拓跋燾推行的政治政策一定程度上有利於社會安定，推進了鮮卑封建化的程序，但拓跋燾畢竟是封建帝王，沒有擺脫民族的界限，更沒有停止過對各族人民的壓迫和剝削，因此，在拓跋燾統治時期，民zu矛盾和階級矛盾仍然十分尖銳。
盧水胡是匈奴別部，因居於盧水而得名，自東漢以來聚居於湟中，其後漸分佈於秦、隴，杏城鎮等地。後魏平定關中後，在這裡設定軍鎮，加強對盧水胡的控制。
大魏政府遷徙瀘水胡人，加重其賦稅，太平真君六年，關中地區爆發了盧水胡蓋吳領導的武裝起義。
起義爆發後，魏長安鎮副將元紇率軍前往鎮壓，被擊敗。於是，關中各族人民盡皆響應，起義軍擴大到十萬餘人，分兵三路，一路由白廣平率領向西南攻取新平、安定，一路向東南攻取臨晉，從東面威逼長安，蓋吳自領一軍攻取李潤堡，直插渭北，準備進攻長安。
拓跋燾急忙調發高平鎮敕勒騎兵趕赴長安，又令將軍長孫拔調集並、秦、雍三州之兵屯守渭北。
與此同時，聚居於河、汾間的河東蜀在薛永宗領導下於太平真君六年十一月襲擊魏在河東的牧場，奪取馬匹，組織了一支三千餘人的騎兵，在汾曲發動起義。
蓋吳派人和薛永宗取得聯絡，薛永宗接受蓋吳的任命為秦州刺史，先後攻取聞喜、弘農，逼近潼關，隊伍亦發展到五萬餘人。
兩支起義軍連衡相應，結成犄角之勢，聲威大震，北起杏城，南至渭北，西抵金城，東及河東，以陝西中部為中心，包括甘肅東部、寧夏東南部、山西西南部、河南西北部的廣大地區都處於起義軍的控制和影響之下。
蓋吳派使臣趙綰上書宋文帝，希望劉宋政權能出師河、陝，形成對北魏南北夾攻的態勢。
在關中統治搖搖欲墜的情況下，拓跋燾親自領軍征討，他採取分兵牽制、各個擊破的策略，由殿中尚書乙拔將三萬騎討蓋吳，西平公寇提將萬騎討白廣平，自領主力進攻薛永宗。
太平真君七年正月，大軍兵臨汾曲，利用當地豪強建立壁壘，隔斷薛永宗和蓋吳的聯絡，隨後乘起義軍沒有戒備的情況下發起突然襲擊，鎮壓了這支起義軍。二月，拓跋燾率軍渡過黃河，至洛水橋。蓋吳聞訊後北撤，在杏城遭到魏軍包圍，損失嚴重，再次上書宋文帝，希望劉宋政權能出師援救，但未能如願，八月，蓋吳被叛徒所殺，起義軍被鎮壓。
在鎮壓蓋吳起義的過程中，拓跋燾對沿途響應起義的各族人民進行了殘酷殺戮，力圖以民族高壓政策來扼殺反抗鬥爭，暴露了其統治者的本性。
消滅了內部的隱患，拓跋燾開始專心對外。
柔然在魏朝建立之初就是其
大敵。拓跋燾十二歲便遠赴河套抗擊柔然的入侵，把邊塞軍務整頓的有聲有色。
始光元年，拓跋燾即位後不久，柔然可汗牟汗紇升蓋大檀率六萬騎兵進犯雲中，拓跋燾率輕騎赴擊，被柔然軍包圍達五十重，拓跋燾聲色剛毅威嚴，不為所動，這才穩定了軍心。後北魏軍射殺柔然大將於陟斤，柔然乃退。
始光二年，拓跋燾整頓兵馬，突襲柔然，大破柔然軍隊主力，從此，拉開了魏朝對柔然的戰略大反攻的序幕。
神麚二年，拓跋燾分兵兩路，取道黑山和大娥山，大舉攻打柔然。
拓跋燾親自率領輕騎軍長途奔襲，出奇制勝，很快就抵達慄水，俘虜敵軍甚眾。這次的戰果十分輝煌，被稱為北魏破柔然之戰。
從光始元年至太平真君十年的二十五年間，拓跋燾十三次率軍進攻柔然，擊潰高句麗等柔然附屬部落，擴地千餘里，後設六鎮抵禦柔然入侵。終於使柔然“怖成北竄，不敢復南”，“邊疆息警矣”。
從此之後，柔然一蹶不振，這是既漢武帝重創匈奴之後，中原王朝對北方遊牧民族的又一次重大勝利。
拓跋燾另一次重大勝利是南擊劉宋獲得勝利。
神麚三年，大宋皇帝劉義隆北伐，魏朝將士王慧龍、韓延之、安頡等人率軍頑強抵抗，反擊宋軍，宋軍無力抵抗，北魏先後攻克金墉、洛陽、虎牢、滑臺等地。此為後魏南朝第二次大戰。
太平真君十一年，南朝宋經過元嘉之治後，國力昌盛，使得宋文帝劉義隆幻想“封狼居胥”。
於是在元嘉二十七年秋七月，宋文帝劉義隆下詔北伐。
劉宋前期進展順利，奪取了濟州，進兵圍困滑臺。但是到了十月，北魏拓跋燾準備反攻，先派猛將陸真突入重圍，安撫滑臺守軍，隨後，一舉擊潰了王玄謨所部。
拓跋燾進兵東平，迫使劉宋軍隊放棄了濟州。拓跋燾命令諸將，可以不顧堅城在後，兵分五路，大膽的向南長驅直入，縱深穿插:拓跋仁從洛陽出兵直趨壽春，長孫真直趨馬頭，拓跋建直趨鍾離，拓跋那直趨下邳，拓跋燾親自率中路軍出東平，攻向鄒山。
在魯郡太守崔邪利投降之後，拓跋燾派遣使者以太牢祭祀了孔子。
拓跋譚殲滅了胡崇之等人的三座大營，又在一夜之間擊潰了臧質的大軍。
拓跋仁攻克了趙淮防守的懸瓠，擊破劉康祖所部，俘獲胡盛之、王羅漢等人。
到了12月，拓跋燾抵達瓜步，拓跋仁抵達江西，拓跋那抵達廣陵。