韓暹逃奔楊奉，因護駕之功被獻帝特赦。
於是，曹操殺了侍中臺崇、尚書馮碩、議郎侯祈，封董承等十三人為列侯，曹操本人亦領司隸校尉、錄尚書事。
隨後，曹操聽從董昭建議，於九月遷獻帝於許縣，他本人被封為大將軍，進封武平侯。
楊奉對遷許之舉非常不滿，打算攔路截擊，結果失敗。
十月，曹操討平楊奉。
十一月，曹操升任司空，行車騎將軍事，總攬朝政。
這一年，曹操聽從棗祗、韓浩等人的建議，開始實行屯田制。
劉備遭到呂布襲擊，投奔曹操。
程昱勸道：“依我看劉備有雄才大略，又深得民心，不會久居人下，不如趁早除掉他。”
曹操回答：“如今正是招攬賢才之時，為殺一人而失天下人心，不可。”
建安二年197年）正月，曹操討伐割據宛城的張繡，駐軍淯水。
張繡舉眾投降，旋即復叛，曹操長子曹昂、侄子曹安民、猛將典韋戰死。
曹操引兵退還舞陰，張繡派兵來攻，被曹操擊退。
張繡奔往穰城，與劉表聯合。
曹操對諸將說：“我收降張繡等人，卻犯了沒有立即扣押人質的錯誤，所以遭到了失敗。我明白了失敗的原因，請大家看著，從今以後我不會再失敗了。”
之後，回到許縣。
割據淮南的袁術僭號，呂布把他的使者送到許縣，袁術怒而進攻呂布，結果為呂布所破。
九月，袁術侵略陳國，曹操聞訊親自東征袁術。
袁術得知曹操親自來，便棄軍而逃，留橋蕤等四將鎮守。
曹操到後，斬殺橋蕤等將。
袁術渡淮而走，曹操也回到許縣。
十一月，曹操南征荊州，到達宛城。
劉表部將鄧濟據湖陽，曹操生擒鄧濟，湖陽也投降。
之後，曹操又攻下了舞陰。
建安三年198年）正月，曹操回到許縣。
三月，曹操再次南征，圍攻張繡於穰城。
四月，曹操所遣的謁者裴茂率中郎將段煨討李傕，夷三族。
五月，劉表派兵救援張繡，並打算截斷曹操後路。
曹操引軍退還，張繡追擊，曹操軍無法前行。
於是，結成連營，得以慢慢前進。
曹操寫信給荀彧說：“賊軍緊追我軍，雖然我軍日行數里，但我算好了，到安眾縣時，一定能打敗張繡。”
到了安眾縣，張繡和劉表聯軍守在險要地方，曹操軍前後受敵。
於是，曹操派人趁天黑在險要處挖鑿一條地道，把輜重物資全部偷運過去，又設下伏兵。
天明時，張繡軍認為曹操已逃走，全軍追趕。
曹操便派出步兵、騎兵兩面夾攻，把賊軍打得大敗。