永曆十二年春正月，為了籠絡東南，永曆帝在定國的建議下，遣使冊封延平郡王鄭成功為招討大將軍，賜尚方劍便宜行事，其部將王秀奇為祥符伯、馬信為建威伯，另封原魯王政權兵部右侍郎張煌言為兵部左侍郎兼翰林院學士。
由於目前雲、貴、川各級文武官員中，大多都是秦藩舊部，各處汛守當初也皆由孫可望所設，若想要出兵抗清就必須先行穩固內部。然而此事牽涉太廣，牽一髮而動全身，稍有不慎勢必會削弱永曆政權的穩定。
這些人在多年治理地方或是行軍作戰中都表現出了不錯的才幹，積累了豐富經驗，一時半會兒間根本找不到那麼多人替換。可如果不加撤換，隨著孫可望降清，這些人又都是潛在的威脅，一旦清軍來犯，保不準他們會不會在孫可望的勸說下臨陣譁變。
在兩難的抉擇下，定國決定採用折中的辦法，並沒有展開大面積整頓，只是將部分與孫可望較為親近的十幾名文武官員給控制了起來，並將各營諸將按照軍功大小重新配屬部隊，打亂了原先的指揮系統，又將原秦藩舊部稱為“新軍”，自己舊部稱為“舊軍”，予以分別對待。
定國此舉儘管是非常時期的非常辦法，但卻對抗清大局缺乏全面考慮，將注意力過多放在了鞏固自己在朝廷中的地位上，更是犯了臨陣易將的兵家大忌，嚴重削弱了前線的指揮部署，引起原秦藩舊部的嚴重不滿。
當初文秀在貴州時，對局勢有著清醒的判斷，他積極收攏那些潰散的原秦藩兵將，從中挑選出三萬精銳，加以改編訓練，用以防守前線各處隘口。正是由於文秀的豁達大度，儘管孫可望叛逃，但最終跟隨他降清的不過只有五百餘人，且沒有一個重要將領。
由此可以看出這些原秦藩將士還是忠於大明的，本不應當心存畛域，區別對待。可定國卻在處理這件事上矯枉過正，缺乏廣闊的胸懷，從而導致原秦藩諸將士心灰意冷，士氣更是跌落至谷底。
此時的滇都城春意盎然，似乎已經完全恢復了往日裡的太平景象。待至元宵佳節，全城內外張燈結綵，花炮聲聲，彷彿使人感受到了冬去春來的溫暖。可任憑是誰也不會想到，這居然會是永曆帝在滇都度過的最後一個新春佳節，也是他此生度過的最後一段安穩歲月。
就在舉城歡慶的時候，卻有郎官金簡、光祿少卿高績聯名上疏彈劾定國。
疏曰：“今內難雖除，外憂方大，伺我者頓刃以待兩虎之斃，而我酣歌漏舟之中，熟寢積薪之上，能旦夕安耶？二王老於兵事，何洩洩若此。”
定國聞訊大怒，當即來到行宮面見永曆帝，憤憤不平地自白道：“皇上，據長沙回來的細作稟報，洪承疇年老昏聵，目不能視，已是風燭殘年，韃子皇帝已然允准裁撤五省經略行轅及長沙幕府，命其即刻啟程，回京養老。其後繼無人，清軍更是群龍無首，又如何攻我？況且雲貴川之地地形險要，山川阻隔，即便清軍出兵也當選在孫逆叛亂之時，如今叛亂已定，人心歸附，此時來攻豈不是自尋死路？金、高二人不思為國分憂，卻妄言軍事，擾亂聖聽，該當嚴加治罪！請皇上聖斷！”
永曆帝耐心地聽定國把氣撒完，然後好言勸慰了一番，這才將金簡、高績二人召入宮中，想讓他們當面向定國認個錯。沒想到二人在定國面前依舊言辭激烈，斥責定國盡撤原秦藩之兵回滇整頓實乃本末倒置，此舉必將造成前線空虛，清軍長驅直入的嚴重後果。
定國沒等二人說完，忍不住勃然大怒道：“汝等不過區區官職，從未領兵上陣，豈能如此大放厥詞？臣請皇上即刻下旨將此二人一併處斬，以儆效尤！”
永曆帝知道定國不比孫可望，剛剛所說不過是氣話罷了，於是連忙替二人求情道：“晉王莫要動怒，念此二人也是一心為國的份上，不如就饒過他們這一回，發往軍前效用，將功折罪，卿以為如何？”
定國在發了一通脾氣後，怒氣稍平，又見永曆帝親自開口相求，自己也不好再堅持已見，遂點頭言道：“既然皇上都這麼說了，微臣又豈敢自專？然而死罪可免，活罪難逃，今日若不加以杖責警示，將來不免再犯！”
在定國的堅持下，永曆帝猶豫再三，正打算點頭答應，誰知就在這時清廷以三十萬滿漢大軍，裹半月糧，自楚、桂、蜀三道攻黔的軍情急報陡然而至。
永曆帝看過軍報，臉色瞬間變得慘白，忙不迭地讓身旁太監將軍報遞至定國手中，然後慌亂地問道：“清軍兵分三路大舉來犯，而今蜀王抱病，兵餉緊缺，卻當如何禦敵？”
定國看完軍報也是一驚，大敵當前，他也顧不上再與金簡、高績二人計較了，於是揮手示意二人退下，旋即對著永曆帝慨然言道：“皇上毋憂，兵來將擋水來土掩，只須依託雲貴地區險要地勢，定能讓清軍有來無回！”
在定國的安慰下，永曆帝總算恢復了鎮靜，當即下旨召集諸臣入宮，共同商議應對之策。
且說洪承疇將從孫可望隨降人員中挑選出的十九名熟悉湖南、四川、雲南、貴州、廣西地理者分撥給三路清軍，作為嚮導。
其中北路以平西大將軍吳三桂，率都統墨爾根、李國翰，由漢中向四川開進；中路以寧南靖寇大將軍洛託、五省經略洪承疇統領，自湖南開進；南路以徵南將軍卓布泰、提督線國安，從廣西開進，三路大軍齊頭並進，合擊貴州。
面對這千載難逢的良機，清軍這回可謂是傾盡全力，由於顧慮到定國驍勇善戰，三路兵馬必須有一名主帥負責統一指揮，相互協調，為此順治帝特命信郡王多尼為安遠靖寇大將軍，與平郡王羅可鐸、貝勒尚善、杜蘭、固山額真伊爾德、阿爾津、巴思漢、卓羅等率領著大批八旗精銳南下，負責專取雲南。