賈南風的母親過世了，也許是看見賈南風和司馬遹的關係日漸僵硬，她放心不下，臨終前也不停地叮囑賈南風和太子重修關係，握手言和。母親的臨終遺言，賈南風多少聽進去了一些，只是她不知道太子是否打算與她擯棄前嫌。
東宮勢頭正盛，原來許多搖擺不定的人都投到了太子門下，郭氏死後，他開始在暗中培養死士，擴大自己的勢力，以謀大事。這些，賈南風全都知道，甚至那些暗中勸他廢后的言論，她也知道。太子都做到了這個地步，讓賈南風如何與他言和？即使太子答應言和，日後他登上帝位，也不會甘願受賈南風擺佈，一旦讓他奪得大權，賈氏一門便不會有好下場。事到如今，兩人已經不可能言和了。
如今的局勢，東宮和顯陽殿在不冷不熱地膠著著，若論朝中的勢力，自然是賈南風要勝一籌，可東宮的兵馬不在少數，原來那些安插在東宮的眼線，眼見司馬遹越發得勢，也都對賈南風越發敷衍了，若是司馬遹突然動手，賈南風匆忙之下未必能應付下來。
元康九年過了一大半，司馬遹喜獲自己的第三個兒子。朝中眾臣慶賀，便有人上表，請求為東宮增兵。賈南風大怒，東宮都快壓到自己的頭上來了，若再增兵，東宮的兵馬將近萬人，兵力集中。而她自己，能在短時間內調動的兵馬才不過兩萬人，且這兩萬人分佈分散，若她同意，豈不是將大權拱手相讓？
賈南風終於意識到，自己不能再等了，這些年的搖擺不定讓司馬遹鑽了空子，他藉著賈南風無子而自己有子的優勢，發展勢頭，公然與她作對，若非她猶豫，怎會讓事情變得如此棘手？
就在此時，賈謐又來告了一場黑狀，他去東宮見司馬遹，司馬遹每次都沒有好臉，賈謐忍無可忍，同他吵了起來，那時司馬遹的叔叔，成都王司馬穎也在，見賈謐放肆，便幫著太子將他大罵一頓。賈謐懷恨在心，只得找賈南風訴說委屈，並說司馬遹口出狂言，威脅他道有一日做了皇帝，要將賈家一個不留，全部殺了。
賈南風聞言，心裡一頓，知道事情已經到了你死我活的地步，她不能再等了，“你身邊有許多有才之人，你挑一個，讓他模仿太子的語氣，寫個犯上的文章。”
賈謐略作思考，便道：“請黃門侍郎潘安來做此事，他文采極好，萬無一失。”
賈南風點了點頭，表示允准。
臘月時分，司馬遹剛得的幼子過了百天，賈南風見一切準備妥當，準備要動手了。她稱皇上身體不適，讓司馬遹前來侍疾，待司馬遹到了，她又讓宮女將他引入偏室，又給他準備了許多的醉棗，就有宮女連哄帶逼地讓他吃下了許多，等他醉了，便將潘安事先寫好的那偏文章取來，由小宮女引導著司馬遹將文章全抄了下來，許多筆畫不全的地方，又由潘安模仿著太子的字跡將筆畫補充完全了。這樣，由太子所書的，一篇充滿悖逆之言的文章便完成了。
賈南風將此文章上呈晉惠帝，並在一邊添油加醋地說道：“您這兒子可是厲害了，要廢了你我，自己登基為帝，還要立蔣俊為後呢。”
晉惠帝雖腦子不好使，可也知道這意味著什麼，又受了賈南風這樣一挑唆，當即就動了氣，召集了各位王爺公卿，將司馬遹所寫的那篇文章遍示給他們看，並怒道：“太子寫下這等謀逆之言，朕要殺了他。”
朝中大臣無人敢言，唯張華在細看了書信後，道：“陛下明鑑，此文絕非太子所書。”
賈謐聞言，趕緊道：“這文乃太子筆跡，事實如此，你還辯解什麼？”
張華搖了搖頭：“雖是太子的筆跡，可這字跡潦草，多處地方混沌不清，未必是在太子清醒的時候所寫，不能排除是遭人陷害，依臣所見，還是應當徹查才是。”
賈謐聽到“徹查”二字，有些亂了手腳，張口便道：“還查什麼？等你查好了，太子早都得到風聲了，若是提前動了手，致帝后於險境，這罪責你擔得起嗎？”
“那也不能讓太子白白蒙了冤屈。”張華力爭道：“太子並非常人，乃是朝廷基業所在，怎能因為一份來歷不明的文章就定太子的罪，未免太過草率。”
司馬衷被朝上的兩人吵得失了章法，他求救般地望向賈南風，希望她能給自己拿個主意。賈南風本就心虛，見張華不願放棄，她怕事情有變，只得自己退了一步。
“張卿所言不錯，這事既然要調查，便要調查清楚，可此事大家都知道了，暗中查訪怕是行不通的，賈謐所言不無道理，期間萬一太子發難，陛下危矣，不如先將太子廢為庶人，軟禁金墉城，待日後事情調查清楚了，若太子無辜，再將他放出來。”
這不失為一個萬無一失的方法，朝中無人反對，賈南風便命人持節前往東宮宣旨。司馬遹正在遊園，變故突如其來，他來不及反應，只好接了詔書，又給太子妃留下一封書信，請她照顧好三個孩子，然後乘上粗牛車，被押解到金墉城軟禁。
太子突然被廢，朝中一片譁然，而太子妃王惠風的父親卻極快作出了決定，他上書皇后，說太子失德，請允准太子與太子妃和離，放太子妃回家。
王衍本就是皇后的人，因此賈南風也沒有過多為難他，準了他的上書，命王惠風離開東宮。王惠風不願離開，求著來攆她的人讓她見皇后一面陳情，可那些人哪願聽她的哭訴，強行將她押上一輛馬車，送回到王衍的府邸去了。
其餘與東宮親近的人，此時多數選擇了沉默，畢竟結果未揭曉之前，選擇和誰站邊都是不明智的。卻也有人因受司馬遹恩寵，對他的被廢深表哀傷，因此積極營救，他們找到的人，便是孫秀。他們勸孫秀道：“國家沒有嫡系繼嗣，社稷將危，大臣的災禍必定會興起。而您侍奉中宮，與賈后親密，廢太子之事，都說您預先知道，一旦有變故，災禍必定連累到你。為何不事先謀劃一下呢？”
孫秀覺得有理，便將這番話轉述給了趙王司馬倫，司馬倫深以為然，決定採納，並依此定了計謀。可孫秀卻又勸司馬倫，道：“太子為人剛直兇狠，如果得志之日，必定會放縱性情。您一向侍奉賈后，街談巷議，都認為你是賈后的同黨。現在雖然想為太子建立大功，太子即使要把忿恨埋在心中，也一定不會對你施加賞賜，會說你為民望所逼，反覆無常，只是將功折罪罷了。如有小的過失，還不能倖免於誅罰。不如拖延日期，賈后必然會加害太子，然後再廢賈后，為太子報仇，既可以有功，又可以得志。”
司馬倫當然覺得此計更好，便派人在宮中散播流言，說有人要廢賈后，迎太子回宮。賈南風廢了太子，本來就只鬆了半口氣，只要他還活著，勢力就在，就必然會對她造成威脅，因此，她需要將此案做成鐵案，讓司馬遹再無翻身之日。
賈南風從東宮召回鍾遂，讓他寫供書誣陷太子圖謀不軌，可鍾遂在東宮多年，對太子有了感情，不願如此陷害太子，便哭著求皇后放過太子一命，他已被軟禁金墉城，再難有翻身的機會了。
賈南風大怒，讓人將鍾遂押入私牢，並寫下供詞逼他簽字畫押，鍾遂不從，被打得遍體鱗傷，可仍舊不願構陷太子。賈南風派往東宮多人，只有鍾遂和蔣俊最近太子，可那蔣俊心裡明白，一旦太子謀反罪名成立，自己的三個兒子也會死無葬身之地之地，她是太子的美人，只有太子活著，她和孩子才能有好日子過，所以她咬死了太子無罪。她身為美人，又是三個小王子的母親，賈南風不能明著將她抓起來，只能先將口子對準了鍾遂。
誰知這鐘遂竟然也是個硬骨頭，油鹽不進，賈南風無法，只得搬出他的家人，鍾遂當年也是為了讓家裡人過上好點的日子才進的宮，這些年，他在太子身邊得了不少好處，再加上皇后的賞賜，家裡的環境確實大有改善，若是牽連了他們，家裡絕了後，他這些年的努力和委屈便都化為了泡影。
鍾遂在牢中放聲大哭，顫顫巍巍地在那份供狀上按了手印。他自覺對太子不起，按完手印後，趁著守衛疏忽，一頭撞上牢裡的柱子，一命嗚呼了。
拿到供書的賈南風，有了殺司馬遹的藉口。她讓太醫程據製作了毒藥巴豆杏子丸，再令孫慮帶著藥前往金墉城殺害太子。司馬遹自被軟禁，便怕被人加害，常常自己煮飯吃，孫慮來後，便強迫司馬遹服藥，司馬遹不肯，躲入茅廁之中，孫慮竟用藥杵活活將他打死了。
至此，司馬衷唯一的兒子司馬遹冤死，年僅二十三歲。因他有謀反之意，宮中打算將他以庶人之禮安葬，可賈南風竟然上表，道：“司馬遹不幸喪亡，可憐他迷惑悖逆，又早夭折，我悲痛的內心，不能自已。妾私下希望他刻骨銘心，更思孝道，極度虔誠，以正名號。此志不成，更讓人酸心遺恨。司馬遹雖然罪過很大，但仍是帝王的子孫，若用庶民之禮送終，情實憐憫，特意請求天恩，賜他以王禮安葬。妾確實愚昧淺見不懂禮儀，不勝至情，冒昧地陳述我的想法。”
最終，司馬衷下詔，以廣陵王之禮安葬了司馬遹。