這個時候，數次推辭不過的輕皇子孝德天皇，已經接受了菊花國的天皇之位。
皇極天皇之所以退位，也是無奈之舉，這都是因為權臣蘇我氏，實在是太專橫跋扈了。
輕皇子曾因不滿蘇我氏專權，以患足疾為名，不參與政治。輕皇子與中臣鐮足，既藤原鐮足過往甚密。
中大兄皇子既後來的天智天皇，中臣鐮足發動乙巳之變，誅滅蘇我入鹿一族後，輕皇子即位，是為孝德天皇。
公元六百四十五年七月十日，皇極天皇四年六月十二日發生乙巳之變。
二天後，皇極天皇意欲讓位於中大兄皇子，中大兄皇子辭讓並推薦輕皇子。
輕皇子三度辭讓並推薦古人大兄皇子，古人大兄皇子出家以示辭讓。
於是皇極天皇退位，菊花國史上第一次皇位相讓，輕皇子登壇即位，是為孝德天皇。
在此之前輕皇子並沒有被立為太子，孝德天皇向皇極上皇奉上“皇祖母尊”的稱號，冊立中大兄皇子為皇太子，冊立間人皇女為皇后，冊立阿倍小足媛和蘇我乳孃為妃，任命阿倍內麻呂為左大臣、蘇我石川麻呂為右大臣、中臣鐮足為內臣，既內大臣的前身、長年留學大唐的僧旻和高向玄理為國博士。
公元六百四十五年，孝德天皇元年，孝德天皇在菊花國史上第一次使用年號“大化”，取義於《尚書》中“施教化，大治天下”的意思。高句麗、百濟、新羅的使者訪問日本。
孝德天皇召對代行任那貢賦的百濟使者。因為賦稅不足，孝德天皇叱責使者。孝德天皇向尾張國和美濃國課徵供神幣。
孝德天皇任命東國等地的國司，命令製成戶籍、檢校田地。孝德天皇在朝廷備鍾一鼎，訴訟遲滯的抗議者可以撞鐘以示抗議。
孝德天皇設定良民和奴婢之子的區別方法。孝德天皇簡化對佛教的援助，選定僧旻等十位僧侶為十師。
孝德天皇派遣使者向諸國收繳武器。古人大兄皇子企圖謀反。中大兄皇子討伐古人大兄皇子。
孝德天皇禁止土地的貸借。並且決定遷都於難波長柄豐埼宮。
孝德天皇博中國典籍，對古代聖賢的治國之道瞭解很深，早已立志改革陳腐的政治。
公元六百四十六年，既大化二年，新年伊始，孝德天皇釋出了《改新之詔》，在各個領域進行了制度改革。這些改革，後世稱之為大化改新。
一、廢除了世襲氏姓貴族的稱號臣、連、國造、伴造等，制定新官制和冠位制，確立以天皇為中心的中央集權官僚制度。
二、把各級地方官吏的任免權收歸中央。設定了二官、八省、一臺的中央官制和國、郡、縣三級地方行政體系。
其太政大臣、左大臣、右大臣．號稱“三公”，與唐朝的太師、太傅、太保相當。
說句毫不客氣的話，孝德天皇幾乎己經是，照搬了大唐朝廷的那一套體制了，只是稍微做了一些改動而已。
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