大明使團在馬尼拉足足修整了二十天，等到全員身體和精神狀態基本恢復後，方以智、鄭芝鳳方才與張文耀等人告別，拔錨起航後向大明返航而去。
崇禎十四年十一月初九日，船隊在北海艦隊派出的幾艘戰艦的護衛下抵達天津衛碼頭，在離開大明五年後終於回到了故土。
踏上碼頭的那一刻，自恃心志堅定的方以智也不禁雙眼溼潤，而隨後下船的使團成員中，有的人則是放聲大哭，但更多人則是歡呼和雀躍著，表達著對回到故鄉的那種激動的心情。
十天之後，回到京師的方以智和鄭芝鳳奉詔入宮覲見，陪同他們一起入宮的還有溫體仁、孫傳庭、陳奇瑜以及禮部尚書鄒維璉、鴻臚寺卿李進番等相關人員。
雖然朱由檢已明令廢除了叩首禮，但首次覲見天顏的方以智和鄭芝鳳，依舊是堅持著行了三跪九拜的大禮。
尤其是方以智，以一介白身直接被擢為禮部侍郎銜出使歐洲，這種天大的恩遇可以說是自古罕見，尤其是在他自知名氣並不大的情形下，驟然有此榮耀加身，這種等同於再造的知遇之恩，是他無論如何都會感激涕零的。
“方卿、鄭卿且起！
卿二人在明知前路吉凶未卜，甚至隨時極有可能葬身魚腹之危時，依舊毅然奉命橫跨數萬裡之大洋，率團出訪極西之歐洲諸國，其心性之堅毅、勇於任事之擔當，用心辦差之能力，實為天下官員之楷模！
朕對二位卿家於此行之諸多表現極為滿意！
還望二位卿家今後戒驕戒躁，始終保持此優良作風，將此風格貫穿始終，在本職中充分發揚光大，為建設一個嶄新之大明做出更多貢獻！
二位卿家對歐洲之行有何看法，現下可以大致講說一番。
方卿，你便代表鄭卿講一講吧！”
朱由檢打量著方以智這位後世傳頌的名人，心裡頭不禁暗歎：“果然是盛名之下無虛士！”
對於此次歐洲之行的所見所聞，方以智都做了詳細的筆錄，對歐洲各國的風土人情及所看到的國情大政都有描述，並在其間新增了自己的思考和評論，可謂是十分用心之至。
這本多達十幾萬字的遊記體的著作，朱由檢已經在數日內瀏覽完畢，並且對現在歐洲各國的概況有了一個大致的瞭解和認識，這本筆記可以說是相當珍貴的資料，對於大明制訂相關政策有著很好的借鑑作用。
這種極其認真敬業的態度，也是大明官場所需要的。
“微臣等愧不敢當！
若非聖君在位，臣與鄭鳴山此生怕是絕無機會能有如此見識。
臣等只願此行所獲能有助於我皇明日後之發展。
他山之石可以攻玉。
此次歐洲之行，臣等認識到天下是如此之大，有諸多國家在某些方面之建設中，還是有許多值得借鑑的地方。
比如歐洲幾個強國所建立之大學，其為人師者所教授之知識，俱是以日常實用為主，許多工具若是於我皇明大力推廣，對於我國國力之提升還是有相當之裨益。
若非聖上如此開明睿智，臣等也是一直以為，我煌煌大明，乃是全方位領先於天下，並且不管多少年月，也會始終保持此等優勢。
但臣等在遊歷諸國之後，心裡似有所感，要是照此境況發展下去，歐洲一些國家，諸如法國、普魯士國等，很可能在不遠之將來，在國力上超越我國。
臣觀歐洲諸國行事，皆以強者為尊，舉國上下皆以物質財富為尊：無論你是如何獲取財富，眾人都是隻講結果，不計較過程。
此等行舉，實與強盜無異，與我華夏之國千百年來倡導仁義禮智信截然不同！
臣觀此後亦是心生隱憂。
若有朝一日，歐洲些許國家國力強盛，說不得便會覬覦我國之財富，若其憑強橫之武力來犯我，最終結局如何實是難以預料！”
感受到朱由檢對自己既欣賞又親切的態度後，方以智心頭的一絲拘謹與忐忑瞬間消失的無影無蹤，於是他接著朱由檢的話題，洋洋灑灑發表了長篇大論，昭仁殿中端坐的溫體仁等人有的在凝神靜思，有的則是流露出不以為然的神情。
“大善！”