李世民問左右侍臣：“將如何處置李承乾？”群臣莫敢對，通事舍人來濟打破了尷尬，進言說：“陛下不失為慈父，太子得盡天年，則善！”
經過君臣商議，詔廢李承乾為庶人，幽禁於右領軍府。賜漢王李元昌自盡於家，侯君集、杜荷、李安儼、趙節等參與謀反的大臣都伏誅。
李承乾得罪以後，魏王李泰和晉王李治都沒有閒著。
李泰每日入宮侍奉阿耶，大獻殷勤，阿耶很高興，朝臣岑文字、劉洎趁機勸立魏王為太子，長孫無忌卻請立晉王。
李治自從納妃以後，就基本上不敢再見武才人了，寫紙條也覺得不安全，只命春蘭、秋菊憑著記憶傳話給阿紅、阿紫，然後武才人再反饋回來，這樣互通訊息，繼續保持聯絡。
李泰見阿耶沒有立即表態，擔心阿耶立李治為太子，私下到武德殿對李治說：“你以前和李元昌友善，元昌已經犯了死罪，你難道一點也不擔心？”
李治臉色一變，裝出害怕的樣子，事後立即傳話給武才人問計，武才人反饋說：“四郎急躁必敗，九郎冷靜必勝！在大家面前裝出憂愁的樣子，大家不問不說，如果再三詢問，你再說出四郎的話！”
於是李治在阿耶面前整日憂形於色、心事重重，李世民見兒子神色不對，屢次詢問原因，李治開始搖頭不答，最後不得已，將李泰的話和盤供出，李世民聽後憮然不樂。
當天，李世民前往右領軍府探視李承乾，當面責備他。
李承乾說：“兒貴為太子，還求什麼呢？只是一直被李泰算計，不得已才與宮臣們商量自保的辦法。結果那些不得志的人就教兒圖謀不軌。如果阿耶立李泰為太子，那麼就正好落進其圈套之中。”
李世民默然良久才說：“李泰立，承乾、李治都不存，李治立，李泰共承乾都可無恙了！”
翌日，李世民御兩儀殿受朝，朝會結束後，留下長孫無忌、房玄齡、李勣、褚遂良和晉王李治，說：“兒子們做出這樣荒唐的事，朕覺得非常難過和無奈。”徑直往御榻上倒去，長孫無忌急忙上前扶抱。
李世民又抽出佩刀要自刺，褚遂良趕緊奪過佩刀轉交給李治。長孫無忌請問皇帝想立誰，李世民說：“朕想立晉王。”
長孫無忌興奮地說：“臣謹奉詔；誰再有異議就斬掉誰！”
李世民回頭對李治說：“還愣著幹什麼？阿舅答應立你了，趕快拜謝呀！”李治急忙拜謝長孫無忌。
李世民又說：“公等已經同意了，不知道外朝百官的意思怎麼樣？”
長孫無忌答：“晉王仁孝，天下屬心很久了，請陛下召問百官，如果有不同的意見，就算臣辜負了陛下，罪該萬死！”
李世民於是乘步輦前往太極殿，召集六品以上的文武官員，說：“李承乾悖逆，李泰也很兇險，都不可立。朕想選諸子為嗣，到底誰合適？請諸公明言。”
群臣都歡呼道：“晉王仁孝，應當立為太子！晉王仁孝，應當立為太子！”李世民很高興，如釋重負。當天，魏王李泰被引入肅章門，幽禁於北苑。
四月七日，李世民下詔立晉王李治為皇太子，並親御承天門樓，宣佈大赦天下，賜酺三日。
李治成為太子後，遇到疑問繼續向武才人請教，繼續按照武才人的建議行事，在東宮崇文館刻苦讀書學習，遇事敢於擔當，經常有一些出人意外的表現令群臣稱讚有加。
比如，李世民要李治經常出去遊玩觀光、騎馬射箭，鍛鍊身體，不要老宅在宮裡讀書寫字、談經論道，以免身體發育不良。
李治回答：“遊觀習射不是兒的愛好，兒只愛好呆在阿耶的膝下，事奉阿耶！”李世民大喜，高興得眼淚都流出來了，下令在寢殿側邊營建別院，讓李治居住。
又如，李治為給哥哥李承乾、李泰增加待遇而上表，說：“承乾、李泰衣服不過隨身，飲食不能適口，幽憂可愍，乞敕有司，優加供給！”體現了兄弟友愛之情。