部落首領們回去之後，很聽話的執行了這個政策，但是隨著青壯年的抽調，各個部落都有不同程度的傷亡增大，或是獲取食物不足，這也導致一小部分人不滿，但還未表達出來，只是心裡想想。
當在人族邊緣的一個部落，有一個部落首領，名為蚩尤，自小力大無窮，聰慧無比，年紀輕輕就接任首領之職，因為勤懇，聰慧，給族人帶來更好的生活，深得族人愛戴。
但是，因為軒轅的政策，導致部落的一部分青壯年被抽調走，讓部落人力不足，生活的更加維艱，這讓蚩尤大為不滿。
雖然不滿，也沒有想怎麼樣，但一天，他巡查部落的時候，碰到了一個洪荒大能，交給他很多知識，更是告訴他，他也有人主之命，只是被軒轅奪走了，這讓蚩尤的心思一下就重了起來。
洪荒大能走了，但蚩尤開始運用這些知識，大力發展自己部落，使自己部落越發的強盛，武器也越發的精良。
終於，在軒轅繼位的第十年，蚩尤起兵謀反，打著誅昏君的旗號，向軒轅進兵。
軒轅得知這個訊息，非常意外，沒想到，竟然有人敢犯上作亂，遂即，點將舉兵，鎮壓蚩尤，這一次，是他御駕親征。
軒轅和蚩尤在冀州之野，涿鹿的位置相遇，兩軍對立，具是神采奕奕，威武不凡。
軒轅隔空對著蚩尤喊話，說道，你這逆臣賊子，還不投降。
蚩尤哈哈一笑，吼道，你做夢，你這昏君，連年抽調青壯年，讓我們部落食不果腹，生活維艱，還不反你，更待何時。
軒轅見沒有投降的可能性，直接下令，全軍出擊，打敗蚩尤，說著，身先士卒，向蚩尤衝殺過去。
蚩尤見軒轅帶著大軍衝過來，他也不示弱，也下令，衝殺軒轅大軍，他會著自己的大斧，向軒轅衝過去。
軒轅和蚩尤在大軍的中間相遇，齊齊拿著自己的武器，劈砍過去，但蚩尤佔了武器之力，碰的軒轅栽向一旁，他一轉身，穩住身形，回首一劍刺向蚩尤，蚩尤也不躲閃，直接拿著自己的大斧，把軒轅的劍磕向一邊，隨即揮舞著大斧砍向他，軒轅見大斧砍過來，直接後退，躲開他的劈砍。
軒轅和蚩尤大戰焦灼，兩軍也在彼此的大將指揮下，相互廝殺，轉眼間，死傷嚴重，打得不可開交。
此時，正當軒轅露出敗相，由李墨驅使的風伯，雨師，應龍紛紛加入戰場，更加上軒轅創造的戰鼓助陣，使得軒轅大軍士氣大振，大敗蚩尤大軍，而此時，蚩尤也在應龍的助陣下，以一對二，不敵對手，最終被斬殺，性命喪於涿鹿。
在蚩尤死後，軒轅也俘虜了蚩尤大軍計程車兵。安排妥當之後，隨即，班師回朝。
涿鹿之戰之後的又三十年，軒轅已經統一整個部落，建立古國，劃野分疆，八家為一井，三井為一鄰，三鄰為一朋，三朋為一里，五里為一邑，十邑為一都，十都為一師，十師為一州，全國共分九州；設官司職，置左右大監，監於萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德（官名）共120個官位管理國家。
整個人族發展欣欣向榮，蒸蒸日上，而且，他也在這期間，發現自己的孫子顓頊，為人聰慧，對任何事情，一點就通，一說就明，遂將他作為繼承人培養。
這一日，李墨傳音軒轅，時機已到，可以傳位於顓頊了。時間定在三日後。
軒轅應了一聲，開始安排禪讓儀式。
三日後，李墨帶著軒轅和顓頊在祭天台上，看著下方的臣民，大聲說道，軒轅氏在位期間，文成武德，立古國，定九州，功德圓滿，今賜軒轅為人皇尊位。
天道凝聚金光，形成一尊聖冠，降在軒轅頭上，將他的修為衝到大羅境界。
軒轅也飛到李墨身旁侍立不語。