然而想要完好、順利的實行‘人類補完計劃’，那麼作為第一使徒的亞當就必須要控制在自己的手裡才行！所以為了這一目的，計劃的重要參與者及設計人之一的碇唯，明日香的母親、冬月副司令便是這個時候加入SEELE的。
同理的還有葛城美里的父親，赤木律子的母親等，只不過所負責的專案並不相同罷了。
而其中葛城美里的父親，理論推倒出了s2機關存在形式的葛城博士所負責的就是亞當的胚胎化迴歸的內容。當然，是被隱藏和閹割過的版本，也因此。他才會稀裡糊塗的將自家的女兒帶到南極，並因為不知情的原因傻傻的引發了第二次衝擊，葬身南極。
反到是同樣知道這一計劃，且還知道的很詳細的碇元堂率先帶著資料跑路了。直到第二次衝擊過後，才重新以救援人員的身份返回南極，救下了被葛城博士拼死救下的葛城美里。
而這之後，亞當因為釋放完體內積累的全部力量回歸成了胚胎。被碇元堂收回。莉莉絲的身體被炸成了碎塊，也被碇元堂和SEELE的人帶走，只剩下朗基奴斯槍因為某些原因被滯留在了南極深海當中。
與此同時。除了亞當、莉莉絲外的全部使徒正式開始甦醒。存有亞當靈魂的諸燻誕生，並被SEELE找到。初號機被製造完成，碇唯以犧牲自己的方式把靈魂融進了利用莉莉絲的肉體複製出的初號機中，在想利用初號機的重要性阻止第三次衝擊誕生的同時，作為EVA永生下去，向宇宙的其他文明或未來生物證明人類曾經存在過的痕跡。
同時也因此，碇元堂制定出了人類補完計劃二號，為再見碇唯一次而努力中……
用亞當的血肉製造的其他號數的EVA被提上計劃，開始製造。為此，明日香的母親成了第二位犧牲者，被二號機吞噬了一半的靈魂，發瘋。利用莉莉絲的血肉精華混合碇唯殘留的LCL物質中提取的資訊程式碼的綾波麗被製造成功，並透過早期的dummy&n系統將莉莉絲的靈魂轉移到了綾波麗的體內。
當然，這裡的綾波麗是複數的。畢竟使徒的靈魂何等強大？可不是區區一具普通人的身體就能承受的。至於現在嘛，則因為初號機的漸漸覺醒——暴走，以及綾波麗本身的人格誕生而變得能夠承受，這也是林易衍為何敢就那麼銷燬中*央*教條區的靈魂之間中的克隆綾波麗的主要原因。
再然後，就是使徒來襲，NERV迎戰，基本大家都知道的事情了。
………
“這些……都是真的？”聽完赤木律子那開誠佈公的詳細陳述，葛城美里臉上的表情即憤怒又悲傷，語氣很是複雜的輕聲追問道。
“是的，一切都是真的。”赤木律子語氣平淡的確認道。
“這，怎麼可能！？”明日香雙目發直，表現呆滯的喃喃自語道。顯然，母親被二號機吞噬一半靈魂的事情對她衝擊很大。不過想想也是，一直被當做重要工具的二號機中居然存在著自己的母親的靈魂……
這事放誰身上在知道後都不會好受。
“謝謝你告訴我這些，律子。”片刻後，葛城美里深吸口氣，閉眼輕輕說道。然後驟然睜開眼睛，眼中滿是殺氣的咬牙切齒道，“這樣我就更應該留在這裡了！SEELE那些傢伙，居然敢這麼利用爸爸……我是絕對不會放過他們的。”
“看來，我們要就此永別了。”赤木律子看了看葛城美里，搖頭低聲說道。
“如果你執意要找SEELE復仇的話。你可以聯絡一下加持良治，我想他應該願意，也有能力幫助你。”一旁的林易衍暗暗嘆息一聲，開口說道。
“我知道了。”葛城美里沉聲說道。
“這些都不是真的！你們在騙人！騙子！”然後就在這時，一直在那裡喃喃自語的明日香突然歇斯底里的大叫一聲，轉身朝指揮室外跑了出去。
“明日香！”被嚇了一跳的葛城美里叫道。緊接著邁動腳步，就要去追明日香，但是還未等她徹底行動起來，奔跑向指揮室大門的明日香便突然悶哼一聲，身體軟軟的摔倒在了地面上。
“撲通。”
接著林易衍也沒有猶豫，直接一揮手，將明日香送入了小世界之中。葛城美里見狀張了張嘴，最後還是沒有說出什麼，預設了林易衍的行為。
“既然你要留下來，那麼這裡原本的工作人員就也給你留下好了，不至於讓你的反抗看起來那麼悽慘。”收好了明日香的林易衍轉身面向葛城美里說道。
當然，這也就是這麼一說，賣葛城美里人情而已。因為在林易衍原本的計劃中，就沒打算帶走那些傢伙，要能力不如大唐世界的調整者，要才能也沒有像赤木律子和伊吹摩耶這種得到赤木律子開小灶的人那麼驚豔。最多也就是普普通通，只是單純帶回去組裝EVA的話，還不如林易衍手裡的骨架機器人來的效率。最多半個小時，就能從初學者成為技術高超的熟練工。絕對完爆這裡的工作人員。
至於說他們手中掌握的技術什麼的，有了赤木律子和MAGI在，林易衍一點都不擔心複製不出來。更何況，他的手裡還有個玩生物改造技術同樣不差的紅後存在，推陳出新什麼的一點都不是問題。
“那就多謝了。”葛城美里撇嘴道。
真想給我留班底，那你到是把MAGI留下啊！把它帶走了，光留一幫人又能有多少用？再加上現在的爛攤子，到時候鬼知道還能留下多少人。然後場面靜默下來，只剩下高能聚束光束切割混凝土和金屬的聲音在指揮室中不停的迴盪著。
如此半個多小時後……
就在這時，一陣急促的警報聲在NERV基地中響徹了開來。