在治軍思想上，曹操拋棄儒家以禮治軍的原則，認為“禮不可治兵”，強調“吾在軍中持法是也”，注重以法治軍。
他針對漢末為政失之於寬的狀況，“糾之以猛”，以使“上下知制”“所是進之以禮，所不是正之以法”。
他“攬申、商之法術”，制定管理、訓練等軍事法規，如《軍令》《步戰令》《船戰令》《論吏士行能令》《敗軍抵罪令》等，以維護軍隊的統一指揮，強化軍隊的戰鬥力。
為保證法規的實行，曹操主張嚴明賞罰，按法賞有功、治有罪。
明君不官無功之臣，不賞不戰之士；
治平尚德行，有事賞功能；
告誡諸將“賞功而不罰罪，非國典也”。
強調“諸將出徵，敗軍者抵罪，失利者免官爵”，並“親巡將士，明勸賞罰”，在公開場合，自己也不置之法外。
為貫徹以法治軍的思想，曹操特別注意軍中司法官吏的選拔，認為“夫刑，百姓之命也。
而軍中典獄者或非其人，而任以三軍死生之事，吾甚懼之。
其選明達法理者，使持典刑。”
曹操選將用人，主張破格求實。
他拔于禁、樂進於行陣之間；
取張遼、徐晃於亡虜之內。
他們後皆戰功卓著，成為名將。
還能夠根據將領特點，用其所長。
如，許褚、典韋壯武有力，忠誠奉法，曹操就讓他們戰則為軍鋒，息則統親兵。
臧霸有恩信於東土，曹操將青、徐二州託付於他，從而得以專心對付袁紹。
文聘本是劉表帳下大將，在江漢一帶頗有威恩，曹操任其為江夏太守，委以邊事，使御孫權。
對有過失的“賢”才，曹操往往任用如初。
他還注意集眾人之智指導戰爭，在兗州、官渡、鄴城、當陽、渭南、襄樊等重大戰事中，均聽取和採納將士的意見。
為盡其才，他倡導廣開言路之風，徵柳城烏桓得勝回師，還重賞曾勸阻他出徵的人。
在謀略思想上，曹操認為：“欲攻敵，必先謀。”
重視謀略是曹操軍事思想的重要內容，也是他事業成功的重要保證，所以他能夠“以弱為強者，非惟天時，抑亦人謀”。
曹操認為用兵“不可以禱祀而求，亦不可以事類而求”，顯示出其軍事思想中求實、尚變的兩大特點。
他推崇《孫子》，但要求諸將按他結合當時社會實際和實戰經驗編撰的《孟德新書》指揮作戰。
視善變為用兵核心，其行軍用師，被譽為“因事設奇，譎敵制勝，變化如神”。
強調“兵無常形”“兵無常勢”“兵之變化，固非一道”，只有靈活用兵，“以詭詐為道”，才能以變制勝。
還說“若以險固為資，則不能應機而變化也”。
他認為，詭詐的前提是知彼知己，只有在掌握了對方的兵力部署、戰將強弱、地形險易、後勤保障等情況的前提下，進行全面綜合的研究，才能制定出“因敵變化”“盈縮隨敵”的策略。
他尤重視奇正、虛實變化，要求以“至實擊至虛”，他的戰爭實踐也體現出這一點。