再次下山，孫思邈又經歷了同樣的遭遇。雖諸事不順，他並不灰心、氣餒。
一天，他穿行在一個澇泥塘子裡，草鞋幾乎都拽爛了。好不容易走出塘子，他倚在一棵大樹旁，用柔韌的草，捆綁破爛的草鞋，然後，繼續穿上。這草鞋因為不斷修補編織，已經又肥又重了。
忽然，一隊送殯的隊伍伴著哭聲經過，被抬的棺材往外滴著血。孫思邈走近仔細觀察血跡，馬上就追上去高喊：“站住！站住！人還有救，人還有救……”
抬棺人不理他，認為出殯途中放下棺材不吉利。孫思邈只好邊隨著走，邊說：“裡面是個產婦，難產而死。不但孩子沒生下來，產婦也流血不止。趕快放下棺材！產婦還有救！不然就來不及了！”
抬棺的人一聽，他怎麼會知道？說得全都對啊。
所以就放下棺材，開啟棺材讓他醫治。只見孫思邈拿出一根銀針，找準穴位就紮了進去，然後用手加大力度捻針。一會兒，“死去”的產婦竟睜開了眼睛，“啊”一聲醒過來，而且馬上傳出了嬰兒的哭聲，她腹中的胎兒生出來了！產婦和孩子都得救啦！
於是孫思邈被產婦家人請回家，全家人又謝又拜，不知怎樣款待才能報答救命之恩。第二天，孫思邈執意要走，全家人苦留不住，送一些銀錢作謝禮，孫思邈堅拒不收，只收下了一雙新草鞋。其家人想把舊草鞋扔掉，孫思邈捨不得，找秤量了量，草鞋正好八斤半。
一根銀針救兩命的故事很快流傳開來。從此，孫思邈看病果真是手到病除，“草鞋神醫”的神蹟也越傳越廣。
作為一名醫生，既能得到至高無上皇帝的讚頌，又能得到後人推崇紀念，從古至今，還沒有誰能超越孫思邈。
唐太宗贊其曰：鑿開徑路，名魁大醫：羽翼三聖，調和四時。降龍伏虎,拯衰救危；巍巍堂堂,百代之師。宋徽宗敕封孫思邈為“妙應真人”。後世民間尊稱孫思邈為“藥王”。
唐貞觀年間，太宗李世民的長孫皇后懷孕已十多個月卻不能分娩，反而患了重病，臥床不起。雖經不少太醫醫治，但病情一直不見好轉。太宗為此每日愁眉緊鎖，坐臥不寧。
他經大臣徐茂功推薦，將孫思邈召進了皇宮。但是，在中國古代有“男女授受不親”的禮教，太醫給宮內婦女看病，都不能夠接近身邊，只能根據別人的口述，診治處方。
由於孫思邈是一位民間醫生，又穿著粗布衣衫，當然不能讓他接近皇后的“鳳體”。因此，他一面叫來了皇后身邊的宮娥采女細問病情，一面要來了太醫的病歷處方認真審閱。根據這些情況，他加以分析研究，就基本掌握了皇后的病情。
然後他取出一條紅線，叫采女把線系在皇后右手腕上，一端從竹簾拉出來，孫思邈捏著線的一端，在皇后房外施行“引線診脈”。片刻之間，孫思邈就診完了皇后的脈。原來，孫思邈施展了神通，僅依靠著一根細線的傳動，就能輕易地診斷人體脈搏的跳動。
貞觀初年，唐太宗在一次抵禦外寇入侵的作戰中，被敵軍困於一座山頭之上。他在山上的水潭飲水時，由於體困頭暈，把他頭上戴的龍紋玉飾映在水中的倒影看成是一條小蛇，此後總是疑心自己飲水時吞下了這條小蛇。
待到班師回朝之後，他越想越覺得噁心，進而嘔吐，竟成疾病。宮中太醫用藥幾劑，均不見效。魏徵只得請來孫思邈為他診治。孫思邈見唐太宗面無病容，腹中並無異物。
問清病因之後，他苦苦思索：蛇若吞進肚子，症狀應更為嚴重，但現在只是幻覺疑惑，實為心理疾病。
於是孫思邈先給唐太宗開了安神之藥，然後拿來唐太宗出征時戴的帽子，讓人打來一盆水，再讓唐太宗前來觀看。唐太宗在盆裡看見一條龍紋的倒影，恍然大悟，頓時消除了心中的疑惑，病也就痊癒了。
孫思邈不僅治好了無數的患者，由於他修煉有方，醫德高尚，還留下了許多醫龍救虎、德加異類的神奇傳說。
在一個雷雨交加的深夜，孫思邈修築在高山懸崖下的茅屋木門被人敲響。他開啟門之後，看見門口站著一位白衣秀士，當時天空雷轟電閃，暴雨如注，奇怪的是這位白衣秀士的衣服竟然滴水未沾！
孫思邈問他：“你要瞧病嗎？”
白衣秀士急忙點頭稱是。孫思邈讓他進屋坐下切脈之後說：“你非人類吧？”白衣秀士一愣，隨即鎮靜下來回答：“何以見得？”
孫思邈微微一笑：“你來則有電閃雷鳴、狂風暴雨相助，靜則風雷電全息。你的衣服在暴雨中絲毫不溼，加之你的脈象無不顯示特異屬性。如我猜得無誤，你定是水府之尊棗神龍吧？”
白衣秀士聽了連連點頭，連稱“難怪真人的大名，天上地下無所不知。真是盛名之下，其實不虛！”
說完就介紹自己的病症：“數日之前，我因一時餓得急了，飲食勿勿，不知什麼物件一下堵塞了我的食道。於是連日來苟延殘喘，只能喝些稀湯以維持生命。”
孫思邈聽後讓童子提著一桶湯藥放在白衣秀士座前，督促他儘快飲服，中間不可稍息，否則此病難治。這白衣秀士一聽急忙捧起桶來，一口氣就將那一桶湯藥給灌入了肚中。
肚中一陣翻騰，那喉頭又覺忍耐不住，立即低下頭來，“哇”的一聲，就著那桶大吐不止。當那白衣秀士驚疑地看到在那吐出的髒物中竟有一條長蛇混雜其中時，他由衷地贊到：“真人靈丹妙藥，確是手到病除！”
孫思邈“哈哈”一樂道：“什麼靈丹妙藥，只不過一桶醋拌蒜泥而已，酸辣交加，那蛇自然待不住了。”他頓一頓，接著說：“你病根雖除，元氣未復，我再為你紮上一針，即可一勞永逸。”
那老龍聽了連聲稱好。
孫思邈即走到白衣秀士的背後，取出一支尺餘長的金針，對準他那頂心偏後的位置猛地紮下。那白衣秀士一聲吼叫，即化出原形棗真正一條銀光鱗鱗水桶粗細巨龍。
軟癱盤結在地上動也不能動一下。那銀燈似的一對大眼，定定地瞅著孫思邈。孫思邈說：“我金針拔下，你即騰身向屋內石壁猛竄。如能穿此山岩石壁，騰身雲中，你的元氣也就真正恢復了。”說著話就伸手拔下那龍身上的金針，喝道：“快穿石巖！”那白龍扭動身姿即向那石巖竄去。很快在那石壁上沒入身形。
但是那石壁上從此也就留下了一座寬闊幽深的巨洞。
不一會兒，空中傳來白衣秀士的聲音：“真人德加異類，為神仙之榜樣。我即返還府，防澇救旱，永為人類造福！”孫思邈開啟門來，只見空中一道閃電，白龍身形在雲際中晃動之後沒入茫茫的天空之中。
孫思邈被人稱為孫真人，在大唐自然有不少的追隨者。