接下來袁崇煥讓迫擊炮調高角度，向城門洞兩側吊射，仍然是五輪炮擊，等到炮擊結束後，明軍開始按照排隊槍斃的陣形向城內進攻。卜石兔臺吉聽到兩個城門被破，嚇得夠嗆，立刻組織士兵們反擊，於是大批計程車兵都向城門洞附近壓來。
計劃都是安排好的，明軍面對自己幾倍的敵人也不慌張，大路中間是五挺手搖機槍鎮守，兩側是五排高低不等的擊發槍士兵，也不慌著向裡攻擊，就在城門洞附近大量的射殺敢於衝過來的卜石兔臺吉計程車兵。為了保持能夠有持續的火力壓制，擊發槍士兵每人射出五發子彈以後立刻退下，再換一批士兵，免得槍管發熱爆炸傷了自己。卜石兔臺吉害怕明軍衝進城裡，就不斷的向這裡派兵，明軍將計就計就在城門附近大量的殺傷，雙方都按照自己的意圖在這裡僵持。
在進行了一天的拉鋸戰以後，天色漸漸的黑了下來，明軍按照袁崇煥的指示撤到了城門外面，只是仍然死死的圍住城門洞，就是不讓任何人衝出來。到了晚上，為了防止西、南兩個城門出來卜石兔臺吉的人馬襲擊，袁崇煥就把人馬全部撤回營地，畢竟卜石兔臺吉有五萬多人，自己只有八千人，還是小心為妙。
其實，就在白天的時候，卜石兔臺吉就想從那兩個方向包抄明軍後路，可惜的是沒有一個將領敢帶隊出來，等到晚上視線不好了，卜石兔臺吉才組織兩萬人從兩側出來包抄，想乘明軍射擊視線不好的機會突擊，但是明軍已經撤回了營地，向營地攻擊？還是省點勁、節省點兵力吧，那是找死。
第二天、第三天仍然是第一天的翻版，明軍仍是在城門口附近大量的殺傷，就是不進入城區打巷戰，弄得卜石兔臺吉毫無辦法。三天的攻城戰，按正常的攻城戰來說，攻防的死亡是守方的兩倍，可是袁崇煥這種攻城的方式，卻讓守方的卜石兔臺吉傷亡了百倍不止，明軍自己反而沒有什麼傷亡，這就是武器和戰術的優勢，人多也不管事。
第四天，袁崇煥仍然像前三天那樣進攻，但是發現對方的人馬越來越少，一擊就潰。原來經過三天的搏殺，卜石兔臺吉的人馬已經不足二萬，士兵們已經徹底膽寒。於是，袁崇煥調整了一下戰術，兩個城門各留一千人，其餘兩千人沿著大街小巷緩慢向前推進，所過之處必須是無人區，免得敵人反撲。
反撲不會有了，卜石兔臺吉已經準備逃跑了，他已經失去了雄心壯志，現在的想法是保住命再說東山再起的事吧。三天的血肉磨坊般的爭奪，磨死的都是他自己計程車兵。卜石兔臺吉已經徹底喪失了鬥志，就在明軍再次進入城門洞的時候，卜石兔臺吉已經帶人向西、南兩個城門逃跑了，所以明軍受到的反擊越來越弱，等到明軍徹底佔領西寧的時候，城裡面除了明軍已經沒有任何活人了，除了逃跑的都讓卜石兔臺吉逼著堵搶眼了。
從西城門倉皇逃出的卜石兔臺吉，帶著手下手下不足萬人，其他的早就樹倒猢猻散了。出城不到十里，迎面就碰上了李鴻基、劉宗敏的人馬，一陣的炮轟槍殺，卜石兔臺吉的人馬立刻就四散奔逃了，李鴻基、劉宗敏緊盯著卜石兔臺吉的大汗旗，這傢伙到現在竟然還沒有想起扔掉。看看前面衝不過去，卜石兔臺吉領著殘兵敗將就向南逃去，手下到現在連五千人都不到了。
向南逃了半晌，正在人困馬乏之時，從前方飛過來一排小*，三輪過後，郝永忠一馬當先就衝了過來，隨他後面的是三十名親兵，郝永忠左手持*，右手握著“雪楓刀”，直奔卜石兔臺吉的大旗而來，一路所向披靡。卜石兔臺吉的親兵們也是拼了，百人小隊迎面衝來，交錯而過之後僅剩不到三十餘人，除了郝永忠的左臂上被刀劃了一口子，其餘沒事，這也是那個狡猾的親衛隊長用左手刀偷襲得手，結果也被郝永忠的親衛一刀梟首。隨後的戰鬥就如秋風掃落葉一般，面對生龍活虎的明軍，殘餘的卜石兔臺吉人馬絲毫沒有抵抗能力。
當郝永忠的親兵提著卜石兔臺吉的腦袋站到洪承疇前面時，洪承疇笑眯眯的問道：“誰幹的？五百兩白銀的獎勵，我自己出。”
郝永忠：“他，就是我的親兵隊長，一刀就把卜石兔臺吉的......。”
親兵隊長可不敢爭功：“不，不，是大人一刀......。”
“嗵，撲通”兩聲，郝永忠一腳把隊長踢到：“我他媽還用和你爭功嗎？認.......。”
“嗵，撲通”又是兩聲，“郝永忠，你個王八蛋，告訴你不許領隊衝鋒，”洪承疇罵道，“不衝鋒你會死啊，五百銀子沒你事了，隊長領走，給弟兄們分了，罰你一個月俸祿，也送給弟兄們喝酒，叫你個王八蛋不聽話。”
郝永忠帶著親兵捧著五百銀子走了，洪承疇就帶著士兵向西寧城會和袁崇煥去了。
奇涯溫土司看到這仗打得太慘了，死人太多了，怕是回頭有瘟疫傳染，就從平戎城調來老百姓幫助收拾屍體，也不白乾，每人一兩銀子，不到兩天的時間就把這些屍體處理完了。
原來的卜石兔臺吉的府中，袁崇煥正和洪承疇、奇涯溫土司商量如何進行接下來的戰事。奇涯溫土司的意思是留下一部分人馬駐紮在西寧城，一邊適應青海這邊的氣候，一邊繼續向南進攻，等到達到青海南部時，如果攻擊烏斯藏就必須換乘西藏馬，否則戰馬就會死亡，人員也會因氣候問題生病。袁崇煥開始也是為進攻方向問題頭疼，青海面積太大了，他的兵馬太少了，別說打仗，就是行軍都夠累的，現在奇涯溫土司的建議剛好符合他的意思，就決定讓洪承疇部擴兵，可能的話就地擴招一些士兵，畢竟還是本地士兵能夠適應環境，免得無謂的損失。留下李過和五千步兵，並叮囑李過遇事要多和奇涯溫土司商量，自己也會把這些情況向皇上稟報，看皇上的旨意如何。
袁崇煥留下李過鎮守青海，自己就帶著洪承疇、李鴻基幾人準備沿青海湖西側一路向西南進軍。奇涯溫土司又建議袁崇煥換馬，袁崇煥驚奇的看著奇涯溫土司：“換什麼嗎？向西南去需要換馬麼？”
奇涯溫土司說：“換乘本地的門源馬，也許大人不知道，本地的門源馬是西域的汗血馬和原來本地的西涼馬雜交培養的新馬種，它集中了汗血馬和西涼馬兩者的優點，耐力和速度都非常好，因為汗血馬產在大宛國，故此這些馬又叫西涼大宛馬，三國時期的西涼鐵騎就是用的這種馬。我們祖上受洪武皇帝封為這裡的土司，故此知道這件事，不過我只有一千匹這種馬送給您，大人可以在門源附近購買一些，配給精銳的騎兵。”
袁崇煥聽罷大喜，立刻說道：“土司大人如此慷慨，我必定奏請皇上為大人請功。”