現實世界。
神崎舊宅的二樓中，有一個房間，是神崎夫婦生前經常將他們的兒女囚禁其中的房間。
當初，年僅七歲的神崎優衣，就是在被他們關入那個房間中的時候，死去的。
之後，鏡中世界的神崎優衣，在神崎士郎的同意下，來到了現實之中。
神崎優衣“復活”了。
但是，來自鏡中世界的神崎優衣，卻只能在現實世界裡活到二十歲。
於是，為了讓神崎優衣能夠在二十歲生日那天獲得一份繼續存續下去的“新的生命”，神崎士郎不顧一切的開發出了鏡世界騎士系統，開啟了充滿慾望的13騎士戰爭。
其目的，就是為了在最終勝利之後，收穫到那份“新的生命”。
然而，在執行計劃的過程中，神崎士郎卻遭遇到了一次又一次的失敗。
而每一次失敗，神崎士郎都會重置時間，重頭再來。
就這樣，仿若沒有終局一般的假面騎士龍騎的故事，就此展開。
然後，該說是宿命嗎？
在原本的歷史中，神崎士郎最後一次重置時間，接受現實，選擇與神崎優衣在當年一同死去的地方，同樣是那個房間。
那是一切的開始，亦是一切的結束。
現在，還是以那個房間作為起點，龍騎的故事再一次開始了。
神崎士郎復活，與手持異類龍騎表的斯沃魯茲相遇……
異類龍騎事件就此展開。
13騎士戰爭再啟。
不僅當年的騎士們重新被捲入戰爭之中。
社會上，毫無規律可言的離奇失蹤案也開始重新出現。
其中一件，恰好就引起了常磐莊吾的注意。
因為那起失蹤案的受害者，是常磐順一郎的客戶。
週日假期，代替常磐順一郎前去給客戶送還電視機的常磐莊吾，在走到客戶房門外的時候，突然聽到從屋內傳出了一道驚恐的尖叫聲。
“喂！發生了什麼？”
“你沒事吧？”
喊聲沒有得到絲毫回應的常磐莊吾，一腳踹開了房門，進入其中。
可當他進去時，卻發現，屋內，除了梳妝鏡前有一些掙扎的痕跡外，一個人都沒有。
顯然，這起失蹤案，並不簡單。
由此，常磐莊吾開始深入調查。
在調查的過程中，被鏡世界怪物盯上的常磐莊吾，遭遇了鏡怪物的襲擊。
可遭遇了鏡怪物襲擊的常磐莊吾，卻不驚反喜。
他覺得，他可能找到了那一起起離奇失蹤案的真相。
為了驗證自己的想法，常磐莊吾任由鏡怪物將他拉入進了鏡中世界。
可還不等他多做什麼，他就遇到了被那隻鏡怪物引來的騎士——妖翠。