兩天的時間很快就到了，這兩天水門安排卡卡西這個天才對“根”的行動進行安排和佈置。大雄這個假冒的天才對佈置行動並不善於，也樂得清閒甩手給卡卡西。
經過卡卡西的計劃，這次行動主要分為兩個部分，第一部分由水門帶領火影衛隊班對團藏的“根”進行偷襲。第二部分由暗部進入“根”進行抓捕，因為暗部都帶著面具，為了區分敵我，這次行動，暗部一律以真面目視人。
然後由水門的通靈獸，偵查蛙對現場進行跟蹤，防止有“根”的成員偷跑。
當天晚上，木葉的夜幕降臨了，木葉村變得燈火通明，大家有的回到了家裡，和家人一起吃著美味的晚餐，有的和朋友出去參加了聚會，喝著小酒唱著歌。
趁著夜色水門帶著人開始了突襲“根”的行動。一行人潛入了地下，來到了“根”的門前，大雄帶上了水門老師，利用之前自己留在根的飛雷神術式，潛入了進去。
大雄和水門潛入以後，水門在地上留下了一個飛雷神術式，然後兩個人一起用飛雷神之術回去了，這回水門再次用飛雷神轉移進來，將卡卡西帶了進來，大雄將不知火玄間帶了進來，如此再次反覆一次，將火影護衛隊全部帶了進來。
第一部分人員到齊以後，便開始了行動。大雄對這裡地形熟悉，率先帶隊衝了出去。一路上看到了四名“根”的暗部，大雄等人佔了偷襲的優勢，沒等人反應過來，水門帶隊將敵人打暈了。
其中一個人在暈倒前將一枚綁有起爆符的手裡劍扔了出去，起爆符立即被引爆了，爆炸的響聲驚動了所有人。
聽到了有爆炸的聲音，“根”的人員開始組織，進行反擊。
大雄等人準備好了戰鬥的決心，然而這場戰鬥並沒有像大雄想的那樣有多麼慘烈，相反“根”的人看到了敵人的首領是火影以後，紛紛放下了手中的武器投降了。
看到這裡大雄有一些猝不及防，本來想好好打一架的，結果沒開打對方就投降了。
“根”投降的人全部被後趕來的暗部帶走了，但是從始至終沒有發現團藏，這時候通靈蛙趕了過來，對著水門說道：“火影大人，在這下面還有一個密室，裡面有著查克拉的波動，團藏應該在那裡。”
水門聽到以後，帶著自己的火影護衛班趕了過去。
“螺旋丸！”
水門用螺旋丸開啟了密室的通道，這時候的密室裡有五個人，不過這幾個人當中沒有團藏。
這就個人神情冷漠，沒有絲毫的感情，五個人見有人衝了進來，立即拿出了武器準備戰鬥。
水門看到這幾個人以後大聲說道：“我是第四代火影，放下你們的武器，投降吧。”
這五個人彷彿沒有聽到一般，就在這時，其中一個人動了起來，朝著水門衝了過去，水門拿出特有的手裡劍，隨手向旁邊扔去，利用飛雷神躲開到了這個人的背後，然後立即將這個人從後面制服。
其他四個人見此情況也動了起來，大雄見狀立即開啟電光石火，衝了上去，卡卡西也衝了過來。
其中一名敵人雙手結印，“風遁•真空彈！”
敵人的嘴裡突出來四枚真空彈，大雄見狀立即結印，“水遁•豪水腕！”