經過三天的航行，在南緯52°的地方，發現了一個海灣。麥哲倫派兩艘船隻前去探察，希望查明通向“南海”的水道。
當夜遇到了一場風暴，狂飆呼嘯，巨浪滔天，派往的船隻隨時都會有撞上懸崖峭壁和沉沒的危險，只好退了回來。接下來的日子，麥哲倫率領旗艦一馬當先，繼續向南探索航行。
隨著艦隊不斷向南方深入，磁偏角從16度30分逐漸擴大到19度45分，羅經航向已經完全不能指示南北。更要命的是，風向在南北間不斷切換，艦隊順風一天航程有百餘海里，逆風只有二十幾海里。
艦隊大致沿著西經60度航向正南。只是在南緯50度附近改向西航行，說來也巧，就在這風雲突變的時刻，他們找到了一條通往“南海”的峽道，即後人所稱的麥哲倫海峽。
麥哲倫率領船隊沿麥哲倫海峽航行。峽道彎彎曲曲，時寬時窄，兩岸山峰聳立，奇幻莫測。海峽的入口只有十五海里，航道蜿蜒曲折。飽含水汽的強勁海風從西面吹來，給遠處的海峽籠罩上一層濃重的霧氣。奇形怪狀的海岬與礁石從陸地延伸至海中，洶湧的海浪撲面而來，擊打在礁石上，發出震耳欲聾的響聲。
西風吹起的海流在前進中，不時出現一個又一個漩渦，顯示那裡的海域很可能存在暗礁。咆哮西風帶在所有人面前展露著它猙獰的面容。所幸的是，海峽兩岸的土著居民，歡喜燃燒篝火，白日藍煙縷縷，夜晚一片通明，好像專門為麥哲倫的到來而安排的儀仗隊。
麥哲倫高興極了，他在夜裡見到陸地上火光點點，便把海峽南岸的這塊陸地命名為“火地”，這就是後世的火地島。狹窄的麥哲倫海峽，經過二十多天艱苦迂迴的航行，西班牙船隊終於到達海峽的西口，走出了海峽，眼前頓時呈現出一片風平浪靜、浩瀚無際的“南海”。
可是沒有料到，在之後的兩個月中，在船隊四處尋找小島或陸地時，裝載糧食最多的聖安東尼奧號逃走並返回西班牙。只剩下了三條船，連糧食都少得可憐。船隊計程車氣跌落到了谷底。很多人希望麥哲倫放棄這次環球航行。但是被麥哲倫毫不猶豫的拒絕了。
相處了這麼長的時間，克魯士發現麥哲倫是一個狂熱的天主教徒，信仰虔誠，意志堅定。他的父親以及歷代祖輩都參加了西班牙人收復失地的戰爭，他的理想就是征服整個世界，建立一個世界天主教君主國，為了這個理想，他不惜犧牲自己的生命。
提到西班牙王國的收復失地之戰還得從公元七百一十一年說起，阿拉伯倭馬亞王朝軍隊越過直布羅陀海峽，入侵西班牙。不久，除毗鄰法國的一小塊地區外，幾乎整個伊比利亞半島都為阿拉伯人所佔領。為了收復失地，西班牙人進行了長達七個世紀的艱苦鬥爭。
在這一過程中，民族鬥爭上升到聖戰的高度，即“十字架”與“新月”之戰。因此，天主教在西班牙人的精神領域取得至高無上的統治地位。但要把十字架插遍阿拉伯人佔領的地域就要有王權的支援和騎士的寶劍來開路。
也就是說，要想在西班牙建立天主教的精神王國，就必須以世俗的帝國為基礎。於是在收復失地的漫長曆史程序中，西班牙形成了僧侶、國王以及貴族騎士三位一體的神權、王權以及宗法特權相結合的社會結構。
1492年西班牙人民終於取得收復失地的最後勝利。被尊稱為天主教國王的西班牙君主伊莎貝爾女王與費爾南德國王立即感覺到，如果沒有新的征服目標，那麼充滿宗教狂熱的教會勢力以及富於冒險精神、掠奪成性的騎士集團將對王權構成巨大的威脅，同時也將成為造成西班牙國內動亂的因素。
於是把“禍水”引向東方便成為西班牙的重要國策，即：組織新的十字軍，遠征東方，從信奉***教的奧斯曼帝國手中奪回聖地耶路撒冷，進而攻佔君士坦丁堡，重新開啟通往東方的商路。如果能實現這一目標，不僅可以使西班牙國王成為全世界的君主，而且東方的財富也將會源源不絕地流入西班牙。
哥倫布帶著西班牙國王致中國“大汗”的國書，於1492年率船隊西航的目的，就是想打通駛向中國的航路，透過與中國等東方國家的貿易，為組織新的十字軍遠征籌集經費。不過沒有想到的是，哥倫布意外地到達了美洲。
在西班牙征服美洲的過程中，十字架與寶劍始終相輔相成。教會勢力深知，意欲建立一個篤信天主教的精神王國必須以世俗的王國為依託。這種把精神王國與世俗王國相結合的理想就是建立“世界天主教君主國”。
麥哲倫是這一國策最堅定的支持者和執行者。雖然只剩下了三條船，補給嚴重不足，船上又疾病流行，每天都有人病死或者餓死，即使這樣，依然改變不了麥哲倫前往東方的決心。總之，這就是一個瘋狂的傢伙，甚至比教會那些宗教裁判所的牧師更加的瘋狂。
……
或許是上帝被麥哲倫的虔誠打動了，此後一百多天的航行，西班牙船隊一直沒有遭遇到狂風大浪，面對著平靜的大海，麥哲倫的心情從來沒有這樣輕鬆過，上帝幫了他大忙。他就給“南海”起了個吉祥的名字，叫“太平洋”。
然而上帝也沒有那麼仁慈，接下來的日子裡，飢餓成為了他們最大的敵人。在這遼闊的太平洋上，看不見陸地，遇不到島嶼，食品成為最關鍵的難題，一百多個日日夜夜裡，他們沒有吃到一點新鮮食物，只有麵包幹充飢，後來連麵包幹也吃完了，只能吃點生了蟲的麵包幹碎屑，這種食物散發出像老鼠尿一樣的臭氣。
船艙裡的淡水也越來越淺，最後只能喝帶有臭味的渾濁黃水。為了活命，連蓋在船桁上的牛皮也被充作食物，由於日曬、風吹、雨淋，牛皮硬得像石頭一樣，要放在海水裡浸泡四五天，再放在炭火上烤好久才能食用。有時，他們還吃木頭的鋸末粉。
1515年3月，船隊終於到達三個有居民的海島，這些小島是馬里亞納群島中的一些島嶼，島上土著人面板黝黑，身材高大，他們赤身露體，然而卻戴著棕櫚葉編成的帽子。熱心的島民們給他們送來了糧食、水果和蔬菜。在驚奇之餘，船員們對居民們的熱情，無不感到由衷的感激。
但由於土人們從未見到過如此壯觀的船隊，對船上的任何東西都表現出新奇感，於是從船上搬走了一些物品，船員們發覺後，便大聲叫嚷起來，把他們當做強盜，還把這個島嶼改名為“強盜島”。
當這些島民偷走系在船尾的一隻救生小艇後，麥哲倫終於忍無可忍了，他帶領一隊武裝人員登上海岸，開槍打死了七個土著人，放火燒燬了幾十間茅屋和幾十條小船，然後把這裡的糧食搶掠一空。
隨後的日子裡，船隊再往西行，三月九日，西班牙船隊來到菲律賓群島附近。此時，還沒有人知道，麥哲倫和他的同伴們終於首次完成橫渡太平洋的壯舉，歐洲人終於證實了美洲與亞洲之間存在著一片遼闊的水域。
毋庸置疑，這個水域要比大西洋寬闊得多。哥倫布當牟首次橫渡大西洋只用了兩個月零幾天的時間，而麥哲倫在天氣晴和、一路順風的情況下，橫渡太平洋卻用了一百多天。渾身散發著惡臭的麥哲倫站在艉樓上，看著遠處的海岸線，心裡面無比的激動。
遠處海天一色，盡是鮮亮的碧藍；陸地一面的景緻則是綠樹白沙與碎浪。麥哲倫轉頭問旁邊的克魯士：“克魯士教授，那條海岸線是大明帝國嗎？”
克魯士放下手中的望遠鏡，搖搖頭說道：“麥哲倫先生，我想還不是，不過我敢肯定我們已經闖入了大明的勢力範圍。請轉告您的部下，不要試圖挑戰大明海軍，否則大家都會死在這裡的。”
“呵呵，克魯士先生。收起你那套說辭吧，你騙不了我！”麥哲倫不屑的說道，“你在書中描繪的大明帝國，太誇大其詞了，也許這個絲綢之國很強大，但我不相信這世上還有比西班牙王國更強大的國家。也許大明人比那些印第安人、非洲黑人、海島上的土著稍微強上那麼一點點，但我相信在無敵的西班牙艦隊面前，他們不堪一擊。”
“麥哲倫先生，您……您在開玩笑嗎？”克魯士吃驚的看著對方，厲聲質問，“您這種想法太危險了，請注意我們的任務。您代表西班牙王國來到東方，並不是來開戰的，您只是個使者。”
“我知道自己是使者，這個不用你提醒我。”麥哲倫優雅的摘下手上的手套，指著那隱隱約約的海岸線繼續說道，“克魯士先生，談判也是需要籌碼的。你根本不明白，如果沒有強大的武力做依託，談判桌上，我們沒有任何的發言權。希望你能明白這點。為了取得談判的主動權，適當的時候，我們有必要顯示一下武力。”
克魯士震驚地看著驕傲的麥哲倫，苦勸道：“麥哲倫先生，我希望你能保持理智，不要輕易的冒險。西班牙艦隊連葡萄牙都無法戰勝，你卻妄想著挑戰更加強大的大明帝國。你知道嗎？十多年前，達·迦馬伯爵跟你有著一樣的想法，最後的結果是，三艘船連……”
“噹噹噹……噹噹噹……”
克魯士規勸的話還沒說完，桅杆頂上想起了急促的警鐘。桅杆上的瞭望手大聲呼喚：“報告艦長，右舷十五度，六海里左右，一艘帆船真快速向我們靠近，上帝！它的速度可真快。”
麥哲倫迅速舉起望遠鏡，朝瞭望手所指的方向看去，今天雖然天氣很好，視野很遠，但目前他依然看不到來船，只能隱隱約約看到天際有一個黑點，正快速向他們靠近，黑點變得越來越大。
“不要輕舉妄動。”克魯士拉住麥哲倫的手，誠懇地說道，“聽我說，麥哲倫先生，請一定相信我，來的船肯定是大明的巡邏艦，他們的火炮很厲害，船也跑的比我們快。請不要挑起戰端，否則會葬送你的艦隊的。”
“夠了！請收起你的陳詞濫調。”麥哲倫撥開克魯士的手，冷冷說道，“克魯士教授，您只是艦隊的嚮導和翻譯。請不要干擾我的指揮，來人！把克魯士先生請下去，讓他待在船艙裡不要亂動。“
兩名衛兵馬上過來把克魯士請出了艉樓，克魯士還想做最後的努力，他衝麥哲倫喊道：“麥哲倫先生，你這是找死！你會後悔的。”