某型月平行世界，2004年，冬木市——
原本正在進行第五次聖盃戰爭的城市，不知何時開始，就已經毀滅了，人類消失了，城市葬身在末世的熊熊烈焰中。剩下的Servant，也不知何時起，自行開始了另一種廝殺。
圓藏山，地下大空洞——
一個水藍色的光球，從天兒降，落在了大聖盃上方。
“什麼？”一個打扮奇怪的禮帽紳士，目光有些詫異地看著那個光球，明明這個時空已經被神拋棄了，事到如今這個存在還打算干預？
水藍色光球朝禮帽紳士散發出了一條條光紋。
“我明白了。”禮帽紳士只能畏懼地低頭答應。
隨後水藍色的光球消失了。禮帽紳士繼續靜靜地看著遠方，注視著“不速之客”降臨的方向。
這個末世之地，突兀地出現了三個不屬於這個時空的漂流者。
不，準確來說，這個世界，是名為人理保障機關·迦勒底用疑似地球環境模型做出的世界，模擬出的人類“未來”，預示人理會在2016年消失，而這三個人，是靠靈子演算裝置轉移到這個模型中調查這個可能引起人類滅亡的原因的人。
不，更進一步準確來說，這其實是一次迦勒底內起火爆炸引起的事故將這三個人給送來的。這三個人是——
奧爾加瑪麗·亞斯密雷特·阿尼姆斯菲亞，頗有些遠坂凜氣質的銀髮女子，迦勒底的所長，對事故非常沮喪，為此一定要調查出成果將功補過。
藤丸立香，一個明顯有著隨處可見的高中生特徵的男生，原本打算用來和英靈契約作為修正人理戰力的御主後補中，為了填補人員空缺而被找來的“外行人”。
瑪修·基列萊特，與藤丸立香偶遇的粉發少女，現在是和藤丸契約的半英靈，職階Sder，裝備了一身暗色的輕甲，和一塊比人還高的巨大十字盾。
一個魔術師，一個普通人，一個半英靈，這個看起來寒酸到極點的陣容，竟然真的創造了奇蹟，結束了這場變異的戰爭，來到了大聖盃前。
真的是一場惡鬥呢。
幾人登入這個燃燒的城市時，並不在一個地點，藤丸作為瑪修的Master，當即受到了黑化英靈衛宮的遠端大範圍箭雨攻擊，瑪修也差點捱了一發螺旋劍。
奧爾加瑪麗被一大群龍牙兵追擊，要不是她的魔術水平對付龍牙兵還勉強，而瑪修也及時趕到，就死定了。
三人匯合後不久就遭到了黑化美杜莎的攻擊，剛剛成為半英靈的瑪修，甚至不能發動寶具，怎麼可能敵得過？
要不是唯一沒有黑化的英靈庫丘林救場，就又一次死定了。
最後，三人聯合庫丘林與僅剩的黑化英靈——亞瑟王和英靈衛宮在大聖盃附近決戰。
庫丘林靠英靈衛宮不瞭解的盧恩符文魔術取得了勝利，而瑪修在藤丸的激勵下成功解放了寶具，勉強擋下了亞瑟王的“誓約勝利之劍”，最後也是庫丘林及時趕到偷襲了一發寶具將亞瑟王擊倒。結束了聖盃戰爭。