受崇禎的命令，負責祭祀的準備工作，又提前檢閱了南京京營，準備演習之事，可謂是忙得連軸轉。
不過，這也給了他機會，提前和南京的實權太監們熟悉了起來，還有京營裡的勳貴們，周世顯稍稍丟擲了橄欖枝，便有人直接跪了下來，要跟隨他建功立業。
畢竟，這樣的機會可不多，說不得一輩子就這一次，別人就是想跪，恐怕也沒這個地跪。
當然，周世顯也並未要與文官作對，那不是他的敵人。
只不過是為了避免朝堂失衡，他必須早有準備，李邦華和倪元璐就是他的人，史可法也算半個，這些都是他快速實現自己練兵計劃的巨大助力。
崇禎皇帝登岸之後，先是拜謁了孝陵，然後從南京城的朝陽門進城，沿途群情激動，熱鬧非凡，看得崇禎和周皇后都滿心歡喜。
便是周世顯看了，也不由得佩服起了這個時代的官員，在虛張聲勢，搞面子工程方面，比後世還要強。
因為南京城的皇宮還沒有修復完全，崇禎的聖駕暫時停留在了內守備府。等到第三日的時候，崇禎才得以移駕皇宮，由此也正式頒諭天下，在南京重建朝廷。
而後，崇禎皇帝依照之前和大臣商議的結果，在南京皇宮正式頒佈了南京朝廷的各級官員任命。
原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼兵部尚書，入閣辦事；原都御史李邦華為東閣大學士，仍任原職；原戶部尚書倪元璐加東閣大學士，兼任戶部尚書；馬士英加東閣大學士、令右副都御史銜，仍任鳳陽總督；
與此同時，南京原本的各級官員也做了些許調整，以原詹事府詹事姜曰廣為禮部左侍郎，以張慎言為吏部尚書，以高弘圖為戶部侍郎，以劉宗周為都察院左都御史，其他衙門官員亦先後作了安排。
按照史可法，李邦華，倪元璐等人的意思，這是要讓“正人”佔據要津，才能使得朝廷有一番新氣象。
當然，實際上就是要兼顧京城隨駕重臣和南京一派的勢力分配，以免激起不必要的內部矛盾。
而崇禎皇帝自然不是朱由崧這樣的軟骨頭，他駕馭群臣的手段可不容小覷，手中更有周世顯的兵馬，既然一開始這樣安排，讓不少人都得以如願以償，平衡了朝廷的力量，之後很長一段時間就不會變了。
與此同時，崇禎在南京重新掌權之後，史可法和馬士英兩人既沒有原本歷史上的矛盾，也沒有原本歷史上的地位。
馬士英更是沒有原本歷史上的擁護之功，讓他入閣，其實只是崇禎皇帝拉攏這支力量的手段罷了。
文官安排妥當之後，就輪到了原本歷史上的“江北四鎮”，不過因為周世顯的到來，他們都沒了原本的威風，同樣也沒了所謂的擁護之功，加上週世顯麾下大軍的威懾，如今一個比一個乖。
軍事方面的事情崇禎不懂，似乎也真的是吸取了教訓，沒有再胡亂指揮，全權交給了駙馬周世顯來謀劃。
相較於原本歷史上的安排，周世顯根據當前的局勢和自己的需要，在駐防地上，稍稍做了一些改變。
手下兵馬較強，也忠心耿耿的黃得功駐守廬州府，和州府，劉良佐駐守在鳳陽府西南，兩人互為犄角，防範來自河南方面的敵人。鳳陽總督馬士英統制兩人，帶著他的兵馬駐守於兩人之後，協助防守。