第二日早朝，太監當庭宣佈聖旨，令禮部左侍郎鄭沂代表朝廷去西安祭奠秦王，並冊立秦世子朱尚炳為新任秦王；另外令魏國公徐輝祖節制陝西駐軍，太孫護軍由瞿能任指揮使，耿璇為指揮僉事，隨同魏國公巡視陝西。
早朝之後，朱允炆召見了禮部左侍郎鄭沂、禮部尚書任亨泰、兵部尚書茹瑺、魏國公徐輝祖、開國公常升等人，商討秦王的後事安排，禮部上報了其禮儀安排，朱允炆大致看了一下，感覺無比複雜，但看起來不像有問題的樣子，問了幾句，就讓他們照此去辦理了，令鄭沂次日啟程前往西安。任亨泰、鄭沂領命而去。
朱允炆讓茹瑺、徐輝祖、常升坐下，問道：“茹尚書、魏國公、開國公，孤最近在想一個問題，希望三位能夠解孤之疑。”
“殿下請講。”
“前些日子，東勝衛百戶吳信侵吞屯卒賞賜，皇上震怒，將其正法後，遣使諭守邊將士，點出邊疆苦寒，供給困難，只能屯田自給，而士卒勞苦，出則御盜，居則望烽燧，令將士不要學吳信，否則國法從事。另外孤記得洪武三年，軍戶逃兵接近5萬人，洪武二十六年，魏國公的統計，全國逃兵接近20萬人，所以孤想問一下三位，軍戶到底出了什麼問題？會有如此多的逃兵？東勝衛俯瞰河套，為抗禦蒙古的最前沿，竟然出現了侵吞屯卒賞賜之事，這到底是什麼原因？”
茹瑺微微一笑道：“殿下，臣記得卷宗裡說當時吳信的妻子患了重病，無錢醫治，所以動了侵吞屯卒賞賜的心思，被屯卒上告，因而被正法。相信這只是個案，況且侵吞數額不大，價值不過白銀二十兩。至於逃兵日多，臣以為是各衛所疏於管理，沒有制定有效的策略，防止士兵逃脫，所以臣以為五軍都督府需要加強整頓，否則大明的衛所崩壞，無力抵禦蒙古，可能重演蒙古入主中原之禍。”
徐輝祖站起來道：“茹尚書的說法末將不能苟同，吳信一案雖然主犯死有餘辜，但是邊疆苦寒，東勝地處抗蒙前沿，土地貧瘠，產出極少，且缺醫少藥，吳信身為百戶都無錢為妻子治病，普通士兵的窘境可想而知，故末將以為根本原因在於東勝衛條件太差，所以才會發生如此之事。至於衛所逃兵，這些士兵遠離故土，半耕半農，負擔太重，所以才會大量出現逃兵，五軍都督府指定了嚴刑峻法，但還是無法遏制。”
茹瑺也站了起來，向乾清宮方向一拱手，道：“那魏國公大人是質疑皇上對吳信的處置嗎？還是質疑皇上設立衛所的英明啊？”
徐輝祖大驚，跪在朱允炆面前道：“殿下明鑑，末將並無此意，吳信雖情有可原，但罪無可恕；至於衛所，末將以為只能嚴加控制才行。”
朱允炆不由得笑了，他發現文官真是殺人不用刀啊，一句話就把責任的根源都推到朱元璋那裡了，別人還怎麼和他愉快的聊天啊。所以他擺了擺手：“魏國公請起，孤認為任何事情都有兩面性，有利也有弊，處置手段其實就是趨利避害而已，而且隨著時間、條件的變化，利害可能會相互轉化。所以歷朝歷代都從前朝吸收經驗教訓，但同時也會產生新的弊病。我們今天只是討論事情，不要把事情涉及到皇上身上，也不要進行人身攻擊，孤希望我們討論問題的基礎是事實和證據，希望能找到一個好的解決方案。”
茹瑺、徐輝祖、常升趕緊道：“謹遵殿下教誨。”
朱允炆想了一下道：“茹尚書，孤想要兵部整理幾份資料，就是唐府兵的興盛和衰落，以及其背後的原因是什麼？孤希望有資料和例子作為佐證；還有宋朝募兵的優劣，也要詳細分析。最後對於本朝衛所的情況，要摸一次底，能做到嗎？”
茹瑺想了想道：“唐府兵、宋募兵這個都容易，不過衛所由五軍都督府管理，情況摸底需要五軍都督府出這份資料。”
朱允炆轉向徐輝祖，道：“魏國公、開國公，如何？”
徐輝祖躬身道：“殿下，末將要節制陝西軍兵，無法主持此事，這件事情還是交給開國公吧。”
“對了，孤疏忽了，開國公，你認為如何？”
常升道：“末將領命，不過還是希望殿下下明旨讓前後左右中都督府各自負責所屬的衛所，這樣會快一些。”
“這個沒問題，開國公認為需要多長時間？”
“至少半年。”
“可以，孤給你半年時間。”
事情定下來了，朱允炆就讓茹瑺去忙了。然後讓徐輝祖、常升下午到詹事院來，有事情要交代。
下午，詹事院。
朱允炆這次召集了徐輝祖、常升、瞿能、耿璇、郭鑰、吳升、宋瑄、齊泰、王度等人，單獨交代一下事情。等大家落座，朱允炆掃視了大家一眼，道：“這次派大家去陝西，任務很重，孤在這裡分配以下大家的任務，請大家仔細傾聽，切記保密。”
“殿下放心。”
“好的。”朱允炆到了牆邊的輿圖前，拿起竹竿道：“這次去陝西，魏國公要仔細甄選將領，在不影響戰力的情況下，將衛指揮使對調，避免其擁兵自重。”