和珅伏法之後，嘉慶也繼續下發詔令，逐漸更新乾隆末年的部分弊政。
首先，對於地方之上聲名狼藉的官員，嘉慶逐步展開查辦，比如湖廣地方上貪縱不法，激起民變的湖南布政使鄭源璹、湖廣道員胡齊侖、武昌知府常丹葵等人，雖未必與和珅有所交集，但貪虐形狀屬實，一律革職查辦。和珅另一親信，雲貴總督富綱，也在不久後被革職拿問，押解入京。
接下來，嘉慶依從朱珪建議，將議罪銀之制認定為“和珅所創弊政”，有了和珅的名義，那麼廢除議罪銀，自然也就是順理成章之事了。
隨後，嘉慶開始下詔求言，聲稱無論官民，均可向軍機大臣或各部院上書，後改為向都察院投書，總之即便是平民百姓，也可以向朝廷陳述所見弊政。而且就理論而言，除非嘉慶親決，否則都察院不得將平民上奏視為“妄誕”之言。（然而，因上奏文書數量眾多，都察院擅自退回平民上奏之事，也依然有例可循。）
同時，對於乾隆朝因詩文著書犯禁的部分犯人家屬，嘉慶亦宣佈予以開釋，徐述夔、王錫侯兩家現存家眷，得以迴歸鄉里。在詔書中嘉慶也宣告：“殊不知文字詩句，原可意為軒輊。況此等人犯，生長本朝，自其祖父高曾，仰沐深仁厚澤，已百數十餘年。豈復繫懷勝國，而挾仇抵隙者。”一時間民間挾詩文檢舉之事，漸漸無聞。
清除舊弊的同時，嘉慶也厲行節儉，嘉慶四年因大行皇帝梓宮尚未安葬，暫停避暑山莊之行。先前新疆官員奉和珅之命，開鑿大和闐玉送往京城，嘉慶得知此事之後，即令前方官員將大和闐玉棄置。乾隆廟號諡號，此時也已定下，廟稱高宗，諡曰純皇帝，後世諡號有所增益，暫時不表。
對於中外官員，嘉慶進一步進行調整，前線大員宜綿、秦承恩因久戰無功，即行革職拿問。松筠迴歸中原，暫任陝甘總督，阿桂一力提拔的幹吏吳熊光，被授予河南巡撫。在四川以清廉聞名的劉清，也被嘉慶委以安撫戰區百姓的重任。前線這時也屢傳戰果，冉文儔、冷天祿等白蓮教領袖均被剿滅。
就連衍聖公府之事，嘉慶也進行了調整，原本乾隆要求於氏撫養孔慶鎔，嘉慶親政後，以於氏外家不得擅自干預孔府家事為由，將孔府要事暫且交歸孔憲增處理。對於孔府父子姐弟而言，這也是最好的結果。
此時，嘉慶也將大權暫時集中在南書房，以備政權過度之用，阮元也得到更多重任，暫署兵部左侍郎，參與綠營各部將官任免呼叫之事。一時眼看朝廷之中，皆是王傑、劉墉、紀昀、董誥、朱珪等元老重臣，阮元也不禁感慨，此時已是眾正盈朝，再興盛治，或許有望了。
只是阮元的日子，卻也一直不得安歇。雖然沒有了捉拿和珅，策應其中等機密要事可言，不需要再一直等到入更才能還家。可一時間南書房集中了大量各部公文，阮元既需要負責禮部乾隆大禮事宜，也需要參與兵部將官任免，每日在南書房中，依然辛苦。大多數入值之日，都需要一直忙到申正之後，才有可能退值，這在清代已經是極晚的退值時分。
眼看北京城已是冬去春來，進入三月時分，阮元的公務卻一點不少。這一日，兵部擬定的部分將官改任奏疏被送到了南書房中，因涉及俱是提督、總兵之屬，阮元一時也不敢決策。便將英和、潘世恩一併找來，共同擬定改任之事。
英和看著擬定的改任人選，問道：“阮侍郎，皇上自清除和珅一黨一來，所新任提鎮，俱是資歷深厚，多有功績之人。這份名單後面，也已經將各人近年的考課勞績，一一齊備。卻不知阮侍郎又有何建議，難道兵部如此謹慎的調任名單，竟也有不妥之處嗎？”
阮元笑道：“其實並非如此，兵部這次調任官員，大多都是近年來為官勤勉，足以提鎮一方之人。這個在下是不反對的。只是這其中有個人選，在下覺得還是再行商議為好。”說著開啟了名單，將手指指向了其中一個熟悉的名字：李長庚。
“李長庚？”英和不覺有些疑惑，道：“文書中已有載明，李長庚在定海鎮任總兵兩年有餘，一向勤勉，深得士眾之心，所以此次改任廣東的碣石鎮總兵，算是平級調動。而且，近年來東南沿海，海寇頻頻，這個阮侍郎在浙江難道不知道嗎？將他調任碣石鎮，我看著距離海寇更近些，引兵作戰反而方便呢。”
“但在下卻認為，眼下應當讓李長庚繼續擔任定海鎮總兵為好。”阮元道。
“那阮侍郎又有何高見？”英和問道。
“在下以為，李長庚移鎮，有三不可。第一，李長庚在定海鎮不過兩年，若陡然調離，定海鎮軍心必然受到影響，而他在碣石鎮可謂初來乍到，還需要時間去熟悉軍情。這樣對於兩鎮而言，都不方便。第二，在下曾與定海鎮將官有所交流，得知他們僅嘉慶二、三年兩年，便積欠了一半軍餉，若是此時定海鎮無一令人信服之人坐鎮，萬一今年軍餉再次發放不及，只怕定海鎮軍中會有譁變。第三，在下在浙江時，深知眼下海寇飄忽不定，閩浙粵三省俱有大批海盜出沒，並不是說浙江靠近東海，所受災難便要少於其他諸省，相反，海寇往往因浙省無備，竟北上突然襲擊浙江沿海。是以此時浙省各鎮總兵，不僅要選資歷深厚之人，還有考慮是否擅長海戰，是否能及時用兵。眼下擬任的這位哲勒杭阿大人，在下亦曾得聞，雖然勤勉，卻不擅海戰，此時浙江一旦呼叫不及時，只恐沿海百姓，年內便要受海寇所害，是以在下想著，能將他暫留定海鎮，待海寇平定了，再考慮升遷之事不遲。”阮元道。
“可是阮大人，您這番話，我聽著即便反過來說，也沒錯啊？既然李長庚在浙江，不過一年就可以穩定軍心，那他去了碣石鎮，一樣可以很快指揮起全鎮人馬才對。至於軍餉，皇上估計這幾日也就要下發了，又有何必要讓他繼續留任？至於海寇飄忽不定，那為什麼一定要強化浙江的防範呢，難道福建和廣東，就已經不需要再考慮了嗎？”英和問道。
“英大人，海戰絕不同於陸戰，若不是精通海戰之法的宿將，驟然督師作戰，必然要吃大虧。所以沿海各鎮，在下以為大多無需變動，但諸如先前黃岩鎮總兵陳上高，貪劣之跡早已上聞，將他撤職，是不可不為之舉。可李長庚並非此類劣員，此時呼叫他鎮，又有何益呢？而且在下還認為，眼下沿海各鎮，也需要一隻精於海戰的水師，這樣日後清剿海寇，才能無往不利，如此頻繁更換提鎮，其實並不利於練兵。”阮元堅持道。
“阮大人，外省提鎮之事，哪裡像你想的那般麻煩啊？任職一兩年便即調動，本來也是常事，怎麼到了阮大人這裡，就這也不可，那也不可了呢？還是說，阮大人與李長庚有舊，所以想借此庇佑於他啊？”英和道。
“那潘大人有何意見？”阮元看著自己難以說服英和，只好求助於潘世恩。
“這……阮大人，下官這些年做得都是翰林，也不比阮大人，還有機會出京督學，若說起軍旅之事，在下也著實不在行。不如還是等皇上到了，再請皇上定奪吧。”潘世恩是乾隆五十八年的狀元，因文才出眾，兼之勤勉，僅七年便升到詹事，也是阮元之後漢臣升遷最快的人之一。可正因如此，外事一時間卻並不熟悉。
也就在這時，只聽外面一個聲音道：“阮元、英和，你們是在這裡討論政事嗎？這是好事。朕不如皇阿瑪英明神武，自然也需要你們齊心協力，多些意見，朕也可以斟酌使用嘛。”正是嘉慶到了，張進忠則拿著一卷詔書，跟隨其後。阮元等人也連忙跪拜兩旁，讓嘉慶先上龍位坐下了。