首先開通新河道，將奪淮的黃河引開北上。同時將高家堰加高、加寬，蓄積淮水，再從洪澤湖西南部出湖，利用黃河的舊河道入海，將舊河道刷出來。
當舊河道刷出來一部分後，截斷淮河進入長江的通道，將淮河水全部引入洪澤湖，擴寬洪澤湖西南清水口，加大刷河力度。
當黃河新河道二三十年後逐漸淤積時，將關閉黃河河閘，新修堤壩，將黃河匯入洪澤湖，引入已經沖刷完成的淮河之中；同時再開啟洪澤湖東北部大水閘或直接破開堤壩，用新修的堤壩將進入洪澤湖的淮水匯入“新黃河”中，沖刷已經淤積的新黃河。
如此交替利用兩條河道，一清一濁反覆，一方面解決了黃淮河合流後，汛期洪水倒灌，洪澤湖清口的淤積問題；另一方面，交替使用兩條河道，使黃河淤積這一千古難題得到根本性的解決。最後，因為洪澤湖有了兩條出水口，將大大緩解祖陵的壓力。
這一方案唯一短板在於黃河入洪澤湖期間，將導致洪澤湖出現淤塞，樞紐失靈。但是潘季馴判斷，因為淮河位置較低，當再次重新改換河道後，洪澤湖內淤積的泥沙將被衝下去大部分，不會成為大患——為了百年之計，可在洪澤湖外留下一部分土地不予開發，充當洩洪區備用；也可在旱季進行洪澤湖的疏浚清淤工程，擴大庫容。
這個方案若能成功，將一箭多雕，同時滿足皇帝既保祖陵、又保運河，還保民生的要求。而且，利用這全國性的大工程及周邊的配套水利工程，將使常年受災的兩淮和黃河流域成為糧米之鄉——真正的功在千秋。
張居正當時看了潘季馴上交的第三份報告所耗費的錢糧、工役，猛吸涼氣，二話沒說，直接判第三份報告死刑。但朱翊鈞見之，心裡大為驚喜。
新中國建國後，治理黃、淮河採用的方式和潘季馴第三方案只有一小部分類似，最大的區別是沒有徹底改變淮河仍為長江支流的狀態，而且也當時黃河也改道了，因此治理兩河均屬於單流域治理。——黃河的淤積問題，到了新世紀其實已經不用解決，因為黃河下游基本上快斷流了。
這一方案，後續效果將非常的鼓舞人心：一方面將三河聯動，一澇皆澇的水域狀態打破，利用黃、淮河單獨入海的方式，一次性解決黃淮河爭流問題和長江下游水量過大問題。此後，黃河、長江、淮河三條主要河流的防洪和治理以後就成為單流域問題。
第二方面，兩河利用洪澤湖及周邊連串湖泊作為樞紐，輪流使用“束水攻沙”治理黃河的方略，將使黃河淤積危害的問題得到有效控制。
第三方面，兩河齊出，洪澤湖蓄水壓力減小，也保了明祖陵——當然，要想一勞永逸，朱翊鈞打算，將來在時機成熟後還是要將祖陵遷走。
最後，這一核心工程加上配套的相關水利設施，將改變常年受災的黃淮地區濁浪滔天，泥沙俱下的景象，把整個淮河流域、黃河流域都變成魚米之鄉！雖不能一勞永逸，但至少將黃、淮河連年決口並影響長江下游的問題解決一大半——除了工程量大，沒別的毛病。
朱翊鈞判斷，這份方案雖然所動用的人力物力極其驚人，但是在此時確實有實現的可能：
新中國治理淮河時，淮河周邊已經大小城市密佈，根本遷移不得，因此採用了上游建壩，下游分流的方法，主流還是注入長江。
但在本時空的此際，一者由於黃淮河的常年氾濫，黃淮平原一直到蘇北地區一直沒有形成大規模的聚居城鎮，大部分地區都是沼澤和田地，移民壓力不是很恐怖，在承受範圍之內；
二者朝廷現在有一大筆錢，可以啟動這項工程；
三者大規模開發東北將形成一個人口壓力降低的短暫視窗期，等東北開發成熟了，人口壓力還會上行增大，那時候移民將更加困難。
因此，朱翊鈞在通盤考慮了潘季馴的第三方案後，覺得這次黃故道的修復，很可能是改變中華民族常年水患的一次千載難逢的機會！
再說，張居正不敢想的事情，朱翊鈞作為穿越者，還不敢想一想？
萬曆二年年底，潘季馴結束了全國各流域的考察，到京師述職。在朱翊鈞主導下，秉承著邊施工邊完善方案的原則，在萬曆三年先進行準備工程。
因此，這第三方案一直秘而不宣，萬曆三年全國乾的的熱火朝天的，其實是第二、第三方案都要乾的初期工程和農田水利基礎工程。
直到河漕改海時潘季馴被攻擊時，朝廷才公佈出來一部分，主要是加高、加寬高家堰工程——尚不足第三方案總工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季馴的反海運派壓制到無語。
本時空的萬曆三年年底，隨著河漕改海在朝野上下達成共識，加上黃河在今年的再次大氾濫，終於讓本時空的朝廷痛定思痛。朱翊鈞先說服內閣，後又推動朝廷透過了第三方案，擬第一期即投入一千二百萬兩白銀，並陸續追加到總金額三千萬兩，以二十年為期，完成全部以新黃河入海通道為核心的全流域治水工程！