輝長的舉動讓足利義昭十分惱怒，這讓他很是下不來臺，於是他立刻派出使者去責備輝長。
輝長直接不見使者，那使者連上田城都沒能進去就灰溜溜的回了伊豆。
足利義昭大惱，在伊豆崛越城的大殿裡，足利義昭喝問道：“你們覺得這個小笠原輝長是要背叛幕府了嗎？居然不聽吾的號令！”
三淵藤英皺眉道：“殿下，小笠原信濃守之前並沒有什麼不妥的舉動，您下旨廢掉他的管領一職，這說不過去。”
足利義昭怒道：“一開始吾還覺得對不起他，但是現在吾已經看清楚了，他就是個奸賊，狡猾的奸賊，現在是原形畢露。
為什麼撤掉他？他小笠原輝長為什麼不支援吾兄長，導致吾兄長戰死？”
細川藤孝低頭道：“殿下，這個理由有些牽強了，這個時候，還是讓關東管領出面安撫信濃守吧？”
明智光秀卻是說道：“三淵様，細川様，絕不能讓關東管領殿出面，此時小笠原信濃守就已經對抗幕府，難道還要繼續放任他壯大嗎？
在下以為，只需要關東管領殿支援殿下就可以了，上杉殿才是真心對待幕府的啊。
難道兩位還沒有注意到嗎？小笠原信濃守到現在既沒有承認三好家扶持的足利義榮，也沒有承認殿下為徵夷大將軍，此人真是司馬昭之心，路人皆知了！”
三淵藤英被說服了，在足利義輝死後，小笠原輝長的動作就有些詭異了，對於幕府的反應太過於激烈了。
足利義昭一看大家都不說話了，便說道：“那就把小笠原輝長列為朝敵，與三好長慶一樣！”
很快，幕府的指令傳達到四方，上杉輝虎也收到了這旨意。
上杉輝虎看到旨意的時候，大驚失色，驚訝道：“輝長様怎麼被朝廷列為朝敵了？殿下身邊有奸臣！”
宇佐美定滿看著上杉輝虎的樣子，有些後悔了，當初就應該提醒一下小笠原輝長是個有野心的人。
只是當初小笠原輝長和他之間密謀都有利於上杉家，他才引而不發，現在悔之晚矣。
他連忙說道：“主公，幕府撤掉了小笠原信濃守七國管領的職位，這讓小笠原信濃守很是生氣，違抗了幕府的旨意。”
上杉輝虎皺眉道：“輝長様這麼忠貞的臣子，殿下為何要撤掉輝長様的職務？定時朝中有奸臣，我要去向殿下那裡為輝長様辯解！”
隨後上杉輝虎就啟程冒險進入伊豆，抵達崛越城，面見將軍足利義昭。
足利義昭見上杉輝虎不請自來，便問道：“你怎麼親自來了？這太危險了。”
上杉輝虎俯身道：“殿下，臣不知您聽從誰的流言，但是臣以為，信濃守是武家棟樑，幕府忠臣，您不應該這樣對待他。”
足利義昭一愣，臉色有些僵硬，不過他知道上杉輝虎是真正的忠臣，搖頭道：“你還沒有看出來嗎？
吾只是去掉他七國管領的職務，他就反抗幕府旨意了，若是以後他的領國繼續增加，恐怕就有了謀反的膽量！”
上杉輝虎連忙辯解道：“殿下，這絕無可能，您難道忘了信濃守的上洛之功了嗎？”
足利義昭搖頭道：“此一時彼一時，那是吾兄長生前的樣子，恐怕小笠原輝長現在因為吾兄長的死，而開始肆無忌憚了！”
上杉輝虎皺眉道：“還請殿下寬恕信濃守的行為，臣會去信濃勸諫信濃守來道歉，還希望殿下允准。”
足利義昭點頭道：“好吧，那你就去吧，不過他要幕府寬恕，那就得卸下美濃守護一職。”
上杉輝虎直接從伊豆乘船就到了三河，隨後抵達了信濃上田城。
輝長自然不能拒絕上杉輝虎，連忙熱情的接待了上杉輝虎。
上杉輝虎看向輝長道：“輝長様怎麼就違抗幕府法令了呢？如此還怎麼維護大義啊？”
小笠原輝長有些委屈道、“輝虎様，在下可是在東海道，北陸四處征戰，只為了幫公方殿下平定叛亂。
但是殿下這無緣無故撤掉在下的職位，這讓天下人如何看我？
再說了，大御所並不是只有一個弟弟，憑什麼是他崛越公方繼位啊？哼，這樣的公方讓在下寒心。”
上杉輝虎連忙說道：“公方殿下繼位，是因為三淵様有大御所臨死前的旨意，不然在下也就不會去支援公方殿下繼位了。”
足利義輝死時並無後代，歷史上的輝若丸並沒有出生。
輝長搖頭道：“糊塗啊，京畿不還是有周嵩殿下嗎？在下已經收到訊息，周嵩殿下就在六角家呢。”