這樣對峙的局面持續了百年之久，雙方的科學家換了一批又一批，沒有變的只有戰爭局面和類人類，類人類雖然有心，但是卻因為超高度的科學技術，導致他們可以存活好久，甚至達到了龜的生存年限。
這樣久了，很多人也就厭煩了。只是沒有辦法，因為是來自神靈的指揮。不過這一天，整個天地似乎多了一絲不可言明的韻味，似乎是真正的神蹟在發生，所有的類人類在這一天，都像突然中電了一樣，變得有點痴呆，隨後又恢復了正常，只是所有人都不太一樣了，他們的眼睛裡似乎有了光，有了靈魂一樣。
“主人，我來給您按摩一下吧。”郭元沒有說話，不過輕輕的點了點頭，妲己輕笑一聲。走到郭元的背後，開始按摩起來，待到郭元快睡著的時候，突然感覺肚子撕裂般疼痛。有很涼的感覺。低頭一看，一把刀子從背後穿過。他驚愕的回過頭：“你……”妲己輕輕一笑：“主人，妲己，還沒有過心呢。，您的心，借給妲己可好。”說著，妲己便把刀子從郭元的身體裡抽了出來，在心口剜了個口子，一顆鮮紅的心臟在裡面跳著，妲己粗暴的把它從郭元的身體裡扯了出來。這個美麗的少女輕聲低喃：這就是心嗎，妲己，沒有心呢。而門外的亞瑟註釋著這一切，並沒有站出來阻止，捍衛他所謂的正義。而是默默的關上了門。
走了出去，他的一身鎧甲，隨著他漸行漸遠的步伐，慢慢的染成了黑色。而相同的一幕，也在昆北的科學空間室中上演著。他們鮮血被撒向了夜空，散落在這片他們創生的大地上，至此，神明時代被終結。這個大陸真正就屬於了這些被創造出來的類人類。一個新的時代正在被拉開序幕。一個少女雙手搭在窗邊：明天開始，就是新的一天了呢。。。
時光流逝非常，轉眼間，五十年過去了，基本上，老一批的科學家都魂歸故土了，像小郭這樣當面年少的新生科學家如今也已是白髮蒼蒼。“十二奇蹟的進展非常慢。如今也只有六個“奇蹟”得到了實行。“昆北那邊怎麼樣了。”小郭，哦，不，如今已經是老郭教授了回過頭去問站在身邊的妲己秘書。“回主人，昆教授那邊似乎有更神秘的力量正在形成，危險性很大。但具體的就不知道了。”“這個混蛋，真的要再把這個新大陸給毀掉嗎？老郭教授恨恨的錘了下桌子。
“這個大陸，似乎長大了。”郭元站在窗前，神色凝重。“主人，咖啡泡好了。”妲己恭敬的站在郭元的身後。郭元回過頭看了一眼妲己，感覺哪裡不太一樣了，可又說不上來。“幫我聯絡昆新，然後你先出去吧。”“好的，主人。”妲己幫郭元接通昆新後，便低著頭走出去，她的嘴角，似乎嗪著一抹微笑。“郭大教授，找我什麼事啊。”昆新像他的先輩一樣，不太待見這些保持著舊想法的科學家。郭元並沒有理會這些“昆新，你有沒有發現‘他們’有沒有什麼不同了。”
“能有什麼不同，一些被我們操控的類人類而已。”昆新並不以為然。“如果你只有這樣幼稚而且無聊的問題，那就掛了哈。”說完昆新也沒給郭元拒絕的機會，就讓妲己掛掉了郭元的連線。妲己這個類人類創造出來的時候就很奇怪，她可以自主分化出一個分身。當初昆北走的時候帶走了一個，好方便雙方溝通交流。
郭元很鬱悶：希望是我想多了吧。就這樣，好幾年都沒有發生什麼事情。大陸上的類人類也沒有出現什麼特殊的情況。郭元也逐漸放鬆了警惕。這天晚上，妲己像往常一樣給郭元準備了咖啡：“主人，咖啡煮好了呢。”今天的妲己，聲音中帶著魅惑，郭元有所察覺，可能覺得是自己多慮了，就沒有想太多，輕輕抿了一口咖啡。然後放下了。
在森羅教授去世後不久，老徐教授的弟子昆北這個新生的教授，不滿足現在的科學現狀。叫嚷著要尋求新的科學突破口，而以小郭為首的舊的一批科學家則害怕歷史的重演，堅決不同意這種行為，於是昆北便帶著所有新生的科學家去到了另一個無人區，創造了一個新的科學空間。與長安上方的科學空間相隔幾百萬裡相對。
剛開始，還是正常的創造與研究，到後來，昆北等人因為是新生科學家，知識儲備等不足，就衍生了偷取“方舟”上知識的想法。不過多次被郭教授的人阻擋在“十二奇蹟之英雄戰場”的邊緣。因為“不死祭壇”存在於“英雄戰場”的兩段，剛好形成對弈的局勢。雙方的戰鬥號角在這裡時常響起。
前後用了一年多的時間，太古時代在進步，這個新生的大陸上出現著越來越多的身影，有男有女，有老有少，有東方的，也有西方的，不過大體上還是以“方舟”所化的長安為核心，出現有女帝武則天，城市督察官狄仁傑，城市守護者狄仁傑，還有酒劍仙李白這樣的人。其他幾個地域也出現了不同的身影，比如西方的馬可波羅，女戰神雅典娜等等。創造這些的科學家們反而漸漸淡出了這個大陸的歷史，他們帶著一些具有特色的類人類比如創造不出心的妲己，和自帶正義色彩的亞瑟隱藏在一個獨特的空間裡，進行著科學研究與對類人類進行監控。這一天，科學空間室的氣氛很壓抑，所有的科學家都胸佩戴白花，站在一個數字冰館前。
棺內，躺著這批科學家中最偉大的存在：森羅教授。森羅教授走了，在這個大陸正興盛的時候，走了，永遠的離開了這個大陸。森羅生前曾留有遺言：等我死後，入冰棺，一切從簡。所以“神明隕落”的訊息，除了真正屬於地球血統的人和妲己、亞瑟，和一些光明衛士意外，並沒有人知道。這一天，新大陸生機盎然，這一天，科學空間室，一片死氣沉沉。森羅生前跟其他幾位頂尖的科學家，包括西方的，一起有討論過並建立了模型，只差實際實施的“十二奇蹟”，今天是第二個奇蹟：“不死祭壇”的誕生，可惜森羅教授再也沒辦法見到了。