紹定五年（1232年）十二月，蒙古遣使來商議宋蒙聯合夾擊金國，由於當時金軍主力已在“三峰山之戰”被蒙古軍殲滅，金國已是亡國之態，宋廷當朝大臣大多贊同聯蒙滅金，只有趙範反對。理宗答應了蒙古的要求，蒙古也允諾滅金之後將河南還給宋朝。
金哀宗得知後，也派使節來宋朝陳述利害，向理宗說明“唇齒相依，唇亡齒寒”的道理，希望聯合抗蒙，但即位不久的理宗在國家及民族仇恨和恥辱下，及在朝臣的建議，並沒有理會哀宗要求，繼續伐金。理宗任命史嵩之主管滅金事宜。1232年，宋攻下金的鄭州及唐州等地。金哀宗在汴京失守後逃往歸德，再逃至蔡州。紹定六年（1233年），宋軍攻克鄧州。端平元年（1234年）五月，蔡州被攻克，金哀宗自縊，金國滅亡。宋將孟珙將金哀宗遺骨帶回臨安。理宗將金哀宗遺骨帶到太廟，以告慰徽、欽二宗在天之靈。
南宋在蒙古族滅亡金國後，失去金國作為屏障，令南宋面臨比金更強大的蒙古南下威脅。
此時夷州島之上，羅根正領著手下勘探南部的礦產，並且開始組織建造第二個造船廠和第三家鍊鋼廠。
金滅亡之後，南宋沒有換來一時的安寧，反而面對更為強大的蒙古。金國滅亡後，蒙軍北撤，河南空虛，南宋想趁蒙古退兵之際，收復被蒙古佔去的土地，理宗意圖據關（潼關）、守河（黃河）、收復東京開封、西京洛陽、南京歸德三京，光復中原。
端平元年（1234年）五月，理宗任命趙葵為主帥，全子才為先鋒，下詔出兵河南。六月十二日，全子才收復南京（今河南商丘）。七月五日，宋軍進駐開封。但由於糧草不濟，貽誤戰機，宋軍進攻洛陽時被蒙軍伏擊，損失慘重。各路宋軍全線敗退。“端平入洛”宣告失敗，宋在此役中損失慘重，大量精兵與物資付諸流水，也為之後蒙古侵宋提供藉口。“端平入洛”之後，理宗怠於政事，沉迷於聲色犬馬，朝政大壞。
但南宋一直以和為主，並無強大的軍事力量，所以雖出兵但未達到預期目的。南宋的這一舉動反而成為蒙古南侵的藉口。端平二年（1235年），蒙軍派遣大軍南侵，被南宋名將章夢飛擊退。寶祐二年(1254，蒙古軍陷潼關，直逼西京，章夢飛受命掛帥抗禦，任御苑統衛兼左司馬事，行軍不坐乘，愛兵如子女，與士兵同食，深得將士愛戴，士氣十分高漲。
羅根知道南宋已經是日薄西山，因此在夷州稱帝，國號南華，立三位妻子為後，長子羅歌行為太子。
寶祐三年(1255年七月，盛夏溽暑，蒙古軍失去戒備，章夢飛計劃收復潼關，用緩兵計麻痺敵人，時機成熟後，便指揮宋軍猛攻敵軍陣營，蒙古軍遭到宋軍的突然襲擊，潰不成軍，潼關一舉被宋軍攻克，章夢飛因此名聲大振，深得宋理宗的敬重，被提拔京湖宣撫使、節制五城大司馬兼督糧餉事，因賈似道執政而急流勇退。蒙軍並不甘心失敗，於次年九月和第三年兩次南侵，其前部幾乎接近長江北岸。由於宋軍英勇作戰，打敗元軍，再一次挫敗元軍度江南下的企圖。而後，南宋軍民又在抗蒙將領曹友聞、王堅、章翔、孟珙、孟瑛、餘玠、張鈺等人的指揮下，多次擊退蒙軍，使其不得不企圖繞道而行。開慶元年（1259年），蒙古汗蒙哥在征戰合州時受宋軍的流矢所傷因而死於軍中。其弟忽必烈正於鄂州與宋軍交戰，聽到蒙哥死訊後，又得知幼弟阿里不哥準備在和林稱汗，立即準備撤軍以爭奪大汗之位，賈似道藉機派人與忽必烈議和，以保太平。這樣忽必烈直接返回北方自立為汗。
理宗兩子早夭，因此最後理宗擇其弟趙與芮之子趙禥為皇儲。由於趙禥其母曾在懷孕期間服用過墮胎藥，因此趙禥先天不足。景定元年（1260年）六月，理宗下詔立趙禥為太子。景定五年（1264年）十二月廿六日，理宗去世，趙禥即位，是為度宗。趙禥即位後不理朝政，整日沉湎於聲色犬馬之中。右丞相賈似道因此擅權。賈似道結黨營私，排斥異己。終日在葛嶺別墅中與妻妾玩樂，由於他好鬥蟋蟀，時人稱他為“蟋蟀宰相”。
此時南華軍隊全面換裝，後裝燧發火槍成了南華軍隊的制式武器，同時後裝步兵炮也被羅根領著工匠製作了出來。南華軍隊的小一輩領軍人物以楊過和郭破虜為代表開始崛起。
轉年，南華皇子王歌行領兵征服了馬來西亞半島。
1267年，忽必烈下令攻打南宋的重鎮襄陽，是為襄樊之戰。宋軍利用漢水把物資源源不絕送入城內，才能堅守城池。守將呂文德及呂文煥堅守城池六年，賈似道派了范文虎及李庭芝援助，但兩者之間不和。賈似道封鎖了所有蒙古南侵訊息，皇帝並不知此事，襄陽、樊城被圍三年後，度宗才得知此事。鹹淳七年（1271年），忽必烈在大都（今北京市）建國號為“大元”。在1272年，張順，張貴兩兄弟的義兵曾血戰蒙元軍。在1273年，樊城失守，襄陽城破，在宋軍繼續巷戰，呂文煥最終投降，六年的襄陽保衛戰結束。
同年一年，皇子王歌行領兵佔領了菲律賓群島，轉年又征服了印尼群島。
這年五月，第一臺蒸汽機被夷州科學院發明出來。
此時的南宋全境已納入元朝版圖，但是南宋殘餘勢力陸秀夫、文天祥和張世傑等人連續擁立了兩個幼小的皇帝（端宗、幼主），成立小朝廷，元軍對小皇帝窮追不捨，不斷逃亡至南方，逃至新會至南海一帶。文天祥在海豐兵敗被俘，張世傑戰船沉沒，走投無路的南宋殘餘勢力終於在至元十六年二月初六（1279年）3月19日隨著崖山海戰失敗，陸秀夫負剛滿八歲的小皇帝跳海而死而覆亡。
鹹淳十年七月九日（1274年8月12日），度宗去世，終年35歲。宋度宗去世後，其長子趙隰即位。當時，南宋的統治已進入癱瘓狀態。德祐元年（1275年）春，蒙元攻克軍事重鎮安慶和池州，威逼建康，長江防線崩潰。朝野大震，各界都冀望賈似道能出征，結果宋軍大敗。賈似道被貶，在赴任途中被監押官鄭虎臣所殺。德祐元年（1275年）十一月廿日，常州失守，蒙元遂屠城。不久平江也告淪陷，臨安人心惶惶。德祐二年（1276年）2月4日，蒙元軍攻佔南宋行在臨安（今杭州），俘5歲的南宋皇帝恭宗。德祐二年（1276年）二月初五，臨安城裡舉行和平受降儀式，趙隰正式退位 ，但趙隰的哥哥趙昰和弟弟趙昺被大臣保護逃出臨安。
後來，南宋殘餘勢力陸秀夫、文天祥和張世傑等人連續擁立了兩個幼小的皇帝（端宗、幼主）。蒙元對小皇帝窮追不捨，宋廷不斷逃亡至南方，趙昰在福州即位，是為端宗，改元景炎（1276年）。但是，小朝廷內部鬥爭不斷，景炎元年十一月，蒙軍逼近福州，十一月十五日，朝臣陳宜中、張世傑護送趙昰和趙昺乘船南逃，從此小朝廷只能海上行朝。
本來羅根手下的某些官員想要迎接南宋逃難的君臣，被羅根拒絕，羅根開始清理心向宋室的官員，並且開始大規模從中原移民，在南華各地區建設鐵路。
此時，南華人口增長到四千萬左右，其中漢族佔八層左右，其中有近兩千萬是歷年從中原移民南華的貧民。
景炎三年（1278年）春，南宋朝廷抵達雷州。四月十五日，年僅十一歲的趙昰去世。陸秀夫與眾臣擁戴趙昺為帝，改元祥興（1278年）。逃至新會至南海一帶。文天祥在海豐兵敗被俘，張世傑戰船沉沒，在蒙軍猛攻下，雷州失守，小朝廷遷往崖山。蒙元將領漢人張弘範領軍緊追在後，對崖山發動總攻，宋軍無力戰鬥，全線潰敗，史稱崖門海戰。走投無路的南宋終於在1279年3月19日，隨著趙昺隨陸秀夫及趙宋皇族八百餘人集體跳海自盡，許多忠臣追隨其後，十萬軍民跳海殉國，至此南宋徹底滅亡。四十多年與蒙古的抗衡以失敗完結。
張弘範在石壁上刻了“鎮國大將軍張弘範滅宋於此”十二字而還，南宋到此宣告徹底滅亡。崖門海戰極為慘烈，據估計，宋軍在此役中陣亡十萬，海上都是屍體。身在元營的文天祥親自目睹慘狀，作詩云：“羯來南海上，人死亂如麻。腥浪拍心碎，飆風吹鬢華。” 此外，據宋王臺公園《九龍宋皇臺遺址碑記》記載，昰昺二帝南逃期間，“有金夫人墓，相傳為楊太后女，晉國公主，先溺於水，至是鑄金身以葬者”，葬於今九龍城區，人稱“金夫人墓”，後來由於該址興建了聖三一堂，“金夫人墓”也隨之湮沒。
蒙古統一中原後開始兵發夷州，妄圖侵佔南華，可惜一場海戰下來，蒙古近十萬大軍全軍覆沒，從此之後開始與南華隔海對峙。
元朝建立的第十二年，羅根將皇位傳給了長子羅歌行，同年冬季，南華一支遠洋蒸汽船隊正式抵達美洲並建立據點。
第二年，南華開始向澳洲移民。
羅根退位第五年，皇后林月娥病逝，轉年李心兒撒手人寰，又過了五年，黃蓉也在羅根懷中含笑而死，羅根正式隱居，此後開始遊歷各處，之後不知所蹤，皇帝羅歌行派人多方尋找，終無結果……