這個莊園很大，陳天華只保留一幢大的三層別墅，供他和許雲媛使用外，其餘的都分配給了鄭坤，茅新等外來官員的棲息地，住宅。
一切都那麼的順利成章，唯一跟煤廣自治區不同的是，這裡的駐軍權不歸陳天華，除了總督衙門的一個直屬警衛連隊，其餘的都歸那讚的水師提督衙門節制。
煤廣自治區之所以陳天華擁有軍隊節制權，那是因在浙江省轄區，李存智是浙省提督，這種關係就非常特殊了。
可崇明可大不一樣，行政區域管轄權與駐軍權是兩碼事，那贊屬新成立的大清國海軍部節制，而海軍部是首席軍機大臣載灃直轄。
不過陳天華何其聰明，他跟總理衙門把地方治安的警察，緝私，典獄等司法權歸於自己掌控，尤其是巡警和緝私署，武器裝備配置精良，這跟那讚的水師，大有分庭抗禮之趨勢。
接下來就是崇明自治區內部治理與經濟建設，全部禁止煙館，搗毀阿片種植和加工基地，開墾淡水田地，擴大漁場，加強海鹽加工作業的工藝流程，興修水利等。
崇明東臨大海，是個天然鹽場，最早的原居民都煮鹽自給，後來官府設定鹽場，派定鹽田鹽灶鹽課，允許居民自給而外，可交鹽場收購，銷往江蘇、安徽、江西等地。
煮鹽既增加了大清朝廷課稅，對於島民又有利所圖，故而幾乎家家都有鹽田，而鹽灶更是星羅棋佈，那雪白的生鹽熟鹽堆積如山，宛若厚厚積雪。
這種家庭作坊式的煮鹽，產能低下，對環境影響很大，陳天華將手工作坊式規範成大型鹽場，採用官商合營的方式，建起大鐵鍋，用煤炭作燃料，煮、曬、灌裝等，利用傳送帶成流水化、半自動化作業，極大地提高了食鹽產能。
建立崇明自治區之後，陳天華首先要解決的就是動力。
他要求快速建設火力發電廠，發電廠從裝置採購，建設安裝除錯等人才儲備，一應俱全，煤炭更是直接從浙江長興發運水路，非常方便。
建立發電廠，除了照明，主要解決動力，提高勞動生產率。
崇明在江海會合處，故漁產豐富，最早上島棲身的便是漁民，水中珍品鳳尾魚、黃花魚、刀魚、銀魚、鰣魚、鱘魚等20餘種。
陳天華要求行政公署組建合作社制的漁場，漁民外出捕撈，漁場負責收購，然後組織水運將當日鮮活水產拉到上海水產市場。
崇明漁場在上海各大水產市場，設有專營水產攤位，對廣大市民出售鮮活水產。
崇明島四面環水，為了與外交通貿易，先民們首先發展了航運業，隨之產生了造船業。
經過多少代崇明人的努力，終於研製出了適應性強、用途廣的我國古代四大船型之一的崇明沙船。
崇明沙船以其出自崇明沙而得名，船身扁淺寬大，底平，首尾俱方，重心低，船面建築少，可減少受風面積，使航行平穩，又因吃水淺而不畏暗沙，即使擱淺也不易傾覆或損壞。
它的另一個特點是多桅多帆，風帆高大，能充分利用風力來提高航速。
陳天華利用古老的沙船結構，再配置現代蒸汽輪，準備在崇明籌建江南最大的造船廠，規模比他的太湖船廠大出數倍，建五千噸位的船塢，引進先進的西洋造船工藝與技術，建造遠洋巨輪，甚至於軍艦。
在陳天華對於崇明自治區的規劃中，教育與醫療這些民生大計當然是缺一不可。
這一時期的崇明要開發，首先是學習西方的教育模式。