人類的軍隊果然是強大不可比擬。擊垮了一顆星球。
在地球太空層的人們望了天空凝視許久，安靜了，一分鐘過去了，又一分鐘過去了，人們呆呆地望著巨大顯示器看了許久……
眾人開始沉默，等待勝利的訊息。在冥王星解體的那一刻。許許多多的碎片和赤紅的火球。在冰冷的宇宙中顯得那麼耀眼。
“看吶，那星球在閃爍，啊，火球在翻滾死亡的星球嗎？太令人感到驚歎了，覺得旁邊的那飛行器不堪一擊。他應該已經死了吧？……”
當許多人以為戰爭勝利了，各個都歡呼雀躍，載歌載舞。是戰爭哪有人類想象的那麼容易，還只是個開始。
然而意想不到的是，星球爆炸的那一刻，士兵們卻看到令人瞠目結舌的場景，被擊潰的探測器卻重新組合在了一起，時間也被重置，就連被摧毀的冥王星也再次浮現出原來的模樣，時間竟被倒流了，探測器又“復活”了嗎？
好多人心裡在疑問。
潘教授在思考在琢磨，只找不到答案的方法，在尋思了好久才明白，恍然間，罪魁禍首明顯就是這些超體們，難道它們被支配了？這些超級人類可是人類中最後的希望啊，他們背叛了人類。
而末日審判者在隱蔽空間看了看，在查詢資料後，原來支配者也已經掌握了時間逆轉技術，它們比過往的那些尼比魯斯人更加強大，而戰爭的勝利也在反反覆覆無數次被修改，時間已經被“支配者”操控。他們還是在時空的角落重新復活潘多拉星。努力復原過去的那個屬於他們支配者的宇宙。
觀察到這一切的姜寧立刻就知道其中的緣故，因為他自從中了外星病毒（並不是病毒，只是類似細菌的意識體）後，那些外宇宙的空間技術，他也常常偷聽，他能夠感知這些外星病毒正在與異化者進行傳遞資訊，潛藏在星際部隊人中的埃博病毒悄然甦醒，他們隱藏的很深，同樣是超體的姜寧，在擁有強大的感知能力後，用超感知能力感受到，一陣陣電波正在向部分超體進行操縱，顯然這些超體也是可以控制時間的，有些超體甚至能控制物體的移動軌跡，支配者們正是在利用這些超體人類能力控制未來的走向，他們正在與尼比魯斯人在幻境中控制整個戰局，這種幻境很難被發現，只有第九感知才能感知它們的存在。
而擁有無數超體能力的姜寧此刻也明白了他隱藏的目的和任務，他乘太空艇飛往地下神秘基地，尋找被支配者控制的超級人類，殺掉這些異能者。這些超體被感染後，成立了反叛軍，他們外表與人類無異，但潛伏在人類社會成為最主要的威脅之一，就連秘書長也是感染者之一，他被異化後，吸食史蒂夫超體女兒的血液，成為變異的究極體形態，屠殺破壞宇宙的時空軌跡，其他各個宇宙到處殺害自己的對手，造成時空混亂。他開始了去往平行宇宙屠殺這些反叛者。
為了殺掉這些反叛軍究極體人類，姜寧用無數自己去往不同時空，斬殺不同時空中的藏匿的超體，他的目標明確，就是修復時空中的漏洞，殺掉這些異化超體。
……
在人類的艦隊用人海戰術不斷擊潰這些外星飛船後，時間也在不斷流失，導致時空錯亂，但流失的時間也被一點點修復，最後完全修改正確。姜寧回到他本體中的宇宙得意的大笑，發現超體們已經控制不了整個時間線的正常軌跡局面，導致他們已經失去了時空控制的能力。於是，姜寧透過時空錯位進入到異界超體內部，發現了正在控制時空的超體們。於是時空戰爭也在開始虐殺。
另一邊，主宇宙線的時空中，在尼比魯人的幫助下，一些潛在被感染的敵人甦醒被控制，飛船開始叛亂對自己的飛船進行開火射擊，大批航艦在不知情的情況下被Daoda
攻擊，大批艦隊被毀。第一批太空艦隊滅亡之後，人類特殊軍種開始對叛軍進行追擊，於是大批人工智慧機器人對叛軍進行自殺式襲擊，人類的叛軍也傷亡過半，顯然已經開始挽回整個戰爭的局面，叛軍還是向著探測器飛去，迎接他們的“主”獲得更加強大的力量，連這些變異的究極體人類也同時迴歸到主宇宙的時空，參與這次最後的末日戰爭。
異變的究極體人類乘坐著太空飛艇，迎接尼比魯斯人的探測器，它們華麗的黑色身軀，流線型的外形外套，黑色螞蟻般的頭盔，是太空軍最為科幻級別的武器配置，普通的攻擊是很難對它們有任何傷害。
當這些異化超體越過柯伊伯帶，叛軍部隊第一次見到了尼比魯斯人造的探測器，這也是他們首次接觸外宇宙文明的探測器，一座黑色金字塔狀，周圍的空間被探測器扭曲成混亂的景象，這小小的探測器，它卻有著宇宙中最先進的技術力量的結合，所以宇宙的科技力量的結晶，這小小的“黑色金字塔”超大質量竟讓空間的扭曲變為多邊形，像一個物體放在扭曲的水裡，形狀無規則，讓外界的人永遠無法摸清它真實的樣子，幽靈來形容它是最恰當不過了，但它的技術卻是整個宇宙的集合，周圍的光也因為它自身強大的質量而被扭曲成彎曲的，像是無形的黑洞，在這個二號宇宙裡顯得格格不入，在超大質量的探測器面前，叛軍的飛船像一張一桶就破的薄紙，這種至高無上的力量，讓叛軍們顫抖，叛軍們都在熱烈呼喚著他們心中的主，歡呼著他們心中的神。
探測器降落到一塊巨大的隕石上，這顆巨大的隕石是被炸裂的冥王星殘骸，他們彙集在一起進行儀式，許許多多的究極體人類都是超能力的異能者，他們都想看清楚“主”究竟是什麼樣子。
當超體人類見到如同神一般的文明從太空降臨到地面時，歌頌著“神”的禱告，這顆金字塔狀的探測器在靜靜觀察著他們，許多叛軍的飛船也向探測器的降臨表達了善意的訊號，它們在天空盤旋，組成惡魔的符合，以表示對他們崇高的敬意和忠心，他們的首領秘書長站在飛船的降落臺上，衣著黑色燕尾服，但依舊保持著人類的身體，但頭已經完全成為了惡魔，它默默與這個幽靈魔鬼鞠了鞠躬，期待著“主”的安排，也想獲得更多可怕的力量。
然而這些外星艦隊對他們的行為卻不屑一顧，金字塔裡周圍空間開始變幻著周圍的空間出現一串串植物，許許多多的異化人都進入到這個精神世界，這些植物白色透明，像一支蝸牛的眼睛撫摸著這個首領臉，首領得意著發出怪異的嘶叫，正在傳達“主”給他帶來的一切力量，他在幻境中表示願意與主融為一體，在一番示意後，觸角消失，幻境也消失了。他們並不理解“主”含義，但它們感知到一種可怕的力量正在吸取它們的超能力，之後迎接他們的將是比死亡還要可怕的深淵和絕望，他們的忠誠換來的卻是滅頂之災，首領站在甲板上，已經凝固成了白色液態般的“蠟像”，之後叛軍的飛船被莫名的計算機病毒控制，所有飛船的程式出現亂碼，大批飛船莫名其妙地停機熄火，彷彿讓他們禁止靠近幽靈探測器。此時叛軍們才清楚，這個魔鬼一般的探測器是來吃掉他們的，它們紛紛逃竄，醒悟的同時但以為時已晚。
探測器瘋狂旋轉，周圍空間完全扭曲，它卻以每秒三十多萬公里以超越光速馳向叛軍飛船反物質發動機，這些其他的叛軍大部分還不清楚是怎麼回事，眼巴巴的看著它疾馳而來，直接讓叛軍首領們究極體形態給撕了個粉碎，他們所敬仰的“主”並不把他們放在眼裡，他們呆呆忘了許久才晃過神來，他們看著首領被直接乾死卻又無動於衷，卻又不知所措，它們無處可逃，等待的只要死亡，此時的逃竄已經是多餘的了，很快金字塔再一次衝向太空港口，這些太空中的一百多艏敵軍戰艦輪番被擊穿，之後產生的巨大熱核爆炸從第一排戰艦開始蔓延，飛船船體被撕了一個大口子，在短短不到二十秒的時間，太空到處都爆發著熾熱的核爆炸，那是反叛軍的軍艦，大爆炸所形成的鋼鐵暴雨在宇宙飛淺，太空倉被壓扁的人體奔放出一朵血漿花蕾，形成一顆顆鮮血紅寶石，探測器每次攻擊都精確鎖定飛船的反物質燃料倉，一艏艏飛船接二連三被摧毀，連地球聯邦國際艦隊的兩千多艏太空軍艦也都被波及，有些飛船的殘骸撞擊到另一艏戰艦，太空軍被亂作一團，天空佈滿了火焰的爆炸，而那些反叛者還在幻想著唉吼道：“主啊～你為什麼拋棄我們！！”
“主”的目的只有一個消滅整個人類，連異變的超體對“主”來說都是一絲威脅，所以毀滅你與你無關！尼比魯斯人此時已經開始對這些反叛者肆意的屠殺，絲毫不考慮另一種物種人類想的什麼，災難性的一幕上演了，太空反叛者在不到一分鐘內全部被殲滅，他們的飛船如同燃燒的蠟燭瞬間融化，戰場的規則完全被改寫，毀滅它們的只是羅伊文明的一顆探測器，天空閃爍著爆炸所形成的熱浪，那裡的溫度高達倆千萬攝氏度，任何物體到了那裡都會被熱浪的翻滾所氣化。在滾滾熱浪中，那些人體完全被燒焦，飛船被撞碎。天空到處都是殘缺的太空戰艦。沒有什麼比這場戰爭更令人絕望，完全不是一個等級文明的技術壓制。
而超體們也同樣控制在時空走向，突然之間，終極AI過濾掉時空的出現的錯誤恢復到原有的時空，一顆探測器爆炸了，而姜寧也從空間漏洞拿著一“超體”頭顱向天空炫耀，控制時空的超體被另一個超體人類幹掉了，那個人頭就是時間控制者，姜寧把他殺了，站在月球空間站上，顯然在黑色金字塔明白其意，時間不會再被重置了，於是這個外宇宙武器大肆屠殺的，並注意姜寧的一舉一動，黑色金字塔看到被利用主要超體死了，發狂地對大批艦隊進行瘋狂式摧毀，以證明他的威脅微不足道，黑色金字塔直奔姜寧。
各大星球被一顆小小型探測器撞破，太空到處都是殘骸和星球碎塊。太陽系艦隊完全覆沒。只剩下地球艦隊主力軍——人類之光。
約翰布萊恩看到這一幕，內心極其沉重，他面對能力永遠無法探知的外星種族，雖說它們將所有的人類叛軍一一剿滅，但約翰的心裡依舊是痛的，因為他知道這些人雖然是傀儡，但畢竟還是被病毒控制的人，在面對如此複雜多變的戰爭，年邁的約翰決定親自上陣，帶領著四十多萬的地球艦隊軍再次出發，浩浩蕩蕩的人類之光向著奧爾特星雲迎擊。引誘探測器轉移注意力，也是保證超體姜寧能夠活著。
在第一批艦隊到達太陽系邊界之後，艦隊的飛船排列成巨大的C字型，包圍整個外星艦隊，因為勝利不再會被時間修改，艦隊的目標是將敵人在包圍圈內剿滅，之後留出空間將其餘的飛船逃跑，然後利用其它智慧機器人用自殺式爆炸襲擊這些飛船，利用這些無人機輕便引到這些鋼鐵巨獸相撞，讓它們自行滅亡，這樣用最小的代價將其剿滅。
在地球國際飛船行駛在外太空的空間後，大批無人機部隊也相序趕來，然而在對計劃進行一半的時間後，尼比魯斯人用超級奈米機器人已經悄悄侵入人類軍艦的指揮系統，這些精密的系統和熱訊號傳導裝置直接被燒燬，燃燒之後，接觸飛船裡的氧氣開始產生大爆炸。爆炸先是從一個太空艙傳來，之後又燒燬了核聚變燃料室，很快裡面的人被大火活活燒死，而其他星艦部隊還不知發生了什麼就瞬間被爆炸所產生的能量炸死，第一支全部陣亡，緊隨其後第二支第三支……
約翰看到這一幕更加很意外且氣憤，於是取消A計劃執行B計劃，約翰布萊恩全力對外星的軍艦進行攻擊，這時候探測器已經被引誘到木星附近，木衛二附近的飛船開始進行反擊，那些能摧毀一顆星球的伽馬射線炮對準“探測器”反覆攻擊，然而反覆嘗試擊中後並對它沒有絲毫損傷，而那些qi
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武器彷彿擊中後完全稀釋掉一般，反物質武器顯然已經被太空艦隊給用費了，而地球艦隊一批又一批的戰艦與這些外星艦隊相序碰撞，以自殺式襲擊撞擊著這些外星艦隊，大批飛船還是難逃摧毀的命運，顯然這些計劃完全不頂用，這也在計劃之外的結果，在萬分緊急的時刻，年邁的約翰已經顧不得自身的安全了，他關閉了與“終極AI”的聯絡，因為他是人類最後一道防線，不想讓尼比魯斯人發現最後的王牌，看著眼前的軍艦一艘艘被摧毀，約翰陷入了沉思和苦痛，這是他的錯誤，而這個錯誤的責任由他自己負責，在幾番流淚之後，此時約翰下達命令指揮讓大批軍艦前往木星，這是最短的距離，一批飛船調離到木星之後，大批飛船已經燃盡最後的燃料，有些飛船尾部還燃著烈烈火光。但探測器已經向他們趕來，約翰臉上微微一笑。