當小櫻、當麻、土御門、神裂、米夏在學園都市內“兜圈子”的期間——
美琴得知菲布理是人造人，之後小櫻和其他妹妹又被“上級”叫去做“黑暗”的工作，拜託大家照顧菲布理後，美琴心中那個恨啊，已經難以隱藏在心裡了，連朋友們都看出了她的狀態不對。
經過自我心理的激烈鬥爭和朋友們的勸告後，美琴約了還不知道真相的黑子、初春和淚子，向她們坦白了實情。雖然大家的樣子變了，可認知沒變，所以完全無礙。
“誒？！”
“菲布理，和美琴學姐的妹妹們……都是人工製造的？”
“連警備員也無法出手，真的存在這樣的組織嗎？而且連美琴學姐的妹妹們都是這種組織的人…………”
“菲布理沒有那糖就活不下去什麼的…………”
“我想，有。”美琴說道，“之前我為了妹妹們的事情，和她們接觸過，是群非常危險的人，結果，我什麼也沒做成，最後還是靠妹妹們才擺平了事情，後來的‘幻想御手’、‘亂雜開放’事件也是，我真是個沒用的姐姐，不是嗎？
“菲布理的話，現在雖然有克洛伊的投影幫忙維持，但只能確認構成，製造方法卻不詳，並非長久之計，要救菲布理，就必須置身於如此危險之中。希望你們瞭解這點，說實話我不希望大家涉險，老實說，我不知道能否保護好大家…………”
不過美琴也只承認了已經認識的五個妹妹，兩萬個怎麼說都太駭人聽聞了？令美琴始料未及的是，大家馬上就開始討論起應對暗部的策略來了。美琴對此非常感動。
之後，初春和淚子前往風紀委員支部做進一步調查，美琴和黑子則到警備員那裡瞭解一些情況——
“需要那些驅動鎧和警備機器人，以及要見見上次抓到的犯人嗎？”黃泉川說道。
“嗯，要了解一些情況。”黑子說道。
“抱歉，東西都被上級收走了，犯人也因為沒有證據，又迫於上級壓力無罪釋放了。”黃泉川嘆氣道。
“誒？但是，有了這麼多證據，怎麼會無罪？”黑子不敢相信。
“那些機械都沒有電子系統，收繳的計算機也是一啟動就被自動清空了資料，被擺了一道啊。嘛，那邊肆意妄為也不是一兩天了，我們不是沒調查，但幾乎一無所獲。”
最後，美琴和黑子只從黃泉川那裡得到了一個裝有絲狀物的零件作為線索。給冥土追魂分析後，得知是菲布理相同個體的頭髮，但沒有進一步線索了。
無奈，在託了冥土追魂的關係後，美琴見到了正在被監禁的泰瑞絲緹娜。在一番捨棄尊嚴的死纏爛打後，得知了“生化智慧（Croid）計劃”和該事件和學究會有關的事實。
根據該線索，初春查到了暗部“Stndy”成員的部分嫌疑人，以及“StudyCorporation”，包括其在第十七學區的工廠的地址。
調查到此，一天已經過去，美琴決定次日親自去這個工廠進行調查，畢竟這是現在唯一的線索。
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