杭州過去有十座城門，設滿城後主要城門變成了六座，其中又以武林門、錢塘門、清波門、湧金門四座城門最重要。
浙江提督哈爾庫部並總督標營守武林、錢塘二門，駐防副都統安珠琥領旗兵2000並湖州綠營1200人守清波門，副都統烏納哈領旗兵1400並嘉興綠營1600人守湧金門。
城中其餘清軍由杭州將軍圖喇統一節制，隨時支援各門。
耿軍兵臨杭州以後，即在大都督曾養性指揮下開始攻城。
在曾養性安排下大將徐萬耀領8000人攻打錢塘門，總兵王世瑜領兵9000人攻打清波門，總兵王振邦領兵7000人攻打湧金門。
其餘主力25000人由大將江元勳指揮攻打武林門。
也就是武林門為耿軍主攻城門，其餘方向均為牽制性的佯攻。
另總兵蔣和等領兵萬餘外圍警戒，不使清軍的援兵抵達。
耿精忠完全同意曾養性的安排，為給將士鼓氣親自與曾養性於武林門觀戰。
為能一舉破城，曾養性將軍中包括6門紅衣炮在內的各式銅鐵炮180餘門盡數交給江元勳。
耿家同孔有德、尚可喜一樣均出於前明登萊新軍，降清後被清廷稱為“天佑兵”，因此對火器十分重視。
耿精忠歸藩後更聘請大量荷蘭人幫助訓練耿軍，又瞞著清廷從荷蘭人手中秘密購得新炮數十門，耿軍之中甚至有200多荷蘭僱傭兵。
荷蘭方面對幫助耿家是積極的，原因是當初正是耿家出面邀請荷蘭人共同對付鄭家，且耿家對於海貿格外重視。
起兵後耿精忠曾派人同荷蘭人聯絡，請其能夠出兵出戰，條件是推翻清廷後荷蘭人可以在耿家控制的沿海地區入港貿易。
雙方甚至可以聯合對付臺灣鄭家。
荷蘭東印度公司實力很雄厚，擁有超過150艘大型戰船，40餘艘領先的三桅戰艦，分佈在東方各地的員工就多達五萬餘人，公司另外還有一萬多僱傭兵。
雖然無法同東亞真正的海霸王鄭家對抗，但在東南亞地區荷蘭人是當之無愧的老大，同時東印度公司對敗給鄭家一直耿耿於懷，始終想重新回到臺灣。
因而接到耿家的請求後，東印度公司高層很是心動，但這麼大的事必須國內同意，而且他們也不想在中國反抗勢力沒有徹底壓倒韃靼人之前就下注，所以一方面推脫出兵需要國內同意，另一方面則儘量滿足耿家的軍事需求。
即向耿家出售火器，並派遣教官和技術人材。
自身火器裝備數量足，降清之後耿軍又一直在南方征戰，士卒皆精銳，此次又是號稱十萬之眾圍攻杭州，世子更許下破城可縱兵洗劫滿城，故而耿軍士卒計程車氣之高遠非城中清軍可比。
琉球方面對耿軍的硫磺支援也讓耿軍不再擔心火藥短缺。
實際指揮攻城的江元勳底氣十足，下令炮兵對武林門炮擊了足足一個多時辰，導致武林門一帶部分城牆出現鬆動和坍塌。
隆隆炮聲甚至十幾裡外都能聽見。
城中浙江提督哈爾庫看出耿軍主攻方向是武林門，親自於此門坐鎮，由於城中火炮數量不多，因此哈爾庫沒有浪費火藥同耿軍對轟。
炮擊結束後，江元勳立即組織人手開始負土填埋武林門外的護城河。
杭州護城河開鑿於唐代和五代，都連通京杭大運河和錢塘江，雖然河面並不寬，但填河也相當困難。
當年清軍入關後遇到有護城河守護的明朝重鎮，大多強行驅使漢人百姓背泥填河，耿軍也不例外。
早在進軍杭州途中時，曾養性就下令將沿途百姓裹挾從軍，目的就是讓這些百姓充當耿軍的炮灰。
一路過來足足裹挾了兩萬多百姓，多是紹興、蕭山一帶的窮苦百姓。
加之耿軍軍紀很差，使得浙江百姓對他們極為憎恨。
當初清授剿總兵李榮能在金華重創耿軍，靠的就是當地百姓為清軍提供情報，使李榮能在耿軍抵達前及時部署埋伏。
雖然耿軍之中有人提出應當善待百姓，畢竟江浙這一塊將來是他們的地盤，若是百姓離心離德，他們豈能長居久安。
然而世子耿精忠卻視百姓生命為草芥，只要能拿下杭州他才不在乎死多少百姓。
其對幾位大將說過那麼一句:“若因痛惜百姓而事敗，將來誰痛惜我們？”
在耿精忠的支援下，曾養性更是放開手腳，再無顧慮。
隨著大將江元勳一聲令下，近萬被耿軍抓來的百姓分成若干隊從營中衝出，人人背上皆負一袋泥土或背一石塊，在鼓聲中硬著頭皮衝向遠處的護城河。
雖然知道城上的清軍肯定會射殺他們，但這些百姓沒有選擇，他們不去的話身後從福建來的叛軍也會殺他們。
城上清軍知道耿軍這是想讓百姓替他們填平護城河，也是絲毫沒有猶豫就向湧近護城河的百姓開炮。
一顆顆實心炮彈砸在密密麻麻人群中，當場被砸死的就有上百人。