只可惜後來崇禎登基之後，東林黨抓住這個機會趁機唆使崇禎除掉了魏忠賢，從此籌集軍晌都攤派到了老百姓身上，加上小冰河期和天旱蝗災這些天災接二連三的降臨，導致百姓苦不堪言，最後全都造成反來了。
所以，大部份歷史學家都認為，如果魏忠賢不死，大明還不會那麼快滅亡。
第二件事情就是整頓兵馬。
此時，大明已經陸續收集整合了共有七十多萬兵馬，其中三十多萬駐守在各州城之中。還剩約四十多萬可以支配調動。
牛仁將這四十多萬兵馬分撥如下：
前後左右中五軍都督各掌五萬兵馬，還有十多萬兵馬由左良玉這個兵部尚書帶領鎮守南京，隨時調遣支援各部。
軍事編制調整如下：
最低階士官為伍長，帶五個士兵，往上一級是隊長，手下共有五個伍長，總共約為三十多人。
然後再往上是小旗，手下共有三個隊長，總兵數為一百左右。
再上一級是總旗，手下共有三個小旗，總兵數為三百多人。
再上一級是遊擊將軍，手下共有三個總旗，總兵力約為一千左右。
再上一級是參將，手下共有四個遊擊將軍，總兵力約為五千人。
五千人為一個營，參將擔任全營最高指揮官。
參將之上就是總兵，總兵沒有固定統領多少個營，最多的總兵有五個營，總兵力達到兩萬以上。
最少的總兵只有兩個營，總兵力才一萬左右。
總兵之上便是五軍都督了。
其次就是兵馬調派了。
牛仁命左軍都督李佔春率本部五萬兵馬駐守西南，以防張獻忠。
雖然牛仁已派出使者去和張獻忠結成戰略聯盟，但也不得不留有後手，以防萬一。
命後軍都督於大海率本部五萬兵馬駐守東南，穩住大明後方，招撫鄭芝龍等部。
命中軍都督曾英率本部五萬兵馬進駐楊州，加固城牆，屯積糧草，隨時備戰。
命前軍都督王祥率本部五萬兵馬駐紮在楊州淮河岸邊，打造船隻，操練水師，防範清軍渡河南下。
命右軍都督楊展的五萬兵馬帶兵繞道山西，準備隨進配合張獻忠的部隊從山西攻入北方。
一切調遣安排妥當，牛仁便靜等時局變化。
一個月之後，探子傳來吳三桂投降清夷，引清軍入關的訊息。
兩個月之後，傳來北京城被清軍攻破，李自成率部逃往河南陝西一帶，集結兵馬，準備奪回北京。
三個月之後，禮部尚書出使大西歸來，帶回來令大明上下振奮的訊息！
張獻忠同意與大明結為軍事同盟，共同抵抗清軍!
雖然張獻忠之個人不太可靠，但至少是暫時穩住了西南局勢，避免了兩線作戰的危機。
張獻忠就算再怎麼反覆無常，他此刻也決不會背叛大軍，幫著清軍來捅大明的刀子。
再怎麼說，大明與大西都是大漢政權，此時外夷入侵，自然會抱團取暖，共同對外抗敵。
五個月之後，李自成的大順軍被清軍全面擊敗，率幾萬殘部逃往湖北，至此，中原北方已盡入清軍之手。
直到此時，文武大臣方才明白半年前牛仁的一切調動是多麼的有先見之明！
不愧是洪武太祖皇帝啊！果然一切都料事如神，運籌帷幄之中！
又是一個月之後，探子傳來訊息，多鐸率領十萬清軍分兵兩路從亳州和徐州兩路殺往楊州方向而來。
多鐸是努爾哈赤的第十五個兒子，也是多爾袞的同母弟弟，滿州鑲白旗旗主，清初八大****之一，也是清初名將之一。
訊息傳到南京，頓時引起極大的震動！