在這樣的情況下，原本就已經十分激烈的矛盾至於無法控制了，藩內開始出現零星的騷亂，眼看就要演變成戰國時代的一揆暴動了。
正當藩內的矛盾已經鼎沸，即將達到要爆發的程度時，大漢的軍隊也打過來了，在大漢的兵鋒面前，福岡藩、久留米藩、小倉藩等等大藩不堪一擊，很快就被打得狼狽鼠竄，最後被統統予以消滅，而島原藩雖然不是大漢的攻擊方向，但是藩內也極受震動。
藩主松倉勝家雖然在接到了幕府的命令之後就召集了藩兵到藩城集結，但是他在看到了這些大藩出兵抵禦大漢軍隊，並且一觸即潰的下場之後，早已經是心驚膽戰，哪裡還有再和大漢大戰的勇氣？
不過因為世代受幕府恩惠、而且情勢不明朗的緣故，他也不敢向大漢投降，思前想後，覺得走投無路的他乾脆做出了逃亡的決定。在大漢四處進兵，並且把幕府老中內藤忠重包圍在久留米藩城內的時候，他帶著自己的一群藩臣直接從逃跑，從此不知所蹤。
幾乎在他從藩內逃離之前，藩中的教民就已經開始舉事了，因為藩內的藩臣武士們大量逃亡，再也沒有人制止他們，這些藩民很快就佔領了幾乎整個島原藩，並且將島原城當成了自己的據點。
島原藩的教民起事成功之後，訊息很快就傳遍了九州的西部和南部，各地的天主教民也紛紛起來響應，很快就變成了席捲一方的熊熊烈火，而當時因為大漢軍隊還在忙於攻擊幕府軍隊儘快結束戰事、其他的藩主也紛紛參覲大漢將軍，並且帶著自己的藩兵參陣，一時間無人鎮壓，竟然讓這種教民一揆出現了星火燎原的氣象。
不過，等到大漢軍隊打下久留米藩城、老中內藤忠重和藩主有馬忠賴自殺殉國之後，大漢和這些親附於大漢的藩主們，終於可以騰出手來解決這個問題了。
大漢最初並不想要在這種鎮壓平民暴亂的小規模低烈度戰爭當中浪費自己的兵力，所以只是下令各藩出兵鎮壓教民，而各個藩主們為了在大漢面前討好，也紛紛派兵參陣，南下或者西向鎮壓。
最初鎮壓的戰事還算順利，但是很快，在打到了島原藩境內的時候，鎮壓軍隊就遭遇到了激烈的抵抗，最後竟然難以有寸進，戰事變得膠著了起來。
雖然這些暴亂的天主教民當中有些是舊日島原藩的武士，但是經過了多年的平民生活後他們的軍事技能早已經退化，再加上這些教民的武器裝別也十分低劣，大部分人甚至只能用鋤頭、鍬鎬來抵禦敵人，可就是這樣也還是抵抗住了各藩聯軍的進攻。
這一來是因為這些教民早已經受夠了殘酷的信仰和階級壓迫，導致他們心中仇恨很深，士氣高昂，甚至有些人是殺了自己家人之後再起來暴亂的，早已經存了死意；二來是因為各藩藩軍在幾十年的承平之後早已經戰力退化，更無死戰之心；三來是因為各藩藩軍誰也不服誰，難以做到有效的統御指揮，都只想著儲存自家的實力。
看到這些藩軍居然鎮壓平民暴亂都這麼吃力，大漢徵日軍高層自然十分震動，就連趙松和嚴廣都為之惱怒不已——他們原本是打算借用這些藩軍北上進攻京都的，如今看到他們居然戰鬥力如此拙劣，如何不氣？
不過，在他們想要嚴詞呵斥這些藩主命令他們繼續加緊進攻、同時準備派大軍協同鎮壓的時候，大漢使臣周璞主動請纓前往島原前線，以自己的權威來統一指揮這些藩主和藩軍，同時他認為大漢軍隊最好不要把兵力浪費在這種地方，只需要派一小部分軍隊跟隨自己壓陣就可以了，主要還是繼續驅使這些藩軍來進行鎮壓。
周璞日後是打算親自帶著這些藩軍北上的，他想要藉著這個機會，在這些各藩的聯軍當中先建立一個由自己來統一指揮的體系，順便練練兵，以免到時候手足無措。
他的建議很快就被採納了，在趙松的親自命令下，一支小規模的軍隊協同周璞一同來到了島原藩內。
當週璞來到了前線之後，他馬上將各藩的藩主召集了起來，首先嚴詞呵斥了他們，並且轉述了大漢將軍的態度，告訴他們現在他們都要戴罪立功，如果接下來的戰事還是不順的話，大漢將軍就要來治罪了。
這些藩主們聽到這樣的話之後自然驚懼不已，紛紛表示請天使從中說項、並且表示自己接下來將盡全力死戰，一定要早日鎮壓下這些天主教民。
嚇唬了他們一通之後，周璞再下令重新編合這些藩軍，並且讓這些藩軍直屬於自己的統轄之下，同時他還將老將立花宗茂作為自己的副手，協同自己指揮這些藩軍，同時命令各級藩軍不管來自於哪個藩，都必須服從自己和立花宗茂的命令。
周璞之前是文官，並沒有打過仗，所以他並不打算自作聰明胡亂指揮，他跟趙松討要了幾位參議軍官作為自己的智囊，而趙松也十分慷慨大方，將自己的親信、遼東團的參議軍官黃國昌調配到了他的手下。
有了黃國昌和立花宗茂的輔佐，周璞又有大漢天使的權威，再加上各藩藩主深怕大漢將軍治罪，所以他對藩軍的整編倒也是十分順利，短短几天之內就讓這些藩軍統轄到了自己的屬下。
而在他重新整備這些藩軍的時候，島原藩的地界上也難得地出現了暫時的平靜。
在這短暫的平靜當中，這些天主教民們也興起了僥倖之心。
他們派出了使者來到了藩軍陣前，並且求見了周璞，表示他們並不願意與大漢交戰，現在只是為了保命而不得已為之。使者的言辭十分哀懇，屢屢哭訴之前幕府和藩主對他們的壓迫，宣稱他們和幕府以及藩主仇深似海，絕對不會去為了幕府和大漢為敵。
他們要的條件也很簡單，只要大漢願意放過島原藩內的天主教民、並且讓他們自治，那麼他們願意投降並且歸順大漢，決不和大漢為敵。
然而，周璞卻直接拒絕了他們的要求。
雖然一直都在引進西洋技術和工匠，但是大漢對天主教本身就十分警惕，一直都不允許西洋傳教士自由傳教，若是他在這裡答應了這些教民，傳回國內應該怎麼向朝廷交代？
另外，他們打過來的時候就宣傳是為了朝廷和各藩的利益去討伐幕府，這樣才能得到各藩的歸順效勞，若是任由天主教民造反暴亂，那各藩疑懼之下又怎麼可能真心和大漢合作？
所以儘管使者說得聲淚俱下，並且嚴詞悽切，但是周璞仍舊不為所動，他直接命令使者回去告訴教民們的首領，三天內必須投降，並且全體放棄對天主教的信仰，否則就將玉石俱焚！
他的要求被藩內的教民首領拒絕了，於是一場血腥的鎮壓也就勢不可免了。
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