它呵護著森林當中的寶可夢的成長，同時也維持著整個世界的秩序。
而就在某一天當中，一道黑色的影子【路西菲斯】降臨了這個世界。
從剪影當中看，就像是散發著黑色火焰的兇猛的野獸。
黑色的影子襲擊了奧菲利亞，同時也感染了它，一種可怕而邪惡的病毒立刻席捲了整個波特拉。
而就在這樣的情況下，還殘存著一絲理智的奧菲利亞在自己徹底失控之前，用最後的力量將皮卡丘它們拉到了這個世界當中，並且委託貓頭鷹騎士來引領它們。
從2D世界過來的寶可夢們，似乎不會被這種奇怪的病毒所感染，也許能夠找尋到真正的魔法力量，從而打敗路西菲斯。
皮卡丘們身負重任，是波特拉最後的希望。
……
整個這一段都是透過動畫CG的形式外加旁白來展現，為了製作這一段CG，pokeni的美術團隊們花費了將近一個月的時間。
好在出來的效果也相當不錯。
幾個孩子看到這裡，都覺得熱血沸騰。
故事其實挺簡單甚至有點老套。
被神選中的救世主們，來到了3D異世界當中，踏上了打敗魔王的勇者之路。
只不過這一次的勇者們，換成了寶可夢。
青智源和寶可夢團隊最開始在劇情設計上也糾結了很久，到底要不要用一些比較有跌宕起伏，反轉變化的劇情來將遊戲做得更與眾不同一些。
最後社長大人力排眾議，決定還是一切從簡。
寶可夢3D大世界，是面向全年齡向的遊戲玩家，尤其是孩子們。
能讓他們看懂劇情，減少沒有必要的晦澀的隱喻和反轉是第一位的。
同時呢，簡單的套路劇情，反而是最有效的，說明絕大多數人就吃這一套。
最重要的是，寶可夢3D大世界的劇情如何其實不重要，劇情是為了遊戲本身服務的，只要能自圓其說把後續的關卡玩法給帶出來就行。
你看看隔壁壬天堂的超級馬里奧系列，做了一百年了都是打敗惡龍救出公主。
勇者鬥惡龍也是一樣的。
就說明這個套路劇情就是對的，最適合的，最有效的。
所以，經過了一番討論，最終社長大人還是親自拍板，將遊戲的劇情定了下來。
……
事實上也像青智源設想的那樣，幾個小朋友在玩到這裡的時候，並沒有因為故事【老套】就覺得沒有意思，而是覺得自己即將要扮演救世主，肩負重任而感到無比興奮。
畫面重新變回正常的顏色，鏡頭回到了現在——
貓頭鷹騎士將一切講述完畢，對著皮卡丘他們又敬了個禮。
“咕咕。”
“皮卡皮卡。”
皮卡丘拍拍胸口。
胖熊翻譯到，“太好了，貓頭鷹騎士，剩下的就交給我們吧。”
CG播放結束，鏡頭回到了正式的遊戲當中。
螢幕上顯示著4個玩家介面，中間是提示字：