作為《異形》系列的第四部，《異形·4》的劇情也是和前三部密切相關的。
在第一部中，女主角雷普莉等人駕駛“諾斯特羅莫”號商業拖運飛船返回地球，但是在途中他們卻在一顆小行星上收到了神秘的訊號，隨即他們前往小行星尋找訊號的來源。
在小新星上，他們發現了一艘已經墜毀的外星飛船，在外星飛船中，一命船員被異形的抱臉蟲襲擊。其他人把這個人帶回了飛船，他們發現抱臉蟲已經死去。他們以為這件事就這樣結束了，但是，那名倒黴的船員體內已經寄生了異形的胚胎。
隨後，異形幼體破開宿主的胸腔，之後的船員開始陷入和異形的戰鬥中。
一番戰鬥之後，大部分人被異形殺死，只剩下雷普莉自己。
雷普莉炸燬了飛船並駕駛太空梭逃生，然而，在雷普莉準備進入休眠的時候她才發現，原來異形一直躲在太空梭裡面。
雷普莉用冷氣將異形逼了出來，然後開啟艙門把異形丟盡了太空中，戰鬥終於結束後，雷普莉終於進入了休眠，第一部在這裡也就正式結束。
雷普莉休眠57年後終於被救援隊發現，並隨即被待會。
醒來後，雷普莉發現自己曾經熟悉的一切早已不見，就連自己的女兒也已經在兩年前去世。而他們當年發現異形的小行星，現在已經成為了人類的殖民地，20年來從來沒有發現過異形。
也正是因為並沒有發現異形存在的證據，調查隊針對雷普莉當年炸燬飛船的事情，認為那是她虛構出來的，吊銷了雷普莉的飛行執照，並讓她進行心理治療。
然後，配角又開始作大死了。
殖民地的居民發現了那艘外星飛船，之後開始研究抱臉蟲和異形，但是最終被異形殺死，只剩下一個小女孩存活。
殖民地的投資公司為了查明殖民地發生了什麼，於是組織了一支陸戰隊前往殖民地調查，並且說服了雷普莉一同前往。
原本雷普莉不想再回到那個地方，但是最終她還是接受了公司的邀請，決定和異形做一個了斷。當然，接受邀請的前提就是，公司必須徹底消滅那裡的異形，而不是對其進行研究。
隨後一行人駕駛飛船再一次來到了這顆星球，在此時，那些人類的殖民地已經變成了異形的大本營。
進入殖民地後，調查隊順理成章的和異形發生了戰鬥，大量的人員被異形殺死。
一直到最後，之後雷普莉、一命陸戰隊員再加上一個生化人登上了飛船，為了救出逃離過程中被抓走的小女孩，雷普莉又再次單槍匹馬衝回了殖民地中。
透過追蹤器，雷普莉找到了異形的巢穴，並在那裡救出了被困住的小女孩。
然而，雷普莉隨後卻走進了異形皇后的房間，在這裡有著一個巨大的異形皇后和無數的異形卵，四周還有著虎視眈眈的其他異形。
雷普莉向異形皇后展示了手中噴火器的威力，並用此威脅異形皇后，如果自己受到攻擊就會燒燬周圍的異形卵，於是異形皇后對她妥協放他們離去。
只不過，在脫離危險後，雷普莉就馬上用噴火器毀掉了異形皇后的巢穴。
火焰中，大量的異形卵被燒燬，憤怒的異形皇后脫離了自己的子宮去追殺雷普莉，而生化人這個時候卻返回，即使的救走了雷普莉和小女孩，他們引爆核彈毀掉了異形的巢穴。
故事當然不會就此成為圓滿大結局，異形皇后混上了飛船重傷了生化人。雷普莉駕駛裝卸用的機器和異形皇后進行戰鬥，並故技重施，開啟飛船的艙門將異形皇后拋入了太空中。
最後的倖存者，包括雷普莉在內的三個人再加上一個生化人終於踏上了歸途。
然而，雷普莉的運氣實在是不怎麼樣，看起來她的生活總是不能和異形分開。
他們都沒有發現，在飛船上有著一隻抱臉蟲，因為抱臉蟲所帶有的腐蝕性破壞了飛船，直接導致這艘飛船在一顆星球墜毀，除卻雷普莉之外的所有人因為飛船的墜毀而死去。
這是一顆監獄星球，這個星球的人發現了墜毀的飛船並救回了雷普莉。
雷普莉在飛船的殘骸中發現了異形的痕跡，她懷疑飛船中其他人的體內可能有異形的胚胎，所有想辦法讓監獄的醫生對小女孩進行屍檢。雖然什麼也沒有發現，但是雷普莉為了以防萬一，最後還是堅持著將所有人的屍體活化。
雷普莉沒有想到，雖然飛船中的屍體都沒有被異形寄生，但是抱臉蟲卻襲擊了監獄星球的一頭牛，不久之後，一隻類似於野獸形態的異形從牛的屍體中誕生。
不久之後，一名囚犯在清理通風管道的時候遭遇了異形，因為臉上被噴上了酸性液體，他失足被通風管道的風扇攪碎。
這件事並沒有引起監獄長的過多關注，他只是因為，這只不過是因為，這個長期只有男人的星球突然來了雷普莉，所以引起監獄中的囚犯人心浮躁。
事實上，雷普莉一直沒有放棄尋找飛船墜毀的真相，她找到了飛船的黑匣子，並在垃圾堆中找到了殘破不堪的生化人，藉此她終於得知了，飛船是因為抱臉蟲的活動而起火併最終墜毀。
與此同時，異形再一次攻擊了囚犯，三名囚犯中兩名死亡，最後一個人渾身是血，瘋瘋癲癲的表示是龍之類的東西殺死了那兩個人，只不過因為他先前是個殺人犯，所以監獄長並不相信他的話，並且還下令把他綁了起來。
雷普莉告訴監獄長異形的事情，只是監獄長並不相信，並且還把她關進了醫療室中。
直到監獄長在很多囚犯的眼前，直接被天花板上出現的異形抓走，所有人終於相信了雷普莉的話，並聽從她的安排對付異形。
在付出了一些犧牲之後，雷普莉他們成功的用火把異形從通風管道中驅趕出來，並最終把異形關進了一間只有一個出口的堅固倉庫中。
成功困住異形後，雷普莉向公司發出通訊，並要求殺死異形，只是這並沒有被允許，隨後公司派出隊伍來處理異形。
不過，在公司的人來之前，那個曾經被當做瘋子的人徹底瘋了。
他把異形當做了自己的神，成功的逃出去後殺死了看管倉庫大門的人，只是他眼中的神立刻就殺死了他，並逃出了倉庫。