碇真嗣說那也比殺人好。
碇真嗣下令切斷連結竟迴路切換為傀儡系統，碇真嗣陷入了黑暗之中。
傀儡系統開始操控傀儡系統，一拳就擊敗了這個。
初號機完全不同頂針的操作，直接逆隋了這個。
三號機完全消滅，美里得知三號機被出號當成使徒處理掉了。
不知道該如何面對碇真嗣，碇真嗣卻聽到三號機駕駛員升還。
他終於發現了阿東是駕駛者。
碇真嗣無法接受這個事實拒絕從EVA出來。
他覺得NERV在利用自已並且微笑要進攻。
父親說自已沒有時間聽兒子撒嬌。
強制拉出了碇真嗣。
在睜開眼睛的時候看到班上。
班長告訴阿東他有幾個泥水了三天。
只是阿東沒有發現自已左腿沒有了。
父親告訴碇真嗣，自已對他很失望。
隨後碇真嗣告別美里準備離開。
碇真嗣下令綾波麗駕駛，。二號機出現雜地面但是攻擊無效，使徒切開了這個。
阿亮詢問他為什麼來。
阿亮說一旦使徒和地下解除。
而自已被開除了，但是碇真嗣可以駕駛初號機這就人類。
綾波麗拿著炸彈開始自爆攻擊，但是沒有傷害到使徒反而零號機失去了戰鬥能力。
阿亮讓碇真嗣自已考慮這些，碇真嗣看著到底的同伴跑回了據點。
父親問他為什麼回來
他向父親喊道自已是EVA的駕駛員。
此時使徒來到地下據點完全暴露，初號機及時出現雙方斗的難分難解。
使徒切斷了初號機的手臂隨後和出號一起回到了地面。
發狂的碇真嗣要消滅使徒時候的點亮不足，使徒馬上奪回了主動權。
沒有電力的初號機一下一下承受著使徒的攻擊絲毫不聽從碇真嗣的控制。
突然完全斷電的初號機睜開眼睛，進入了暴走狀態。
初號機最終暴走。
父親說一切才剛哪款愛上。
戰鬥過後二號機和零號機都受到了重創，要很長時間回覆。
超級計算機建議大家一起轉移到過去的據點。
此時初號機停止了行動，碇真嗣還在初號機裡面排除新號被拒絕。
這個時候場來了內部影響，裡面居然是空的。
赤木說碇真嗣被吞噬了，她說EVA不是單純的複製品其中有著人類的十香。
美里讓赤木想辦法拯救碇真嗣。
赤木告訴美里碇真嗣失去自我意識，以量子狀態漂流在裡面。