隨後，朝廷又頒佈了一系列的利民條例及新官選拔的新標準，減稅賦，施仁政等等都是對百姓百利而無一害的，不過這都是後話了。
透過這件事之後，百姓們也看到了朝廷的作為，對於這個新任的皇上也有了新的認識。
這一系列的事情在民間廣為傳唱，百姓們都看到了生的希望，能如此體察民情、愛恤民命的皇帝，一定會是一個好的君主，對於秦旭也更加敬畏，讀書人對於當今皇帝更是追捧。
將穆賀雲流放之後，清理完餘孽，內閣一直處於群龍無首的狀態，朝堂上最近一直在議論管理內閣的最佳人選，遲遲沒有結論，皇上也任由著他們爭論，沒有表態。
某天散朝之後，謝崇寧被召去大殿議事。
“謝卿，對於內閣的爭議，你怎麼看？”
皇帝看著手中的奏摺，全部都是關於內閣首領的，唯有謝崇寧沒有參與，便將謝崇寧喊來單獨商議。
“回陛下，臣以為現在的確需要解決內閣首領的問題，現在整個內閣處於比較混亂的狀態，急需一個首領去引領他們，如今正值用人之際，臣以為先解決這個問題，讓大家轉移重心才是首要。”
謝崇寧分析了一下目前的現狀，說出了自己的想法。
“謝卿說的不錯，現在確需解決內閣的問題，之所以會出現穆氏造反之事，皆是因內閣首領一人獨大，野心慾望膨脹，自以為功高蓋主，才會出現如今的局面，朕打算廢黜內閣制，分散權利，避免一人獨大，謝卿以為如何？”
內閣制在某中程度上雖然可以阻止皇帝做出錯誤的決斷，但臣子權利過大，於君王於天下百姓都不會是一件好事。
若是這首領一心為民還好，若再出現像穆賀雲這樣的臣子，那對天下百姓來說不可謂不幸，所以現在來說最好的辦法就是廢黜內閣制，將大臣的權利分散，相互制約才能更好的發展。
這是秦旭一直以來就想做的，之所以遲遲沒有實施，就是因為當時的內閣首領穆賀雲權利過大，若要實施基本上會寸步難行，只有解決了穆賀雲這個大隱患，才能慢慢推行。
“陛下聖明，當初建立內閣制本就是為了制約君王的一些決斷，現如今陛下英明果斷，體恤民生，乃是百年難得一見的明君，內閣制現在弊端較多確實不適合繼續施行。”
聽到皇上這麼說，謝崇寧也並沒有多少意外，僵持了這麼多天皇上一直沒有表態，任由他們這些臣子爭論，心裡定是有些想法的。
“謝卿，現如今這樣爭論不休，毫無結果的局面，需要有一人來打破，朕希望這個人是你。”
皇帝並沒有十分明確的說出來，但他相信謝崇寧定是已經明白了自己的意思。
果然，在他說完之後就聽到謝崇寧斬釘截鐵的回答，“陛下放心，臣定當竭力去辦。”
皇上很明白這件事情只有從臣子口中提出來，才能堵住一些人的嘴，不讓他們懷疑，這內閣制本就是為了制約皇帝的，若是由他這個皇帝說出來，底下必定會有很多人阻攔，所以這件事情最好還是由臣子提出來比較好。
謝崇寧從皇宮回去之後，就開始著手準備寫奏摺，連夜送到皇宮，只為了第二天能順利的提出來。
翌日，朝堂上又開始了喋喋不休的爭論，均是為了一件事，那就是有關於內閣首領人選的問題。
“陛下，臣以為，內閣制現在弊大於利，剛才清除完穆黨，為避免再步後塵，臣以為，需廢黜內閣制。”
就在眾臣子爭論不休，仍未有結果時，謝崇寧提出了廢黜內閣制，引得眾臣一片譁然，又開始了另一番爭論。
最終，這件事情還是沒有爭出結果來。
接下來的幾天，都是大家對於是否要廢黜內閣制的爭論，最終，皇帝拍板決定了，廢黜內閣制，不再有一人獨大的局面，權力分散但又相互制約。
此話一出，便無人再反駁，均預設了。
在他們看來，出了穆賀雲的事之後，權力分散對他們是有好處的，現在皇上的這個決定不可謂不聖明。
又過了一段時間，眾人開始紛紛上奏關於丞相空缺的問題，皇帝任命謝崇寧為丞相，其他的一些在這次平反過程中有貢獻的臣子均提了官位。
所有人不服這個決定，說他年紀輕輕不適合擔任丞相，皇上反問誰合適，但眾人都沒有說出更合適的人選，但皇帝拉出了以往謝崇寧的業績，讓眾人心服口服，這才平息了這場爭論。