直到5月，清廷才‘洞’悉日本的真正意圖。日軍討“番”統領西鄉從道將出兵臺灣的照會送直閩浙總督李鶴年處，出乎意料地遭到了李的強硬反擊。
李於5月11日後連續照會西鄉從道，稱：“本部堂查臺灣全地，久隸我國版圖。雖其土著有生熟番之別，然同為食‘毛’踐土已二百餘年查萬國公法雲：凡疆內植物、動物、居民，無論生斯土者、自外來者，按理皆當歸地方律法管轄。據此各條，則臺灣為中國疆土，生番定歸中國隸屬，當以中國律法管轄，不得任聽別國越俎代謀。茲日本國中將照會，以臺灣生番戕殺遭風難民，奉命率兵深入番地，殛其兇首，以示懲戒。在生番迭逞悍暴，殺害無辜，即按以中國之法律，亦所必誅，惟是臺灣全地素屬中國，日本國政fǔ並未與總理衙‘門’商允作何辦理，逕行命將統兵前赴，既與萬國公法違背，又與同治十年所換和約內第一、第二兩條不合。”
李鶴年態度的突然強硬，緣自西方國家對清廷的提點：最先是英國駐華大使威妥瑪於4月18致函總理衙‘門’，告知清廷日本出兵臺灣一事，並在信中詢問“生番居住之地，是否隸入中國版圖”；稍後，英、法兩國使節以及總稅務司赫德也先後前往總理衙‘門’，詢問臺灣生番所居之地是否中國領土。
尤其重要的是，英國透過駐華使節，將來自英國駐日大使巴夏禮獲知的資訊告知中國：“內稱據東洋意見。臺灣島自某處迪南，皆不隸中國版圖之內”。
威妥瑪強調，清廷對臺灣番地主權等認定，與英國針對此事的外‘交’態度密切相關。如果中國認為番地不屬於中國版圖，則英國政fǔ對英國民眾協助日本出兵臺灣不做任何限制；如果清廷認定臺灣屬於中國版圖，則英國政fǔ將明令禁止英國民眾參與日軍出兵臺灣一事。法、美各國所持意見，與英國大致相似。
緣此，清廷於5月14日發上諭，宣告：“生番地方，本系中國轄境，豈容日本窺伺。”
並派沈葆楨帶率領輪船軍隊，以巡閱為名，前往臺灣生番一帶察看，“不動聲‘色’，相機籌辦”。李鶴年5月11日的強硬照會，與稍後的上諭‘精’神完全一致。英、法、美諸國也均照會清廷，表示對日本的行為不予支援。
但李鶴年顯然仍對領土主權為何物不甚瞭然。其稍後的一道奏章又回到了天下觀裡“番地不屬界內”的老調：“惟念邊釁易開不易弭，番地腹地，究有區分，如果倭兵擾入臺灣腹地，自當督飭鎮道鼓勵兵團，合力堵剿。若僅以戕殺琉球難民為名。與生番復仇，惟當按約理論，不遽聲罪致討，以免釁開自我。”
這種“番地”、“腹地”的區分，難免又被日本曲解成番地無主。故而，總理衙‘門’於6月5日再次釋出上諭，嚴厲強調：“番地雖居荒服，究隸中國版圖，其戕害日本難民，當聽中國持平辦理，日本何得遽爾興兵，侵軼入境。若謂該國僅與生番尋仇，未擾腹地，遂聽其蠻觸相爭，必為外國所輕視，更生覬覦。釁端固不可開，體制更不可失。該督惟當按約理論，阻令回兵，以敦和好，不得以番地異於腹地，聽其肆意妄為也。”
天下觀裡的“番地”、“腹地”概念必須服從於世界觀下的領土主權。這是清廷對臺灣是中國領土的最清晰表述，對之後挫敗日軍侵臺，起到了最關鍵的作用。
事情最終捅到總理衙‘門’。會商之後，總理衙‘門’並未否定閩浙地方的‘交’涉措辭，但同時密函指示閩浙各相關官員，特意強調了臺灣生番地區的版圖歸屬問題：“告以生番雖非法律能繩，其地究系大清地面，與該國領事等辯論，仍不可‘露’出非中國版圖之說，以致洋人生心”。
在總理衙‘門’的政治話語體系裡：1、臺灣“生番”地區屬於大清地面，是大清疆土無疑。
2、“生番”未歸“王化”，中國法律無法管轄“生番”。這兩者是可以並存不悖的，後者並不是對前者的否定。前者近似於近代西方的領土主權宣告，後者則是基於傳統中國的天下觀。
在傳統的天下觀體系中，總綱乃是普天之下，莫非王土，歷代中央王朝自視為文明的中心。自中心向外輻‘射’，依照開化程度的不同，存在著不同的層級。
依次包括：世居其地，為國守疆的番、苗、夷及地方土司；
代守‘門’戶、納貢稱臣的四裔藩屬；
藩屬之外，則是未知之地。其經典描述則是：大清居天下之中，四夷居天下之偏。中國與夷蠻戎狄五方之民共為“天下”、同居“四海”。這種“天下觀”裡沒有具體的領土主權界限，一切視“文明開化”程度而定。
柳原前光提出：“貴國臺灣之地，貴國所施治者僅及該島之半，其東部土番之地，貴國全未行使政權，番人仍保持獨立狀態。前年冬我國人民漂流至該地，遭其掠殺，故我國政fǔ將遣使問罪。”
總理衙‘門’大臣‘毛’昶熙回答說：“番民之殺琉民，既聞其事。夫二島俱我屬土，屬土之人相殺，裁決在我。我恤琉人，自有措置，何預貴國事而煩過問？”
柳原前光爭辯說，琉球已為日本的國土，清政fǔ應懲罰殺害琉球人的番民。
‘毛’昶熙說：“殺人者皆生番，故且置化外。皆不服王化。”
柳原前光說：“生番害人，貴國舍而不治，我卻將問罪島人。”
大清政fǔ對於日本的抗議置之不理，理由很簡單，琉球和臺灣均是大清的藩屬國，不需要日本來說三道四。
而日本一無所得便懷恨在心，想要報仇雪恨，日本內閣已制定入侵臺灣的計劃，尚比大清早兩年購買英國建造的兩艘巡洋艦，建立起現代化海軍。日本正在厲兵秣馬，也在韜光養略‘蒙’蔽大清帝國時刻，大清卻突然橫空出世一個理財能臣李國樓，全力打造新思想構築的大清帝國。這讓日本內閣驚恐，在柳原前光策劃之下，一場刺殺欽差大臣李國樓的行動已經悄然展開。