雖說第二次衝擊間接導致人類在短時間內損失了一半的人口，但也成功的將【亞當】還原成了胚胎，靈魂也被控制住，安放在了一個人類少年的體內。
而【莉莉絲】也被發現。
人類依託發現【莉莉絲】的巨大的地下空洞，並依此建造了NERV總部。
並以此為中心建造了作為要塞的第三新東京市。
為了應對即將甦醒的使徒，人類依靠【莉莉絲】製造了初號機，依靠【亞當】製造了零號機以及二號機。
這些巨大機器人被稱為【eva】。
之後，男主，也就是啶真嗣的母親啶唯參加了初號機的首次試驗。
由於發生了意外，啶唯的靈魂永遠留在了初號機的體內。
而在這之後，啶源堂發生了巨大的變化。
為了再次見到妻子，他向Seele提出了【人類補完計劃】。
即所有人類擺脫肉體，以靈魂的姿態迴歸【莉莉絲之卵】中，人類成為一體，心靈互為補全。
但這在所有人眼中無異於自殺，因此只有Seele以及NERV極少數的高層知曉，就連各國都被瞞在鼓裡。
隨著時間來到了2015年，使徒們按照死海文書預言的那樣開始甦醒。
由於【亞當】的胚胎被隱藏，使徒們誤以為【莉莉絲】就是【亞當】，不約而同的向著第三新東京市襲來。
值得一提的是，使徒們並不是由於【亞當】的第二次衝擊而被喚醒的。
準確的說，應當是按照死海文書記載的時間來蘇醒的。
當然，前提是沒有出現意外。
比如第二次衝擊就是人為引起的。
雖說啶源堂提出了【人類補完計劃】，但其實他的目的是成神。
因為【人類補完計劃】並不能讓他見到老婆，畢竟啶唯的靈魂在初號機內，可不會迴歸【莉莉絲之卵】中。
而哥斯拉當初看動漫以及劇場版的時候，最心疼的就是啶真嗣了。
他原本應該是一個在校園中享受青春的帥小夥的。
但由於早年喪母，再加上父親的忽視，導致其性格自私、膽小、懦弱、老實，害怕被人傷害，也害怕傷害別人。
最大的特點就是想要得到父親的認可。
也正因為這個原因，讓啶真嗣坐上了初號機。
即便是面對著恐怖的使徒，最終也沒有放棄。
要知道，零號機和二號機的駕駛員，一個是人造人，一個是從小就開始培養的。
啶真嗣在此之前可是一個完完全全什麼都不懂得普通人。
你讓他駕駛著初號機去跟使徒戰鬥，這不就是去送死嗎？
要不是有媽護崽，啶真嗣早就死了不知道多少回了。
心疼歸心疼，但避還是要避的。
關鍵是初號機暴走之後，初號機的戰鬥力就成了一個謎，這讓哥斯拉有些發憷。
再怎麼說初號機也是用【莉莉絲】的肉體制作出來的巨大人形兵器。
嚴格來說，所有【eva】的構造都跟使徒一樣，只不過沒有S2機關而已。
只不過由於駕駛員的存在，讓他們跟使徒又不完全一樣。
但是初號機是個例外。