聯軍快速從多個方向殺入京都的大街小巷裡，而三好義賢只得退守仙洞御所、京都御所附近那些有牆垣和防禦公式的地方固守。不過，聯軍的攻擊並沒有立刻到來，因為他們各部之間忙著爭吵誰才是第一個衝入京都，這可是事關榮譽的大事。
然而，他們的北側卻突然想起了戰鼓的聲音！
眾人紛紛驚詫地向著北邊望去，只見千餘打著三好長逸旗號的伏兵，從京都北邊的相國寺裡殺出，朝著聯軍的側翼席捲而來。而聯軍最北邊的池田恆興所部，則首當其衝。
“麻煩了，恆興他又忘了偵查！”更在池田恆興側後的丹羽長秀髮現了三好長逸的部隊後，立刻率軍前去支援。因為池田恆興所部不是渡河的第一批部隊，在大家向著京都衝鋒時還落在後面。為了趕上前面的人，他幾乎放棄了指揮和陣型，強行向著京都衝去。現在，他的部隊稀稀拉拉地拖成一長條，如果被三好長逸側擊的話，就將直接崩潰。
然而，丹羽長秀的增援部隊卻在鴨川附近被混亂的聯軍給擋住了，折騰了好半天才勉強趕到京都東邊的梨木神社和廬山寺。而此時，池田恆興混亂的部隊已經被三好長逸擊潰，池田恆興自己則帶著手頭還能收攏的部隊，朝著南邊的瀧川一益所部靠攏。
“孃的，真是樂極生悲！我剛還覺得我是第一個衝進來的呢！這三好長逸，當真不是個東西啊！”池田恆興原本的400戰兵，現在身邊只剩下100來人，其他的都被三好長逸給衝散了。京都裡面寺廟林立，屋敷縱橫，街道雜亂無章，實在是太混亂，以至於不熟悉地形的他根本無法收攏部隊。而三好長逸卻在京都駐守過很長一段時間，對各種小路大路都掌握地得心應手，快速地追擊著池田恆興，把他追得收不住腳。
“叫池田恆興快點把他的部隊停下！”此刻，位於他南邊的瀧川一益也是急得如熱鍋上的螞蟻。他的部隊雖然是第一批渡河的，但為了搶功，陣型比池田恆興好不到哪裡去。再加上他要更靠近京都中心，所處的街道更加雜亂複雜，部隊散落在其中，根本指揮不過來。就在他好不容易恢復了一半部下的指揮後，池田恆興的敗兵就從一條京都的大街上退了過來，把他的部隊給衝亂了。三好長逸趁機掩殺，結果瀧川一益也沒能形成抵抗，就繼續向南邊敗去。
而此時，仙洞御所和京都御所內的三好義賢所部也趁機展開反擊，聯軍瞬間因為不熟悉京都大街小巷的複雜地形而陷入混亂，只得狼狽地向京都外圍退去。京都作為一個往日裡的繁華城市，居住著大量的居民，隨著兵災波及到了京都，那些沒來及逃難的居民也紛紛四處逃竄，加劇了混亂。再加上此刻劇烈的西北風，位於下風口的聯軍更加雪上加霜。
“哪裡有平地？哪裡有空曠一點的地方？”此刻，淺井長政正率領著侍衛策馬奔走在混亂的京都裡，試圖尋找一個開闊地。終於，他在仙洞御所東邊的湖畔，找到了一個可以容納近千人的空地。
“雄鷹備，立刻列陣！”淺井長政高呼了一聲，旗手立刻開始熟練地擺動旗幟。在一片混亂中，聯軍大多數戰兵都已經失去了建制和指揮，狼狽不堪地如無頭蒼蠅一樣亂撞。但是，按照雨秋平的現代訓練法一手練出的1000雄鷹備，卻依舊維持著高昂計程車氣和紀律。他們在接到了淺井長政的命令後，立刻開始在平地裡進行列陣。雖然由於時間有限，環境混亂，淺井長政只在倉促之間集結了500人，不過這已經足夠了。他立刻下令這500雄鷹備沿著大街反擊回去，把試圖追擊的三好義賢所部給乾脆利落地打退，為聯軍的撤退贏得了時間。
而另外一個保持了建制和指揮的丹羽長秀所部，也從側面對三好長逸進行反擊，迫使三好長逸停止了行動，而不得不轉向應付丹羽長秀。
由於三好軍的數量實在有限，而聯軍的反擊和撤退也很及時，並沒有受到太大的傷亡。不過，由於建制混亂，對於京都的進攻不得不暫時停止。池田恆興、瀧川一益、森可成還有淺井家的大部分家臣，此刻都逗留在京都外圍，在一片亂兵中重新集結自己的部隊，把他們恢復建制。
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巳時四刻，得知北路軍在京都受挫的織田信長暴跳如雷。其實北路軍遇到的麻煩並不算大，他們面前的三好軍依舊只有他們的一半左右。等到他們整頓好了部隊，不再犯輕敵大意的錯誤，而是老老實實地進攻時，京都的壓制只不過是時間問題。
然而，織田信長卻依舊忍不下去了。在這樣激動人心的曠世大戰裡，他整整一個上午都只能坐在音羽山上幹看著，對於生性不羈，渴望戰鬥的他實在是太難熬了。而北路軍和南路軍卻又連連犯錯，進度一再拖慢，更是消磨光了他的耐心。
“這些豬頭腦子，到底有什麼用啊？”織田信長對著京都的方向破口大罵。隨後，他隨手從一旁的架子上扯下自己的黑色披風，往胸前一系，就大踏步地走出了清水寺。
“傳令！”織田信長站在山腰上高呼道，“織田家直轄，柴田所部，佐久間所部，隨我一同出兵！”
“向西北走！先打下六波羅蜜寺，然後渡過鴨川折而向北，全軍夾擊京都！”
“那主公，渡過鴨川后，西南那邊的東寺還有西邊的二條城不管了嗎？”明智光秀更在織田信長身後，出於謹慎還是提醒道，“那裡都可以因隱藏大量敵軍。”
“不管了！慢死了這些人！餘的眼裡只有京都！三好長慶估計早就夾著尾巴灰溜溜地逃了，要是他不想撤退，怎麼可能把音羽山這戰略要地讓給我？”織田信長邊說邊指了指腳下的音羽山，“要是想合戰的話，音羽山就是他最好的陣地。三好修理又不是不知兵的人，他既然都拋棄了音羽山，肯定早就撤退了。”
織田信長於是轉過身來，面朝著山下的大軍，振臂高呼道：“去建功立業吧！織田家的勇士們！誰先進入京都，就將成為名垂史冊的武士！”
“嘿！嘿！吼！”已經忍耐了半天的織田家中路軍，早就受夠了當看客的滋味。一接到進軍的命令，而且目標地還是京都，所有的武士和足輕都是熱血沸騰，跟著織田信長一起振臂高呼。