世界上最容易改變的是人心，最難以改變的也是人心。本質愚昧的信徒即使《無神論》也很難發揮效應，不過神職人員中多數並不在此行列。
能成為神職人員者必定聰慧敏銳，他們只是因為所生活環境與教會長期思想灌輸而逐漸相信真神。在教會教區中，他們一直被灌輸著神明的理念思想，其實沒有太多選擇。
大多神職人員都是從小就由教會教育，沒有接觸過外界其他思想。當《神恩書》發行後，這些人第一次瞭解真正的歷史。也許他們自己都沒發現，求知和懷疑的理念已經被《神恩書》深深根植在他們心中。
當這一部分人有機會接觸到《無神論》後，不管出於什麼理由與原因，他們都會嘗試進行閱讀。而一旦閱讀《無神論》後，理智之人自然會恍然大悟，樹立起一種新的思想理念。
無信者多指不知神者，那些知曉神明存在而認為無神者實際是反神的異教徒。許多神職人員在閱讀《無神論》後輕則虔誠度大降，重則直接變成這種知神而認為無神的異教徒。
由於教會規則限制，即使變成異教徒也不可能退出教會，甚至不能表現出來分毫異常。這使得大量因《無神論》改變思想理念的神職人員潛伏在所有教會內部，《無神論》直到很晚不可控制以後才被重視起來，也有這部分人在其中推波助瀾。
《無神論》真正被徹底重視起來，事實上還是因為諸神本身發現這件事的異常。
《無神論》在快速改變著很多人的思想觀念，但由於教會教廷的高壓統治，表面上並沒有人表現出來。所以其實教會反而很難察覺出這些變化，自然也不會顯得多麼重視。
直接受到影響者是眾神殿中的諸多文明神邸。突然消失的眾多信仰來源與信仰量大幅減少引起了諸神震怒，他們下令教會徹查引起信仰降低的根源所在。
不過信仰這種事受到很多因素影響，比如某個政策頒佈不合民意，很多時候就會造成這種信仰危機。教會此時在多方因素促成下，還只是發現《無神論》在異教徒間大範圍傳播，因此並沒有懷疑到它頭上。
隨著排查到的種種原因，都沒有改變信仰大幅減少的局面，神明的怒火越燃越高。教會開始大量查處那些不符規範之人，並進行嚴懲，這又進一步加快人們投入《無神論》懷抱，造成信仰度再次驟降。
就在這種惡性迴圈進行期間，一個偶然同系神明合作教會間交流才使得他們意識到，真正危險的東西往往不會浮於表面，而是深藏於人心。
當《無神論》對神明信仰的巨大危害曝光以後，教會開始進行嚴防死守全面徹查。但人心不是其他東西，就算神明也很難看透。教會的成果可謂聊勝於無，並沒有改變大局。
而且當教會反應過來，已經為時已晚。《無神論》在地下世界法師間被奉為聖典，就算在教會統治下的正常社會中也大範圍傳播開來，紮根在人們的思想理念中。
許多秘密社團成立起來，內容就是對《無神論》理念進行探討，與互相幫助掩護。這種社團結構嚴謹，即使抓住其中一個成員，也沒辦法順藤摸瓜。它們為教會徹查《無神論》製造了大量阻礙，使得其成果寥寥無幾。
即使《無神論》被發現，被眾多文明神邸教會聯合圍剿，諸神信仰降低的情況非但沒有減少，反而還在一直惡化。
諸神和教會這才意識到《無神論》帶來的真正危機。《無神論》這本書動搖的不只是諸神和教會的信仰，還有他們的根基。《無神論》中著有大量諸神不想被凡人知曉的黑歷史和史實資料，一點一點將諸神從信徒心目中無所不能的形象拉下神壇。再結合作者“瑞林”的評論，受到《無神論》啟發者只會越來越遠離神明，永遠不會再重新迴歸所謂神明懷抱。
隨著《無神論》大量傳播，許多流傳於暗處和地下世界的同一體系理論書籍也開始出現。現在神明和教會要對付的不止有《無神論》一本書，還有大量同一理論體系下的其它書籍理論。由於“謎書”的技術水平超過神恩界太多，至今教會也沒有辦法破解這種東西，所以完全無法阻止《無神論》大量傳播。
教會倒是圍剿過好幾次法師建立的地下世界，也取得了一些成果，可他們圍剿速度還趕不上新地下世界形成速度快。因為《無神論》中大量魔法學入門知識，讓很多有條件的人開始接觸到魔法這種神秘力量。
這些人已經徹底拋棄神明信仰，他們會想方設法加入到地下法師世界中。由於新法師大量增加以及《無神論》中魔法理論知識使得原本的法師也進步飛速，所以很多新的地下和世界應運而生。
法師與教會鬥爭已經有成千上萬年曆史，雖然一直處於弱勢地位，但各種隱藏檢驗技巧加上最近由於《無神論》而日新月異的新技術，使得教會很難發現地下世界。就算靠著內線發現一些法師地下世界也於事無補，因為新的地下世界成立速度更快。
原本神明教會統治體系就像被《無神論》扎破了無數孔洞，教廷只能疲於奔命進行圍追堵截卻收效甚微。
當神明與教廷都意識到事情的嚴重性時，第二次諸神會議在幾位強大神力神明組織下正式促成。除了一些根本不在乎信仰的原生神明，幾乎所有文明神邸都參加了這次會議。
上次諸神會議還是在耐瑟時期，正是上次會議促成諸神聯合圍攻第一代魔法之神耐瑟瑞爾，改變了整個神恩界的局勢與發展。這次會議討論的內容只有一個：如何應對《無神論》這個前所未有的信仰危機？
會議進行了一年多時間，具體過程普通人無從知曉，就連教會那些神職人員也不得而知。當諸神會議結束後，諸神透過教會宣佈了幾項重大舉動。